از مختصات فکری بارز شهید صدر احترام به علما و مراجع به ویژه جایگاه راهبردی مرجعیت عام دینی بود. با این که خودش در معرض معرفی برای این جایگاه از حیث علمی قرار داشت، اما خود مقوم و تقویت‌کننده مراجع در طول عمر کوتاه، اما پرثمرشان بودند و به هنگام مراجعه مردم برای قبولی مرجعیت اکراه داشتند تا قوت و قدرت مرجعیت واحد و عام را نکاهند و مردم به این بهانه چند دسته نشوند. مردم موقعی برای تقلید به ایشان مراجعه کردند که هنوز رساله‌اش منتشر نشده بود و این نکته‌ای است که کمتر در بین مراجع یافت می‌شود. هیچ چیز بیش از این شهید صدر را آزرده نمی‌کرد که کسی خدمت ایشان برسد و بگوید من مقلد شما هستم. ایشان به مرور و پس از اینکه مردم بسیاری از کاستی‌ها، چه از لحاظ تولید فکر و پاسخگویی به شبهات، و چه از لحاظ نگاه جهانی و تصدی بر شئون اجتماعی احساس کردند، به مرور، بیشتر به او مراجعه کردند و ایشان از این نظر تحت فشار قرار گرفت. مردم نزد ایشان می‌آمدند و می‌گفتند که ما به هر حال از شما تقلید می‌کنیم و این از کنترل شما خارج است. کتاب یا رساله مانندی را به ما معرفی کنید که ما به آن مراجعه کنیم. شهید صدر خلاصه‌ای از منهاج‌الصالحین آقای حکیم را گرفت و بر آن شرح نوشت و با تقسیم کار بین تعدادی از شاگردان‌اش هر کدام چند نسخه از روی شرح شهید صدر دستنویس کردند تا در اختیار مردم بگذارند. مرجعیت شهید صدر بیشتر از طرف طیف‌های از طلاب مورد استقبال قرار گرفت، که دارای افکاری باز و روشن و علمی بودند. طرز فکر و اندیشه شهید صدر با بقیه مراجع نجف تفاوت داشت. ایشان از بینش واقعی روشنفکرانه برخوردار بود و اعتقاد داشت که اسلام سیاسی باید بر جهان اسلام حکومت کند.
شهید صدر در حمایت از امام خمینی هیچ تردیدی به خود راه نمی‌داد؛ فقط روش حمایت ایشان با امام موسی صدر متفاوت بود که البته شرایط جغرافیایی و سیاسی و اجتماعی در این امر تأثیر بسزایی داشت و الا شهید صدر بسیار جدی و باورمند از انقلاب اسلامی حمایت می‌کرد؛ به گونه‌ای که برخی معتقدند حمایت شهید صدر از انقلاب اسلامی از عوامل مهم بلکه مهمترین عامل شهادت ایشان بوده است. البته در این میان برخی به غلط هم ادعا می‌کنند که شهید صدر در حمایت از انقلاب، بدون اینکه شرایط عراق و ویژگی‌های آن را مد نظر قرار دهند؛ دچار نوعی برخورد عاطفی و شتابزده شدند. این در حالی است که کسانی که چنین ادعایی می‌کنند از تاریخچه حمایت آقای صدر از انقلاب اسلامی بی‌اطلاع هستند و تصور می‌کنند که ایشان پس از مشاهده رویداد پیروزی انقلاب یک نوع واکنش عجولانه و عاطفی از خودش نشان داد. در پاسخ باید گفت با توجه به مدارکی که در دست هست، این موضع‌گیری سید شهید در دوره پیروزی انقلاب شکل نگرفت، بلکه موضع ایشان موضعی اصولی و ثابت بود که ریشه آن به سال‌های قبل از پیروزی انقلاب و زمانی که هنوز خبری از انقلاب نبود، باز می‌گشت.