این استاد 78 ساله حوزه که سالهای موسسه آموزش و پژوهشی امام خمینی(ره) در قم را مدیریت میکند روزهای پر فراز و نشیبی را در تربیت شاگردانش پشت سر گذاشته است؛ روزهایی که تا مدتها سبب گوشهنشینی او از عالم سیاست شد. او هم در کنار شهیدی قدوسی و شهید بهشتی در گرداندن مدرسه حقانی نقشآفرینی میکرد تا این که اختلاف او و شهید بهشتی در مورد اندیشههای علی شریعتی عیان شد و اسباب خروج مصباح یزدی از مدرسه حقانی را فراهم کرد. در مقام ریاست موسسه امام خمینی(ره) بود که بارها و بارها به اصلاحات و ریاست جمهوری محمد خاتمی تاخت، او در دوران هشت ساله اصلاحات از مخالفان سرسخت دولت بود. در بیان انتقادات و مخالفتهای مصباح یزدی از دولت خاتمی بیان همین نکته کافی است که در حسینیه شهدای قم اصلاحطلبان را «احیاکنندگان سنت کفار 2500 سال پیش ایران» دانست. او در مناقشات پس از انتخابات 88 معتقد بود که سلسله جنبان این قضایا هر که بود در صدد حذف ولایت فقیه از نظام سیاسی کشور بود. این مجتهد یزدی تا پیش از کاندیداتوری محمود احمدینژاد به عزلتنشینی که بعد از جداییاش از مدرسه حقانی قبل از انقلاب رویه فعالیتهای سیاسیاش کرده بود پایبند بود. اما همین که احمدینژاد وارد کارزار انتخابات نهمین دوره ریاست جمهوری شد، با اهدای طلای همسرش به ستاد کمکهای مردمی احمدینژاد رسما حمایت از مرادش را آشکار کرد.
مصداقش هم این که یکی از مریدان او و نویسنده کتاب «گفتمان مصباح» نیز به آن معترف است و در این باره نوشته است که «گرچه آیتالله مصباح در طول انتخابات هرگز نامی از کاندیدای مورد نظر خویش نبرد، اما عملا جریان حامی دکتر احمدینژاد را تا برگزیده شدن او به ریاست جمهوری اسلامی ایران مدیریت کرد.» البته پس از به مسند رسیدن احمدینژاد او هم در قدردانی از این تمایز آیتالله بودجه موسسه تحت ریاست مصباح یزدی را به صورت چشمگیری افزایش داد و بسیاری از شاگردان آیتالله را در کابینه گمارد بنابراین اغراق نیست اگر بگوییم تشکیلات مصباح یزدی نه تنها سهمی از دولت نهم را در قبال حمایت از او بلکه تقریبا تمامی دولت را در اختیار داشته است و دولت نهم به گونهای ثمره سالها عزلت گزینی مصباح یزدی شد به این ترتیب قریب به اتفاق کابینه اول احمدینژاد به آن تعلق خاطر داشتند و همین مسئله هم برای دولت نهم به پایان نرسیده بود که خروج شاگردان مصباح یزدی با برکناری مصطفیپور محمدی، وزیر وقت کشور کلید خورد.
چندی بعد محسنی اژهای هم همان راهی را رفت که پورمحمدی رفته بود. غیر روحانیون این مدرسه نیز سرنوشتی مشابه روحانیون یافتند و آنها هم از گزند اختلافی که میان احمدینژاد و مصباح یزدی پدیدار شده بود، در امان نماندند. پرویز داوودی و غلامحسین الهام هم به تدریج از دایره دولتمردان خارج شدند و مدتی را دور از پاستور روزگار گذارندند. حتی حلقه پایینتر از معاونان رئیسجمهور و وزرا که نشانی از تحصیل در مدرسه حقانی داشتند هم از پروژه حذف در امان نماندند و منوچهر محمدی یکی دیگران از شاگردان مدرسه حقانی که وزرات امور خارجه مشغول به کار بود، که یکی پس از دیگری به سمت دولت نشانه میرفت.
مصباح یزدی که علت جدایی حاصل شده بین شاگردانش و احمدینژاد را اسفندیار رحیم مشایی رئیس دفتر احمدینژاد میداند او را محور انتقاداتش از دولت قرار داده است:
«این شخص مسئلهدار (مشایی) احمدینژاد را در مشت خود گرفته است»، یا «بیش از نود درصد معتقدم شخص مسئلهداری احمدینژاد را سحر کرده است» علیه احمدینژاد و دولتش اعلام موضع کرده است. البته در مقابل هم نزدیکان احمدینژاد که مورد انتقاد مصباح قرار گرفتهاند بیکار ننشستهاند و در سایتهای خبری که در اختیار دارند بر مصباح یزدی و موسسهاش خرده میگیرند همچنان که اخیرا غیبت او در اجلاس دوازدهم مجلس خبرگان را مورد نقد قرار داده و دوباره آن نوشتهاند «حضرت علامه به عنوان قبل مخالف فرقه منحرفان از احمدینژاد در مقابل خدمات متقابل فتنهگران، نسخه شورای فقاهت را پیش از هاشمی برای گروه خود تجویز میکند و حالا با دفاع مستقیم و سنگین مقام رهبری از رئیسجمهور تا جایی پیش میرود که در مهمترین همایش بزرگان کشور شرکت نمیکند»!
به هر روی مصباح یزدی این روزها برای بار دیگر تهاجماتی را تجربه میکند که سالها پیش از جانب التقاطیون و انحرافیون براو روا داشته میشد، اما این بار این تهاجمها از جانب افرادی است که شاکله اختلافش با آنها به بحث ولایت فقیه و تفاسیری که از جایگاه این مقام در نظام جمهوری اسلامی میشود بر میگردد. حالا باید دید که این استاد حوزه در برابر این هجمه چه رویهای در پیش خواهد گرفت و آیا این هجمه سبب عزلتنشینی دوباره او خواهد شد یا نه؟