رهبر معظم انقلاب اسلامی در پاسخ به نامه رئیس ستاد مرکزی اعتکاف درباره لغو این مراسم معنوی اعلام کردند: «کسانی که از عمل بافضیلت اعتکاف محروم مانده‌اند، بهتر است در هر یک از این سه روز نماز حضرت جعفر طیار علیه السلام بخوانند.»
در کتاب مفاتیح الجنان مرحوم شیخ عباس قمی درباره این نماز چنین آمده است:
این نماز اکسیر اعظم و کبریت احمر است و به سندهای بسیار معتبر با فضیلت فراوان-که مهم‌ترین آن آمرزش گناهان بزرگ است ـ وارد شده است و بهترین زمان برای بجا آوردن آن، آغاز روز جمعه است؛
و آن چهار رکعت است با دو تشهد و دو سلام که در رکعت اوّل پس از سوره «حَمد»، سوره «زِلزال» و در رکعت دوّم بعد از سوره «حمد»، سوره «وَالْعادِیات» و در رکعت سوم پس از سوره «حمد»، سوره «إِذا جاءَ نَصْرُ اللّهِ» و در رکعت چهارم بعد از سوره «حمد» یک‌بار سوره «قُلْ هُوَ اللّهُ أَحَدٌ» خوانده می‌شود و در هر رکعت پس از تمام شدن سوره «حَمد» و سوره‌های یادشده، «پانزده بار» گفته می‌شود: «سُبْحانَ اللّهِ، وَالْحَمْدُ لِلّهِ وَلا إِلهَ إِلّا اللّهُ وَ اللّهُ أَكْبَرُ؛ پاک و منزه است خدا و ستایش تنها سزاوار اوست و خدایی جز او نیست و او از هر صفتی برتر است.»
و در رکوع نیز همین تسبیحات 10 بار و پس از برخاستن از رکوع 10 بار و در سجده اوّل 10 بار و پس از سر برداشتن از سجده 10 بار و در سجده دوم 10 بار و پس از سجده، پیش از برخاستن برای انجام رکعت دوم 10 بار گفته می‌شود و این ترتیب در هر چهار رکعت رعایت می‌شود که مجموع تسبیحات به 300 می‌رسد.
شیخ کلینی از ابوسعید مدائنی روایت کرده است که امام صادق علیه‌السلام به من فرمود: آیا نمی‌خواهی ذکری را به تو تعلیم دهم که آن را در نماز جعفر بخوانی؟ گفتم: آری می‌خواهم.
فرمود: هنگامی که در رکعت چهارم به آخرین سجده نماز رسیدی و از تسبیحات فارغ شدی بگو:
سُبْحانَ مَنْ لَبِسَ الْعِزَّ وَالْوَقارَ، سُبْحانَ مَنْ تَعَطَّفَ بِالْمَجْدِ وَتَكَرَّمَ بِهِ، سُبْحانَ مَنْ لَایَنْبَغِى التَّسْبِیحُ إِلّا لَهُ، سُبْحانَ مَنْ أَحْصى كُلَّ شَىْءٍ عِلْمُهُ، سُبْحانَ ذِى الْمَنِّ وَالنِّعَمِ، سُبْحانَ ذِى الْقُدْرَةِ وَالْكَرَمِ، اللّهُمَّ إِنِّى أَسْأَلُكَ بِمَعاقِدِ الْعِزِّ مِنْ عَرْشِكَ، وَمُنْتَهَى الرَّحْمَةِ مِنْ كِتابِكَ، وَاسْمِكَ الْأَعْظَمِ وَكَلِماتِكَ التَّامَّةِ الَّتِى تَمَّتْ صِدْقاً وَعَدْلاً، صَلِّ عَلى مُحَمَّدٍ وَأَهْلِ بَیْتِهِ، وَافْعَلْ بِى كَذا وَكَذا؛
پاک و منزه است آنکه لباس عزت و وقار به بردارد، پاک و منزه است آنکه به بزرگی مهر ورزد و به آن گرامی باشد، پاک و منزه است آنکه پاکی جز برای او سزاوار نیست، پاک و منزه است آنکه دانشش هر چیز را برشمارد، پاک و منزه است آن سرچشمه فضل و بخشش، پاک و منزه است آن دارای قدرت و کرم؛ خدایا از تو خواستارم به‌حق بندها و گره‌گاه‌های شکوه عرشت و به‌حق نهایت مهرت که در کتابت آوردی و نام بزرگت و کلمات بی‌عیب و نقصت که در راستی و عدالت بس کمال یافته‌اند، بر محمّد و خاندانش درود فرست و با من چنین و چنان کن
و به جاى کلمه «کذا و کذا» حاجات خود را از خدا درخواست کند.
شیخ طوسی و سید ابن طاووس از مفضل بن عمر روایت کرده‌اند که گفت: روزی امام صادق علیه‌السلام را دیدم که نماز جعفر بجا آورد و پس از نماز دست‌ها را بلند کرد و این دعا را خواند:
«یَا رَبِّ یَا رَبِّ» به‌اندازه‌ای که یک نفس اجازه دهد، «یَا رَبَّاهُ یَا رَبَّاهُ» به قدر یک نفس، «رَبِّ رَبِّ» به‌اندازه یک نفس، «یَا اللّهُ یَا اللّهُ» باز هم به قدر یک نفس، «یَا حَیُّ یَا حَیُّ» همپای یک نفس، «یَا رَحِیمُ یَا رَحِیمُ» باز هم به‌اندازه یک نفس، «یَا رَحْمنُ یَا رَحْمنُ» هفت بار «یَا أَرْحَمَ الرَّاحِمِینَ» هفت بار، سپس این دعا را خواند:
اللّهُمَّ إِنِّى أَفْتَتِحُ الْقَوْلَ بِحَمْدِكَ، وَأَنْطِقُ بِالثَّناءِ عَلَیْكَ، وَاُمَجِّدُكَ وَلَا غَایَةَ لِمَدْحِكَ، وَأُثْنِى عَلَیْكَ وَمَنْ یَبْلُغُ غایَةَ ثَنَائِكَ وَأَمَدَ مَجْدِكَ، وَأَنَّى لِخَلِیقَتِكَ كُنْهُ مَعْرِفَةِ مَجْدِكَ، وَأَىَّ زَمَنٍ لَمْ تَكُنْ مَمْدُوحاً بِفَضْلِكَ، مَوْصُوفاً بِمَجْدِكَ، عَوَّاداً عَلَى الْمُذْنِبِینَ بِحِلْمِكَ، تَخَلَّفَ سُكَّانُ أَرْضِكَ عَنْ طَاعَتِكَ، فَكُنْتَ عَلَیْهِمْ عَطُوفاً بِجُودِكَ، جَوَاداً بِفَضْلِكَ، عَوَّاداً بِكَرَمِكَ، یَا لَاإِلهَ إِلّا أَنْتَ الْمَنَّانُ ذُو الْجَلَالِ وَالْإِكْرامِ؛
خدایا! سخنم را با ستایش تو آغاز می‌کنم و با ثنای تو گویا می‌شوم و تو را به بزرگی می‌ستایم، در حالیکه ستایشت را پایانی نیست و تو را سپاس می‌گوییم، کیست آنکه به نهایت سپاست و بلندای بزرگی‌ات برسد؟ آفریدگانت را چه رسد که به شناخت ژرفای عظمت تو دست یابند، چه زمانی بوده که به فضل و بخششت ستوده و به عظمتت موصوف نبودی، کدامین زمان بوده که با بردباری خویش پیاپی از گنه‌کاران درنگذشته باشی؟! ساکنان زمینت از فرمان‌برداری تو سرپیچی کردند، اما تو با بخشش خویش بر آنان مهر ورزیدی، به فضل خود به آنان بخشیدی و به کرمت پی‌درپی به آنان روی کردی، ای که معبودی جز تو نیست، بخشایشگری که دارای شوکت و کرامتی.
پس حضرت فرمود: ای مفضّل هرگاه تو را حاجت ضروری پیش آید نماز جعفر را بخوان و این دعا را قرائت کن و حاجتت را از خداوند بخواه که به خواست خدا برآورده می‌شود.مؤلف گوید: شیخ طوسی برای برآورده شدن حاجت از امام صادق علیه‌السلام روایت کرده: روزهای چهارشنبه و پنجشنبه و جمعه را روزه بدار و چون روز پنجشنبه به آخر رسد به 10 مسکین، هر مسکینی یک مُدّ [به مقدار تقریبی 10 سیر] طعام صدقه بده؛ و در آغاز روز جمعه غسل کن و به محراب برو و نماز جناب جعفر را بخوان، آنگاه زانوها را برهنه ساز و بر زمین بگذار و بگو:
یَا مَنْ أَظْهَرَ الْجَمِیلَ، وَسَتَرَ الْقَبِیحَ، یَا مَنْ لَمْ یُؤاخِذْ بِالْجَرِیرَةِ، وَلَمْ یَهْتِكِ السِّتْرَ، یَا عَظِیمَ الْعَفْوِ، یَا حَسَنَ التَّجَاوُزِ، یَا وَاسِعَ الْمَغْفِرَةِ، یَا بَاسِطَ الْیَدَیْنِ بِالرَّحْمَةِ، یَا صَاحِبَ كُلِّ نَجْوَى، وَمُنْتَهَى كُلِّ شَكْوَى، یَا مُقِیلَ الْعَثَرَاتِ، یَا كَرِیمَ الصَّفْحِ، یَا عَظِیمَ الْمَنِّ، یَا مُبْتَدِئاً بِالنِّعَمِ قَبْلَ اسْتِحْقاقِهَا؛
ای آنکه زیبایی را آشکار سازی و زشتی را بپوشانی، ای آنکه بندگان را بر خطایشان سرزنش نکنی و پرده حرمتشان را ندری، ای بزرگ در بخشش و نیکو درگذشت، ای که آمرزگاری‌ات فراگیر و دستانت به مهر گشاده است، ای شنوای هر راز و نجوی و سرانجام هر دادخواهی، ای که از لغزش‌ها درگذری، ای بزرگوار در چشم‌پوشی و گذشت، ای بزرگ بخشایشگر، ای آغازگر نعمت‌ها پیش از شایستگی بندگان؛
یَا رَبَّاهْ یَا رَبَّاهْ یَا رَبَّاهْ،
«10 مرتبه»
اى پروردگار
یا اللّهُ یا اللّهُ یا اللّهُ
«10 مرتبه»اى خدا
یا سیداهُ یا سیداهُ
«10 مرتبه»
اى سرور
یا مولایاهُ، یا مولایاهُ
«10 مرتبه»
اى مولا
یَا رَجَاءاهُ
«10 مرتبه»
اى امید
یَا غِیَاثَاهُ
«10 مرتبه»
اى پناه
یَا غَایَةَ رَغْبَتَاهُ
«10 مرتبه»
اى نهایت رغبت
یَا رَحْمنُ
«10 مرتبه»
اى بخشاینده
یَا رَحِیمُ
«10 مرتبه»
اى مهربان
یَا مُعْطِىَ الْخَیْرَاتِ
«10 مرتبه»
اى عطابخش
صَلِّ عَلى مُحَمَّدٍ وَآلِ مُحَمَّدٍ كَثِیراً طَیِّباً كَأَفْضَلِ مَا صَلَّیْتَ عَلى أَحَدٍ مِنْ خَلْقِكَ
«10 مرتبه»
درود فراوان و پاکیزه بر محمّد و خاندان محمّد فرست، همچون بهترین درودها که بر بنده‌اى از بندگان خود فرستى
و حاجت خود را بطلب.
