حزب خلق مسلمان در اسفند ماه سال ۱۳۵۷ تأسیس شد. به این حزب که آقای شریعتمداری آن را تأسیس کرد، بسیاری از عوامل سرشناس سلطنتطلب، لیبرال و چپگرا پیوستند و به تدریج در مقام معارضه با انقلاب اسلامی برآمدند. پس از فتح لانه جاسوسی در آبان ماه ۱۳۵۸ و افشای اسناد مربوط به وابستگی برخی از سران فعال حزب به سفارت آمریكا در تهران، ماهیت وابسته حزب خلق مسلمان بیش از پیش آشكار شد و هواداران متدین از آن روی برتافتند. مدتی بعد با افشای طرح كودتا و توطئه براندازی نظام جمهوری اسلامی از سوی قطبزاده با همكاری آقای شریعتمداری در این طرح، حزب خلق مسلمان منحل شد.
تأسیس «حزب جمهوری اسلامی خلق مسلمان» در مقابل «حزب جمهوری اسلامی» را میتوان یکی از خطرناکترین فعالیتهایی دانست که ذیل چتر حمایت شریعتمداری کلید خورد. این حزب مورد تأیید و حمایت شریعتمداری قرار داشت و وی حتی عضویت در آن را وظیفهای اسلامی و ملی میدانست.
شریعتمداری در منش و روش مخالف جدی امام(ره) بود؛ این مخالفتها البته در آغاز ظهور خارجی نداشت و آنچه ظهور مییافت، پیامها و تبریکها و تعارفات بود؛ اما پس از پیروزی انقلاب به تدریج واگراییها آغاز شد؛ برای نمونه، میتوان به راهپیمایی اشاره کرد که در اعتراض به انتشار مقاله «صادق خلخالی» علیه تأسیس حزب خلق مسلمان ایران و موضع شریعتمداری در روزنامه «اطلاعات» کلید خورد. پس از ناآرامیهای تبریز و قم، امام(ره) چندین بار طی سخنرانیها و پیامهایی، وحدت انقلابیون و پرهیز از ایجاد تفرقه را خواستار شدند. با بالا گرفتن این تنشها و حرف و حدیثها درباره حزب خلق مسلمان، امام(ره) خواستار اعلام برائت شریعتمداری از آن شدند.
محمدتقی فلسفی در این باره میگوید: «یک روز صبح امام به وسیله یكی از دوستان پیغام داد كه به فلانی بگویید اینجا بیاید. خدمت ایشان رسیدیم. امام تنها بود. شروع سخن ایشان، گفتوگو درباره حزب خلق مسلمان بود. امام فرمودند: ما میدانیم كه اجانب به خصوص آمریكا با این انقلاب خیلی دشمن هستند و با وسایل گوناگون به آن ضربه میزنند. حالا اول كار است كه آمدهاند و حزب درست كردهاند. این حزب خلق مسلمان علیالتحقیق ریشه خارجی دارد. این كلمه «خلق» را داخل عنوان حزب گذاردهاندـ مثل اینكه كلمه «دموکراسی» را میخواستند داخل نام «جمهوری اسلامی ایران» كرده و بگویند: «جمهوری دموکراتیک اسلامی ایران»؛ خلق مسلمان هم یعنی همین، خلق در فارسی همین توده است. اینها میخواهند از همین حالا میان مسلمانان زمینه جنگ درست كنند و بگویند حزب جمهوری اسلامی و حزب خلق مسلمان. این قضیه ضربه زدن به انقلاب و پایمال كردن خونهای مسلمانان است. میخواهند این انقلاب را بكوبند و این موفقیت را از بین ببرند و یک چیز دیگر جایش بگذارند كه منافع خودشان را تأمین كند. مشكل این است كه آقای شریعتمداری به نام یک آیتالله وابستگی خودش را به این حزب اعلام كرده و آن را وابسته به خود معرفی كرده است. یعنی بین این حزب و بین آقای شریعتمداری ارتباط هماهنگی و همرنگی برقرار است. این كار خیلی خطرناک است. ممكن است تمام زحمتها به هدر برود. اینكه گفتم شما بیایید، برای این است كه بگویم پیش آقای شریعتمداری بروید و به طور خصوصی از قول من به ایشان بگویید این كار را اجانب كردهاند، شما كه این مطلب را پذیرا شدهاید، یا آگاهید یا ناآگاه. مصلحت شما این است كه فوراً در جراید و رادیو و تلویزیون اعلام كنید كه از این حزب بركنار هستید و مسائل آن به هیچ وجه به شما ارتباط ندارد، تا حیثیت شما محفوظ باشد.»
آقای فلسفی میگوید، من همان موقع حركت كردم و به منزل آقای شریعتمداری رفتم. پیام امام را به ایشان رساندم، اما ایشان نپذیرفت. با آشکار شدن بیشتر ماهیت انحرافی این حزب بود که سرانجام حدود یک ماه بعد در ۱۵ دی ماه سال ۱۳۵۸ آقای شریعتمداری اطلاعیهای منتشر کرد و ناچاراً تعطیلی تمام دفاتر حزب و فعالیتهای آن را اعلام کرد.
شریعتمداری تحت تأثیر اطرافیان خود قرار داشت و اگرچه در آغاز اختلافها را علنی نکرد، اما کمکم در عمل راه دیگری را برگزید تا آنجا که با افشا شدن جزئیات «کودتای نوژه» که در آن بمباران بسیاری از ادارات، بیت امام و... طراحی شده بود، به واسطه اعترافات قطبزاده و سیدمهدی مهدوی، انگشتهای اتهام به جانب او رفت و در نهایت ناگزیر به اعتراف و ابراز ندامت شد: «از اینکه فکر صحیح در این کار نکردهام و اینها را راه دادهام و گزارش اینها را شنیدهام و به مقامات، به موقع اطلاع ندادهام، خودم را در پیشگاه خداوند مقصر میدانم و بسیار پشیمانم. اینکه به سیدمهدی مهدوی پول فرستادم هر چند به عنوان قرض به ایشان داده شده است و این کار را نوعی تأیید عملی از فرد توطئهگر تلقی کردهاند، پشیمانم و استغفار میکنم و استغفر الله ربی و اتوب الیه و از این قصور یا تقصیر به درگاه خداوند متعال استغفار میکنم.»
پس از روشن شدن نقش شریعتمداری در کودتا بود که دیگر مدارای انقلابیون و نظام با او پایان یافت و او از جانب جامعه مدرسین حوزه علمیه قم از مرجعیت خلع شد. در بیانیه جامعه مدرسین آمده بود: «بنا به وظیفه شرعی بر خود لازم دانستیم که سقوط مشارالیه از شایستگی مرجعیت را بالصراحه اعلام نماییم تا افرادی از مسلمانان که در حالت تردید و دو دلی بودند، تکلیف خود را بدانند و احیاناً با تقلید خود به اسلام و انقلاب ضربه وارد نکرده باشند.»
شریعتمداری نه تنها از طراحی کودتا خبر داشت؛ بلکه اینگونه برنامهریزی شده بود که او بتواند بعد از کودتا در تلویزیون با مردم صحبت کند. جریان «نقاب» و عوامل کودتا، برنامهریزی عمیقی بر روی او کرده بودند. «ایرج درخشنده» از ساواکیهای جذب شده به کودتا از قول «احسان بنیعامری» میگفت: «با علما و روحانیونی که طرفدار آیتالله شریعتمداری میباشند، دست به دست هم دادیم تا یک اسلام نوین در سطح مملکت پیاده کنیم.»