یکی از مهم‌ترین تجلیات آزادی رقابت‌های سیاسی در حاکمیت نظام اسلامی در دوران زعامت حضرت امام خمینی(ره) را می‌توان در اولین انتخابات ریاست‌جمهوری در بهمن ماه 1358 مشاهده کرد. کمتر از یک ماه از قانونی شدن قانون اساسی کشور با حضور پرشور ملت در همه‌پرسی قانون اساسی در 12 آذرماه 1358 نگذشته بود که برگزاری اولین انتخابات مبتنی بر قانون اساسی جمهوری اسلامی در دستور کار دولتمردان قرار گرفت. با استعفای دولت موقت، مسئولیت برگزاری انتخابات به شورای انقلاب و وزارت کشور واگذار می‌شد. در تاریخ 28 آذر 1358 بود که شورای انقلاب «لایحه قانونی انتخاب اولین رئیس‌جمهور کشور جمهوری اسلامی ایران» را به‌تصویب رساند.
در این انتخابات نیز مشی امام(ره) حفاظت از انقلاب اسلامی در برابر تهدیدات دشمن و اصل انتخابات و راهنمایی مردم برای انتخاب گزینه اصلح و هوشیاری در برابر ترفندهای دشمنان و بدخواهان انقلاب بود تا انتخابات را به صحنه منازعه و مناقشه و تفرق جامعه بدل نکنند، اما در عرصه رقابت‌های سیاسی ورود نداشته و خواهان مشارکت همه فعالان سیاسی بودند که قانون اساسی کشور را به رسمیت شناخته‌اند.
اولین اظهارات حضرت امام(ره) درباره انتخابات ریاست‌جمهوری در جمع دانشجویان شیرازی بود که در کلامی کوتاه با اشاره به اهمیت انتخابات، یادآور شدند: «در این موقع که مرحله دیگری از مراحلی که در کشور ما میخواهد تحقق پیدا بکند در دست اجراست، و آن تعیین رئیس‌جمهور است؛ باید توجه داشته باشند آقایان که آن صفتی که در قانون اساسی برای رئیس‌جمهور تعیین کردهاند، مراعات کنند. قانون اساسی را ملاحظه کنند و صفات رئیس‌جمهور را در آنجا ملاحظه کنند، و کسی که دارای آن صفات بود و او را به آن صفات میشناسید به او رأی بدهید، و اگر فاقد آن صفات باشد، احتراز کنید از رأی دادن به او. روز سرنوشت‌سازی است. میخواهید زمام کشور را به یک کسی بدهید که مؤثر است در مقدرات کشور شما. سهل‌انگاری نکنید، و به پای صندوق‌ها بروید، و با هم اجتماع کنید، و کسی که لایق برای این مقام است و دارای آن صفاتی است که سوء سابقه نداشتن، وابستگی به رژیم سابق نداشتن، اینها از اموری است که باید ملاحظه بشود. و آقایان نباید سستی کنند در رفتن. به پای صندوق بروند. لکن به کسی که این صفات را دارد رأی بدهند.»
حضرت امام(ره) در دیداری دیگر ضمن تأکید بر اینکه «بنا ندارم کسی را تعیین کنم»، گوشزد کردند: «شیاطین درصددند که نگذارند شما راه خودتان را ادامه دهید، از اول هم نمیگذاشتند. بنای این را داشتند که جلو پای شما مانع ایجاد کنند، با طرق مختلفه و با توطئههای زیاد و حساب شده. الآن هم دست برنداشتهاند و در این مراحل بعد هم دست برنمی‌دارند.»
در جریان برگزاری اولین دوره انتخابات ریاست‌جمهوری شورای نگهبانی شکل نگرفته بود که ناظر بر انتخابات باشد، لذا مطابق قانون در این وضعیت، نظارت بر انتخابات و احراز صلاحیت نامزدها در اختیار رهبری بود؛ اما امام(ره) این اختیار را نیز به مردم واگذار کردند. حضرت امام(ره) در پیامی که حدود 20 روز مانده به انتخابات خطاب به ملت ایران صادر کردند، امر بررسی صلاحیت نامزدها را به ملت واگذار کردند و از ملت خواستند: «در این امر مهم حیاتی، سستی و بی‌تفاوتی از خود نشان ندهند و با جدیت و علاقه به اسلام، شرکت کنند.» ایشان همچنین با صراحت اعلام کردند: «اینجانب بنا ندارم از کسی تأیید نمایم، چنانکه بنا ندارم کسی را رد کنم و از تمام احزاب و گروه‌ها و افراد میخواهم از نسبت دادن کاندیدای خود به من که از آن استفاده تأیید و یا تعیین و یا رد شود، خودداری کنند.» همین تصمیم باعث شد تا فضا کاملاً برای ورود همه مدعیان اداره کشور باز شود و مردم هر شخصی را که خود دوست دارند، انتخاب کنند و دیگر بهانه‌ای برای گروه‌های سیاسی با گرایش‌های گوناگون باقی نماند.
اگر بخواهیم برای ورود حضرت امام(ره) به مسئله احراز صلاحیت نامزدهای انتخاباتی مواردی را مطرح کنیم، می‌توانیم به سه سوژه خاص توجه داشته باشیم: اولین مورد آنجایی بود که حضرت امام(ره) از روحانیت خواستند تا از پذیرش مسئولیت‌های اجرایی اعراض کرده و در انتخابات ریاست‌جمهوری نامزدی نداشته باشند. این دیدگاه ایشان موجب شد تا هیچ گزینه‌ای از میان روحانیت وارد میدان انتخابات نشود که مهم‌ترین آن آیت‌الله سیدمحمد بهشتی بود. تنها روحانی که برخلاف نظر امام(ره) خود را نامزد انتخابات کرد، «صادق خلخالی »بود که در نهایت کناره‌گیری کرد. اگر برای این تصمیم پیامدهایی قائل باشیم، بدون شک بیشترین پیامد برای حزب جمهوری اسلامی بود که دبیرکل خود را در صحنه انتخابات غایب دید و جامعه مدرسین حوزه علمیه قم و دیگر تشکل‌های انقلابی باید گزینه درجه دومی را به میدان رقابت می‌آوردند!
در موردی دیگر حضرت امام(ره) طی نامه‌ای به مدرسان حوزه علمیه درباره امکان نداشتن رئیس‌جمهوری آقای جلال‌الدین فارسی سخن گفتند و چنین نوشتند: «جناب آقای جلال‌الدین فارسی با آنکه شخص شایستهای است، لکن ایرانی‌الاصل نیستند. آقایان مدرسین قم این مطلب را اعلام کنند، ایشان نمیتوانند رئیس‌جمهور شوند.» همین نظر موجب شد تا حزب جمهوری دومین گزینه مدنظر خود را در دقایق پایانی رقابت‌ها از دست بدهد و عملا امکان جبران برای آن حاصل نشد.
همچنین در تاریخ 29 دی 1358 استفتای جمعی از مؤمنان از امام خمینی(ره) درباره ریاست‌جمهوری کسانی که به قانون اساسی رأی ندادهاند و با آن مخالفند، مطرح شد که امام در پاسخ صریحی در این زمینه بیان فرمودند: «کسی که به قانون اساسی رأی مثبت نداده، صلاحیت ریاست‌جمهوری ایران را ندارد.» نظر حضرت امام(ره) نظری قانونی بود، چرا که هیچ دستگاه دموکراتیک و نظام انتخاباتی آزادی، اجازه نمی‌دهد کسی را که قانون و ساختار یک کشور را قبول ندارد و اعلام کرده است که قانون اساسی را معتبر نمی‌داند، در جایگاه رئیس‌جمهور قرار گیرد.
