آنچه به نام «علوم سیاسی» در ایران داریم، عمدتاً ترجمه آثار متفکران غربی است و اساساً با گفتمان اسلام سیاسی سر سازگاری ندارد؛ چراکه علوم سیاسی غربی بر بنیاد اومانیسم و سکولاریسم و رهیافت‌های معرفت شناختی مدرنیته و پست مدرن نهاده شده است. البته این به معنای آن نیست که نظام از دستاوردهای علوم انسانی و سیاسی به طور مطلق بی‌نیاز است. برای نمونه، درس «نوسازی و دگرگون‌سازی» یکی از درس‌هایی است که در دوره کارشناسی تدریس می‌شود. در این درس دانشجو می‌آموزد که تنها راه پیشرفت کشورها، نوسازی و توسعه به سبک غربی است. تقریبا همین محتوا در قالب کامل‌تری در درس «سمینار مسائل کشورهای جهان سوم» در دوره ارشد و درس «روابط شمال و جنوب» در مقطع دکتری تکرار می‌شود. دانشجو در این رشته هرگز مدل‌های جدید پیشرفت اقتصادی و سیاسی در کشورهای غیرغربی از کره جنوبی تا چین و روسیه و... را نمی‌آموزد. دروس «تاریخ اندیشه سیاسی غرب 1 و 2» و «اندیشه‌های سیاسی در قرن بیستم» در مقطع کارشناسی و سپس با مباحث مشابهی در مقاطع ارشد و دکتری بدون کوچک‌ترین نقدی آموخته می‌شود. سخن «سعید حجاریان» از نظریه‌پردازان جبهه اصلاحات در این زمینه شنیدنی است:
«من بعد از ارتحال حضرت امام(ره) و آغاز دولت سازندگی به معاونت سیاسی مرکز تحقیقات استراتژیک برگزیده شدم. در آنجا بود که فهمیدم برای هدایت پروژه‌ها تجربه علمی سیاسی کارساز نیست و لاجرم باید آموزش دانشگاهی هم داشته باشم. لذا فوق لیسانس و دکترای خود را در علوم سیاسی اخذ کردم و انبوه نظریات و ایدئولوژی‌های سیاسی نادرست در ذهنم تلمبار شد بدون آنکه بازنگری و نقد آنها را داشته باشم. با شروع موج اصلاحات و به خصوص تشکیل جبهه مشارکت که به تئوری و راهنمای عمل نیاز داشت، طبعاً از من توقع می‌رفت که به عنوان نظریه‌پرداز دست به کار شوم و تحلیلی علمی از شرایط جامعه، دولت و نیروهای سیاسی عرضه کنم تا راهنمای عمل حزبی قرار گیرد. با مقدمات فوق اکنون می‌توانم توضیح دهم که چرا نظریه ماکس‌وبر، نظریه‌پرداز آلمانی قرن گذشته که مبنای تحلیل‌های ما قرار گرفت، هیچ ربطی به شرایط ایران ندارد. ماکس‌وبر تجربیات خود را عمدتاً از امپراتوری عثمانی، امپراتوری چین و امپراتوری مغول‌های هند گرفته بود و یک نظریه عمومی به نام پاتریمونیالیسم یا سلطانیسم وضع کرده بود.»
بیان مزبور آشکار کرد که وقتی فرد بر اساس مبانی علوم غربی و فرآورده‌های نظری غرب آموزش دیده باشد، طبیعی است که باورها و قضاوت‌هایی پیدا می‌کند که با مبانی معرفتی منبعث از متون اسلامی و ساختارهای سیاسی شکل یافته از این مبانی قابل جمع نیست.
