حضرت امام(ره) در طول دوران مبارزه تلاش کردند تا با اندیشه‌های انحرافی مقابله کرده و با افشاگری خود حقیقت فاسد این اندیشه‌ها را نمایان کنند. از جمله اندیشه‌های انحرافی سیاست استعماری جدایی دین از سیاست بود که به نوعی تفکر ارتجاعی به شمار می‌آید که متأسفانه با تبلیغات جریانی نفوذی، مورد قبول برخی از متحجران در حوزه‌های علمیه قرار گرفته بود. حضرت امام(ره) سیاست «جدایی دین از سیاست» را به منزله یکی از مظاهر اصلی تحجرگرایی برشمرده و ماجرا را چنین شرح می‌دهند:
«استکبار وقتی که از نابودی مطلق روحانیت و حوزهها مأیوس شد، دو راه برای ضربه زدن انتخاب نمود؛ یکی راه ارعاب و زور و دیگری راه خدعه و نفوذ در قرن معاصر. وقتی حربه ارعاب و تهدید چندان کارگر نشد، راه‌های نفوذ تقویت گردید. اولین و مهم‌ترین حرکت، القای شعار جدایی دین از سیاست است که متأسفانه این حربه در حوزه و روحانیت تا اندازهای کارگر شده است تا جایی که دخالت در سیاست دون شأن فقیه و ورود در معرکه سیاسیون تهمت وابستگی به اجانب را به همراه میآورد؛ یقیناً روحانیون مجاهد از نفوذ بیشتر زخم برداشتهاند. گمان نکنید که تهمت وابستگی و افترای بی‌دینی را تنها اغیار به روحانیت زده است، هرگز؛ ضربات روحانیت ناآگاه و آگاه وابسته، به مراتب کاری‌تر از اغیار بوده و هست.» حضرت امام(ره) از خون‌دل‌هایی که از این جریان خورده است، چنین یاد می‌کند: «در شروع مبارزات اسلامی اگر میخواستی بگویی شاه خائن است، بلافاصله جواب میشنیدی که شاه شیعه است! عدهای مقدس‌نمای واپسگرا همه چیز را حرام می‌دانستند و هیچ کس قدرت این را نداشت که در مقابل آنها قد علم کند. خون دلی که پدر پیرتان از این دسته متحجر خورده است، هرگز از فشارها و سختی‌های دیگران نخورده است.»
متحجران و واپس‌گرایان تا آنجا پیش رفته بودند که با تمامی مظاهر علم نیز مخالفت کرده و آنچنان چهره‌ای کریه از اسلام ارائه می‌کردند که جز نفرت و انزجار از دین در اذهان عمومی نمی‌کاشت. در این شرایط است که مجاهدت دشوار و ممتاز مجاهدان راه حق آغاز شده و صف‌آرایی اسلام ناب محمدی(ص) در برابر اسلام آمریکایی شکل می‌گیرد. این مبارزه سالیان سال به طول انجامید و حتی پرونده متحجران و قشری‌گرایان وابسته با پیروزی انقلاب اسلامی به پایان نرسید و این بار با جدیت و حمایت بیشتر بیگانگان به تضعیف انقلاب اسلامی دست زدند. این جریان که پیش از این دخالت در سیاست را حرام می‌دانستند، پس از انقلاب دست در دست بیگانگان سردمدار کودتا و براندازی شدند. حضرت امام(ره) در این بار می‌فرمایند: «پرونده تفکر این گروه همچنان باز است و شیوه مقدس مآبی و دین فروشی عوض شده است. شکست‌خوردگان دیروز، سیاست‌بازان امروز شدهاند. آنها که به خود اجازه ورود در امور سیاست را نمیدادند، پشتیبان کسانی شدند که تا براندازی نظام و کودتا جلو رفته بودند. غائله قم و تبریز با هماهنگی چپی‌ها و سلطنت‌طلبان و تجزیه‌طلبان کردستان تنها یک نمونه است که میتوانیم ابراز کنیم که در آن حادثه ناکام شدند ولی دست برنداشتند و از کودتای نوژه سر در آوردند، باز خدا رسوای‌شان ساخت.»
یکی از مصادیق تحجر و واپس‌گرایی در زمانه حضرت امام(ره) جریان حجتیه بود که در حساس‌ترین مقطع مبارزه عملاً در خدمت سلطنت و رژیم ستمشاهی قرار گرفت و به تضعیف استراتژی مبارزه دست زد و در ترفند «مذهب علیه مذهب» دشمنان اسلام نقش‌آفرین شد. این جریان که ادعای خدمت به اسلام راستین و مقابله با جریان‌های انحرافی و استعماری چون بهائیت را داشت، به واسطه آنکه از منطق صحیح مکتب اهل بیت(ع) فاصله گرفت و برخی دنیاخواهی‌ها نیز بر انحرافات فکری آنان افزوده شد، عملاً به جریانی متحجر در برابر جریان اصیل انقلابی قرار گرفت و در مبارزه به عمله رژیم پهلوی تبدیل شد! حضرت امام خمینی(ره) در «منشور روحانیت» در شرح حال این جریان مینویسند:
«دستهای دیگر از روحانی نماهایی که قبل از انقلاب دین را از سیاست جدا می‌دانستند و سر به آستان دربار میساییدند، یک مرتبه متدین شده و به روحانیون عزیز و شریفی که برای اسلام آن همه زجر و آوارگی و زندان و تبعید کشیدند تهمت وهابیت و بدتر از وهابیت زدند. دیروز مقدس نماهای بیشعور میگفتند، دین از سیاست جداست و مبارزه با شاه حرام است، امروز میگویند مسئولان نظام کمونیست شدهاند! تا دیروز مشروب‌فروشی و فساد و فحشا و فسق و حکومت ظالمان برای ظهور امام زمان(ارواحنا فداه) را مفید و راهگشا می‌دانستند، امروز از اینکه در گوشهای خلاف شرعی که هرگز خواست مسئولان نیست رخ میدهد، فریاد «وا اسلاما» سر می‌دهند! دیروز «حجتیهای»ها مبارزه را حرام کرده بودند و در بحبوحه مبارزات تمام تلاش خود را نمودند تا اعتصاب چراغانی نیمه شعبان را به نفع شاه بشکنند، امروز انقلابی‌تر از انقلابیون شدهاند! «ولایتی»های دیروز که در سکوت و تحجر خود آبروی اسلام و مسلمین را ریختهاند، و در عمل پشت پیامبر و اهل بیت عصمت و طهارت را شکستهاند و عنوان ولایت برای‌شان جز تکسب و تعیش نبوده است، امروز خود را بانی و وارث ولایت نموده و حسرت ولایت دوران شاه را میخورند! راستی اتهام آمریکایی و روسی و التقاطی، اتهام حلال کردن حرام‌ها و حرام کردن حلال‌ها، اتهام کشتن زنان آبستن و حِلیت قمار و موسیقی از چه کسانی صادر می‌شود؟ از آدم‌های لامذهب یا از مقدس نماهای متحجر و بیشعور؟! فریاد تحریم نبرد با دشمنان خدا و به سخره گرفتن فرهنگ شهادت و شهیدان و اظهار طعنها و کنایهها نسبت به مشروعیت نظام کار کیست؟ کار عوام یا خواص؟ خواص از چه گروهی؟ از به ظاهر معممین یا غیر آن؟ بگذریم که حرف بسیار است. همه اینها نتیجه نفوذ بیگانگان در جایگاه و در فرهنگ حوزههاست، و برخورد واقعی هم با این خطرات بسیار مشکل و پیچیده است.»
حضرت امام(ره) در کلامی دیگر با صراحت تمام مرزهای علمای اسلام ناب محمدی(ص) را از علمای مروج اسلام متحجر آمریکایی جدا کرده و تأکید دارند: «بزرگ‌ترین فرق روحانیت و علمای متعهد اسلام با روحانی نماها در همین است که علمای مبارز اسلام همیشه هدف تیرهای زهرآگین جهانخواران بودهاند و اولین تیرهای حادثه قلب آنان را نشانه رفته است؛ ولی روحانی نماها در کنف حمایت زرپرستان دنیاطلب، مروّج باطل یا ثناگوی ظلمه و مؤید آنان بودهاند. تا به حال یک آخوند درباری یا یک روحانی وهابی را ندیدهایم که در برابر ظلم و شرک و کفر، خصوصاً در مقابل شوروی متجاوز و آمریکای جهانخوار ایستاده باشد. همان گونه که یک روحانی وارسته عاشق خدمت به خدا و خلق خدا را ندیدهایم که برای یاری پابرهنگان زمین لحظهای آرام و قرار داشته باشد و تا سر منزل جانان علیه کفر و شرک مبارزه نکرده باشد و عارف حسینی اینگونه بود و ملت‌های اسلامی حتماً دلیل این واقعه را دریافتهاند که چرا در ایران «مطهری»ها و «بهشتی»ها و شهدای محراب و سایر روحانیون عزیز، و در عراق «صدر»ها و «حکیم»ها و در لبنان «راغب حرب»ها و «کرّیم»ها، و در پاکستان «عارف حسینی»ها، و در تمامی کشورها روحانیون درد آشنای اسلام ناب محمدی(ص) هدف توطئه و ترور میشوند.»
