یکی از جلوه های مرام مردم‌سالارانه حضرت امام(ره) را می‌توان در انتخاب مسئولان کشور با رأی مردم دنبال کرد. حضرت امام(ره) به شدت خواهان نقش‌آفرینی مردم در انتخابات بودند و جزء مشوقان ردیف اول ملت قرار داشتند و همه تلاش خود را کردند تا تکلیف متولیان قوه مجریه و مقننه در اسرع وقت به دست مردم تعیین شود.
انتخابات ریاست جمهوری، اولین انتخاباتی بود که پس از رسمیت یافتن قانون اساسی و مطابق با آن برگزار می‌شد. طبیعی بود که مردم باید به میدان می‌آمدند و آن کسی را که مطلوب خود بود، برمی‌گزیدند. این انتخابات می‌توانست نماد برجسته‌ای در فضای بین‌المللی برای مردم‌سالار بودن نظام اسلامی باشد. به همین دلیل، حضرت امام(ره) تأکید داشتند این انتخابات نیز همچون دیگر عرصه‌های حضور مردم، با حضور حداکثری همراه باشد.
با استعفای دولت موقت، مسئولیت برگزاری انتخابات به شورای انقلاب و وزارت کشور منسوب آن سپرده شد. در جهت اجرایی کردن فرآیند انتخابات ریاست جمهوری شورای انقلاب در تاریخ 28 آذر 1358، «لایحه قانونی انتخاب اولین رئیس جمهور كشور جمهوری اسلامی ایران» را به‌تصویب رساند. بر اساس اطلاع وزارت كشور، انتخابات در روز پنجم بهمن 1358 برگزار می‌شد و زمان آغاز نام‌نویسی كاندیداهای ریاست جمهوری 1 دی 1358 اعلام شده بود و داوطلبان فرصت داشتند تا تاریخ هشتم دی 1358 با مراجعه به وزارت كشور درخواست خود مبنی بر نامزدی انتخابات را اعلام کنند. اصل 115 قانون اساسی شرایط مشخصی را برای رئیس‌جمهور تعیین می‌كند و مقرر می‌دارد: «رئیس جمهور باید از میان رجال مذهبی و سیاسی كه واجد شرایط زیر باشند، انتخاب گردد: ایرانی‌الاصل، تابع ایران، مدیر و مدبر، دارای حسن سابقه و امانت و تقوی، مومن و معتقد به مبانی جمهوری اسلامی ایران و مذهب رسمی كشور.»
در جریان برگزاری اولین دوره انتخابات ریاست جمهوری، شورای نگهبانی شکل نگرفته بود که ناظر بر انتخابات باشد، لذا مطابق قانون در این شرایط نظارت بر انتخابات در اختیار رهبری قرار داشت. در مهلت رسمی تعیین شده برای نام‌نویسی نامزدهای انتخابات ریاست جمهوری، 124 نفر تقاضای خود را مبنی بر نامزدی اعلام كردند.
حضرت امام(ره) در 14 دی ماه 1358 پیام مهمی درباره فرآیند تأیید و ردّ صلاحیت نامزدهای انتخابات ریاست جمهوری صادر و این امر مهم را به مردم واگذار کردند. در بخشی از این پیام تاریخی آمده است: «با اینكه در این دوره به حسب قانون اساسی مصوب از ناحیه ملت، تصدیق صلاحیت رئیس جمهور و واجد بودن شرایط او به عهده اینجانب است، به واسطه بعضی مصالح و جهات لازم‌المراعاة، از آن جمله وضع استثنایی كه كشور دارد، لازم است در این امر مهم حیاتی تأخیر نشود. از طرفی شناسایی بیش از 120 نفر محتاج به زمانی طولانی است و تأخیر در این حالِ استثنایی به صلاح ملت و كشور نیست، به این جهت و جهات دیگر اینجانب امر صلاحیت و انتخاب را به ملت واگذار نمودم كه خود سرنوشت خود را تعیین كنند.»
وزارت كشور پس از اعلام نظر امام خمینی(ره) اسامی 106 نفر را از میان 124 نفر نامزد اعلام کرد. در این اعلامیه اعلام شده بود، 18 نفر به دلیل همكاری با حكومت گذشته، ساواک و مخدوش بودن شناسنامه و سوابق كیفری یا مخدوش بودن سن از فهرست نامزدهای انتخاباتی حذف شدند.
در این زمان، مهم‌ترین نگرانی حضرت امام(ره) در انتخابات، تلاش جریان‌های ضدانقلاب وابسته به بیگانه است تا روند مردم‌سالاری را در این کشور مخدوش کنند و حضور پرشور و آگاهانه ملت را تحت تأثیر قرار دهند. از این رو در دیدار با دانشجویان مسلمان پیرو خط امام(ره) علیه عملکرد این جریان‌ها در یک سال گذشته از انقلاب افشاگری می‌کند و با اشاره به تداوم فتنه‌‌گری‌ها هشدار می‌دهد: «الآن هم مأیوس نیستند، آنها كه نگذارند این رئیس جمهور كه، مردم خودشان باید تعیین كنند، نگذارند تعیین بشود. 124 نفر بیایند و داوطلب بشوند برای رئیس جمهور، معلوم است معنایش چیست. 124 نفری كه مردم اكثرشان را نمیشناسند. شاید ده تاشان را بیشتر مردم نشناسند... این خودش یک نحوه اخلالی است كه در یك كشوری، صد و بیست و چند نفر، اینها داوطلب بشوند.» از همین رو كمیته نظارت بر تبلیغات انتخابات با همكاری وزارت كشور با كسب اجازه از امام(ره)، صلاحیت نامزدها را بررسی کرد و به استناد مدارک موجود در سفارت آمریكا در یک مرحله 73 نفر از دور رقابت‌های انتخاباتی كنار رفتند. برخی از نامزدها نیز انصراف داده و در نهایت وزارت كشور در مجموع ده نفر را به‌عنوان نامزدهای انتخابات ریاست جمهوری اول معرفی كرد كه عبارت بودند از: 1ـ جلال‌الدین فارسی، 2ـ ابوالحسن بنی‌صدر، 3ـ صادق قطب‌زاده، 4ـ دریادار سیداحمد مدنی، 5ـ كاظم سامی، 6ـ مسعود رجوی، 7ـ صادق طباطبایی، 8ـ داریوش فروهر، 9ـ حسن ابراهیم حبیبی و10ـ محمد مكری.
حضرت امام(ره) در رهنمودهای‌شان استمرار نهضت را به شركت در انتخابات دانستند و این ملت بودند که با لبیک به امام(ره) پای صندوق‌های رأی آمدند. اولین دوره انتخابات ریاست جمهوری در تاریخ مقرر برگزار شد. برای این انتخابات حدود 20 هزار شعبه اخذ رأی درنظر گرفته شده بود كه 1651 شعبه در تهران و مابقی در سایر استان‌ها قرار داشت. در نهایت، از میان ۲۰ میلیون و ۹۹۳ هزار و ۶۴۳ نفر واجد شرایط، ۱۴ میلیون و ۱۵۲ هزار و ۸۸۷ نفر در انتخابات شركت کردند و آقای ابوالحسن بنی‌صدر با كسب ۱۰ میلیون و ۷۵۳ هزار و ۷۵۲ رأی (۶۷.۴ درصد آرا) اولین رئیس‌جمهور ایران شد. در این انتخابات، میزان مشارکت حدود 70 درصد بود که در نوع خود کم‌نظیر بوده و از حضور مردم در پای کار نظام جمهوری اسلامی حکایت داشت.