در فرآیند شکل‌گیری جمهوری اسلامی و برگزاری همه‌پرسی، در ششم فروردین سال 1358 ماده واحدهای از تصویب شورای انقلاب گذشت که سن رأی‌دهندگان را به شانزده سال تقلیل داد. با این تصمیمگیری جمعیت شرکت‌کننده به حدود بیست میلیون نفر رسید. حضرت امام(ره) که در آستانه انتخاب بر «جمهوری اسلامی نه یک کلمه کم، نه یک کلمه زیاد» تأکید کرده بودند، از همه اقشار مردم و گروه‌های سیاسی دعوت کردند تا در این همه‌پرسی به جمهوری اسلامی رأی «آری» بدهند. همچنین توضیح می‌دهند که رأی «نه» معنایش پذیرش رژیم سلطنتی نیست.
به این ترتیب، مقدمات برگزاری همه‌پرسی فراهم شد و در اولین ساعات روز دهم فروردین همه‌پرسی با شکوه هر چه تمام‌تر آغاز شد. حضور مشتاقانه مردم از همان ساعات اولیه نمایان بود. مردم بی‌توجه به اظهارات گروهک‌های ریز و درشتی که از تحریم انتخابات سخن گفته یا به رأی به جمهوری اسلامی ان قلت وارد می‌کردند، تنها به قول و رأی حضرت امام(ره) توجه کرده و با شور و هیجان خاص به میدان انتخابات وارد شدند تا به جمهوری اسلامی پیشنهاد حضرت امام(ره) رأی مثبت دهند. بسیاری از مردم برای نخستین بار در طول عمر خود بود که در رأی‌گیری شرکت می‌کردند. از اخبار و گزارش‌ها و تصاویری که وجود دارد، میزان شور و حرارت وصف‌ناپذیر مردم، حتی اقلیت‌های مذهبی کاملاً پیداست. روز اول آنچنان تراکم جمعیت زیاد بود که به برخی مناطق، به ویژه مناطق مرزی تعرفه لازم نرسید و نزدیک غروب امام(ره) اجازه دادند که ۲۴ ساعت دیگر مدت رأی‌گیری تمدید شود.
به‌گفته شاهدان، با وجود آنکه مسئول زندان اوین طی سخنانی به زندانیان اطلاع داد که شرکت آنها در رأی‌گیری در سرنوشت‌شان تأثیری نخواهد داشت، اما خیلی‌ها در همه‌پرسی شرکت کردند، که از جمله آنها می‌توان به «هویدا» و اعضای کابینه‌اش، «عبدالله ریاضی» رئیس مجلس شورای ملی و «نیک‌پی» شهردار تهران اشاره کرد که همگی به جمهوری اسلامی رأی مثبت دادند. تشریفات اخذ رأی در زندان قصر عیناً مثل خارج از زندان بود و از 1500 رأی قرائت شده همه آنها مثبت بوده و رأی منفی از آن خارج نشد. طبق آمار وزارت کشور دولت موقت، شرکت‌کنندگان در انتخابات ۲۰ میلیون و ۲۸۸ هزار و ۲۱ نفر بودند که از میان آنان 20 میلیون و ۱۴۷ هزار و ۵۵ نفر رأی مثبت به جمهوری اسلامی دادند و در این میان ۱۴۰ هزار و ۹۶۶ نفر رأی منفی به صندوق‌ها ریختند.
دشمنان ملت نیز که از این خیزش عمومی آشفته بودند و رأی ملت را تاب نمی‌آوردند، از همه راهکارهای خود برای محقق نشدن اراده ملت استفاده می‌کردند. «دکتر صادق طباطبایی» در این باره می‌گوید: «ما یک پل ارتباطی بین مراکز استان‌ها و شهرهای بزرگ برقرار کردیم و با هواپیما و هلی‌کوپتر و خیلی جاها با قاطر برگه‌ها را به جاهایی که نرسیده بود رساندیم. باز هم گزارش‌هایی می‌رسید که گروه‌های ضد انقلاب، چریک‌های فدایی خلق و مجاهدین خلق اقداماتی کرده بودند و برگه‌ها را از بین برده بودند. متأسفانه علیرغم تدابیر امنیتی در گنبد و ترکمن صحرا و سقز و سنندج و مهاباد نگذاشتند رفراندوم برگزار شود. حتی به اتومبیل هیئت حسن نیت و نمایندگان آقای طالقانی هم حمله کردند که خوشبختانه به آنها آسیبی نرسید. در سنندج اکیپی شامل شش پزشک و سه پرستار که برای مداوای مجروحین رفته بودند مورد حمله قرار گرفته و کشته شدند. مأموران وزارت کشور با صندوق‌های سیار به بیمارستان‌ها و زندان‌ها هم می‌رفتند، از نکات جالب اینکه امیرعباس هویدا در زندان درخواست کرده بود رأی بدهد که برگه به او داده شد و او هم رأی آری به جمهوری اسلامی داد. بلافاصله پس از اتمام ساعات رأی‌گیری، شمارش آرا آغاز شد. یادم است در حالی که نتایج آرا را از نقاط مختلف دریافت می‌کردیم، اطلاع دادند که چریک‌های فدایی یا عده‌ای مسلح قصد دارند به ستاد انتخابات حمله کنند. عده‌ای از کارکنان ترسیده بودند، آقای کیارشی‌ـ معروف به پیراشکی‌ـ از دوستان انجمن اسلامی شهر آخن هم آن موقع به وزارت کشور برای دیدار با من آمده بود. من گفتم به نظر می‌رسد جنگ روانی باشد. ولی بالاخره حرکت مذبوحانه و بی‌ثمری انجام دادند. علیرغم آن شمارش آرا ادامه یافت.» سرانجام در سپیده دم 12 فروردین سال ۱۳۵۸ نخستین روز حکومت الله تحقق یافت و کنگرههای قصر 2500 ساله حکومت طاغوت در ایران زمین به‌دست مردم فرو ریخت. گفتنی است، همانطور که اشاره شد برخی مخالف انتخاب بین دو گزینه بودند. دو روز مانده به موعد همه‌پرسی، امام(ره) به «صادق طباطبایی» معاون سیاسی وزارت کشور دستور می‌دهند: «برای رفع این بهانه بگویید کسانی که چیز دیگری غیر از جمهوری اسلامی می‌خواهند پشت آن برگه قرمز (یا نه) بنویسند، چه سیستمی را می‌خواهند. این موضوع هم ناشی از درایت امام بود. نتیجه این تدبیر آن شد که فقط 413 رأی به جمهوری دموکراتیک خلق داده شد.»
مبتنی بر این همه‌پرسی، وزن مخالفان خط امام(ره) آشکار شد و از دیگر سو مشخص شد که حضرت امام(ره) تا چه اندازه از محبوبیت و پایگاه اجتماعی برخوردار است. مهندس بازرگان چند ماه بعد پس از برگزاری همه‌پرسی در کنایه به جریان‌های چپ می‌گوید: «در طول انقلاب چپی‌های دو آتشه هم شعار می‌دادند نهضت ما حسینی است، رهبر ما خمینی است؛ ولی با پیروزی انقلاب اوضاع دگرگون شد و از گوشه و کنار دنیا مارکسیست‌ها به ایران آمدند و سهم خود را خواستند، ولی با رفراندوم مشخص شد که نیم درصد هم میان مردم وجهه ندارند، اینها که دیدند از لحاظ عددی به حکومت نرسیدند، خواستند از طریق هوچی‌گری و اسلحه و تحریک به حق نداشته خود برسند.»
