برای رفع چالش قوه مجریه با قوه مقننه در تعیین نخستوزیر قرار شد که رئیسجمهور و رئیس مجلس هر دو جداگانه دو نفر را برای نخستوزیری پیشنهاد بدهند. مجلس در یک جمعبندی در جلسهای با حزب جمهوری اسلامی جلالالدین فارسی را معرفی کرد؛ اما بنیصدر با ترفندی تصمیم گرفته بود که مجلس را در برابر خود تسلیم کند و آن، اینکه از فردی منسوب به امام خمینی(ره) استفاده کند؛ لذا مرحوم حاج سیداحمدآقا خمینی، فرزند امام را برای تصدی مقام نخستوزیری پیشنهاد کرد تا آنها را در مقابل عمل انجام شده قرار دهد. متن نامه بنیصدر به امام خمینی(ره) به این شرح است:
«حضرت آیتاللهالعظمی امام خمینی، رهبر انقلاب اسلامی ایران، به عرض میرساند در این اوضاع و احوال و با توجه به اینکه جامعه ما جامعه جوانی است و هیجان مثبت کار برای قرار دادن کشور در خط تولید و فعالیت، جنبه معنوی و هیجانآفرین را جنبه اصلی میگرداند، حجتالاسلام حاج احمد آقا یکی از مناسبترین اشخاص برای تصدی نخستوزیری است، در صورتی که موافقت فرمایید، عین صواب است.»
در پاسخ امام راحل با هوشیاری خاص و بدون اندکی تأملی این ترفند سیاسی را رد کردند؛ چون اگر ایشان نخستوزیری فرزندانش را میپذیرفتند، مجلس نیز چارهای جز پذیرفتن نظر ایشان نداشت. در این صورت مجلس که یکی از سه رکن اصلی نظام جمهوری اسلامی به شمار میآمد، از انجام وظیفه خود باز میماند، همچنین این عمل میتوانست بدعتی برای آینده باشد، از سوی دیگر باعث میشد که بنیصدر و جناح طرفدار وی بیشترین بهره سیاسی را از آن قضیه ببرند. بنابراین، امام خمینی(ره) توطئه بنیصدر را خنثی کردند و نوشتند: «بسمهتعالی، بنا ندارم اشخاص منسوب به من متصدی این امور شوند. احمد خدمتگزار ملت است و در این مرحله با آزادی بهتر میتواند خدمت کند.» قبل از مطرح شدن این دو گزینه، حزب جمهوری اسلامی جلسهای در تاریخ 30 تیر ماه 1359 تشکیل داده بود و درباره محمد غرضی، محمدعلی رجایی و مصطفی میرسلیم نیز برای نخستوزیری پیشنهادی بحث کرده بودند و در روزنامههای جمهوری اسلامی و انقلاب اسلامی هم درج شده بود، اما بنیصدر در یادداشتهای روزنامهاش در تاریخ 31 تیر ماه 1359 مینویسد که با اعضای شورای سابق انقلاب دیدار و چندین ساعت درباره تشکیل دولت بحث کردیم و به آنها گفتم: «رئیسجهموری نمیتواند دولتی را که با او هماهنگی ندارد، تأیید کند، ناچار باید نظر خود را راجع به این دولت روشن بکند تا یک امیدی، یک احتمال دیگری هم متصور باشد برای مردم، بنابراین من چنانکه در آن نامه نوشته بودم و بارها گفته بودم آمادهام اگر گروهی هم متصور باشد برای مردم، بنابراین من چنانکه در آن نامه نوشته بودم و بارها گفته بودم آمادهام اگر گروهی داوطلب است دولت را تشکیل بدهد و مسئولیت اوضاع را به عهده بگیرد، موافقت کنم؛ اما مسئولیت آن دولت را نمیپذیرم، مدتی گفتوگو شد. فهرستی هم تهیه کرده بودند که من گفتم بسیاری از این فهرست را صالح نمیدانم. با این حال اگر حزب جمهوری مایل باشد که این دولت را بپذیرید، من همین لیست را به مجلس معرفی خواهم کرد.»