یکی از اولین کسانی که پس از آغاز جنگ به جبهه دفاع از کشور عازم می شود، دکتر مصطفی چمران است که به نوشته روزنامه های اول مهر سال 59 با همراهی حضرت آیت الله خامنه ای به سوی جبهه های جنوب می روند. آن روزها که صدام اعلام کرده بود سه روزه وارد تهران می شوم، این سردار بزرگ اسلام رفت در جبهه جنگ و شروع به دفاع کرد. او که برای دفاع از مردم ستم دیده همیشه آماده بود. یک روز در لبنان حضور پیدا کرد و برای دفاع از مردم آن دیار بسیار کوشید. اما حالا انقلاب شده بود و او برگشته بود و تا برای مردم خودش بجنگد. یک روز مقابل انحلال ارتش می ایستد و روز دیگر پای کومله را از پاوه قطع می کند. اما حالا تهدید بزرگتری پیش روی کشور قرار گرفته است. آمریکا صدام و رژیم بعثش را مسلح کرده تا در مقابل انقلاب مردمی و اسلامی ایران بایستد. او جزو اولین کسانی است که وارد جبهه جنوب می شود. و پس از چند هفته طی نامه از سوی امام که در رادیو قرائت می شود به همراه آیت الله خامنه ای به عنوان نماینده ایشان در جبهه منصوب می شود. جنگ شروع شده است و در حالی که آمادگی از طرف نیروهای نظامی ایران آنقدر نبوده تا بتوانند مقابله به مثل کرده و از هجوم آنان پیشگیری کنند. در پایتخت هم خبرها حاکی از آن است که رییس جمهور وقت که فرماندهی قوای مسلح را نیز بر عهده دارد به دنبال اجرای استراتژی دوران اشکانیان است که باید طی آن «زمین بدهیم و زمان بگیریم» که خود زمینه مناقشه با فرماندهان دیگر جنگ است. در این حال و هواست که دکتر چمران بهترین راه برای مقابله با صدام را جنگ چریکی می داند. او که بدون داشتن کمترین حمایتی از سوی دولت وقت و با بهره گیری از ظرفیت های مردمی ستاد جنگ های نامنظم را تشکیل می دهد و علاوه بر آنکه در عقب راندن دشمن تا مرزهای خود بسیار موفق عمل می کند خواب را از چشم نظامیان بعثی می رباید و یک ترسی در جان آنها میاندازد که هر لحظه و از هرسو منتظر حمله باشند. او حتی برای این کار از لاتهای آن روز دعوت می کند. مثلا یکی از نمونه های آن دعوت از فردی است به نام رضا در مشهد؛ «رضا سگه یه لات در مشهد بود ؛ هم سگ خرید و فروش می کرد و هم دعواهایش از نوع سگی بود، یه روز داشت میرفت سمت کوه سنگی برای دعوا و غذا خوردن، دید یه ماشین داره تعقیبش می کنه با آرم" ستاد جنگهای نامنظم" شهید چمران از ماشین پیاده شد و دست اونو گرفت و گفت :" فکر کردی خیلی مردی ؟! " گفت: بروبچه ها اینجور میگن !! شهید چمران بهش گفت: اگه مردی بیا بریم جبهه به غیرتش بر خورد ، راضی شد و رفت جبهه...»
او که خود در مصر و لبنان آموزش مبارزه چریکی را به خوبی دیده و آماده رزم بود این جور نیروها را ساماندهی کرد و برد برای جنگ علیه صدام. شاید در آن روز بهترین شیوه برای مقابله با صدام و ارتش بعثی اش همین بود. و همین توانست تا حد زیادی تجاوزات و پیشروی عراقی ها را کنترل کند. صدامی که فکر می کرد در عرض سه روز تهران را به تسخیر خودش درخواهد آورد حالا به حال استیصال درآمده بود. تا زمانی که مشکلات دفاع بین رییس جمهور و فرماندهان نظامی حل شود توانست این گونه دفاع کند و اجازه پیشروی بیشتر به متجاوزین عراقی را ندهد. جنگ چریکی با هدف دستبرد و نفوذ به جبهه دشمن انجام می شود. شکار تانک در شب یکی از چیزهایی است که طی این نوع از جنگ به فرماندهی دکتر چمران اتفاق می افتد. از آغاز جنگ تا بهار 1360 که شهادت شهید چمران رخ می دهد این روال آن روزهای جنگ است. اما در بهار 1360 و با شهادت این بزرگ مرد عرصه حماسه و مقاومت ستاد جنگ های نامنظم قوام خود را از دست داده و متوقف می گردد.