با تسخیر لانه جاسوسی بود که نام «حجتالاسلام سیدمحمد موسوی خوئینیها» بر سر زبانها افتاد، روحانی سیاسیای که نام او پیش از این کمتر شنیده شده بود. وی مدتی امام جماعت مسجد جوستان تهران بود و در آنجا جلسات تفسیر قرآنی برگزار میکرد که ویژگیهایی مختص به خود داشت؛ از آن جمله حضور برخی چهرههای سیاسی بود که بعدها از خط امام(ره) و انقلاب فاصله گرفتند و دست به خشونت و ترور زدند. بحث درباره این جلسات تفسیر از همان دوران تا به امروز ادامه داشته و دیدگاههای مختلفی درباره آن انتشار یافته است. سالها پیش بود که آقای موسویخوئینیها سکوت خود را شکست و به پاسخگویی در این زمینه روی آورد. وی در سایت شخصی خود در این زمینه نوشت: «من هیچگونه ارتباطی با گروه فرقان نداشتهام و حتی یک بار هم رهبر این گروه را ندیدهام. فردی معمم ادعا كرده است كه من این گروه را در جلسات تفسیر قرآن به گونهای آموزش دادهام و نسبت به مرحوم شهید مطهری مطالبی گفتهام كه این گروه به ترور آن عالم بزرگوار كشیده شدهاند، تمام این نسبتها و ادعاها، كذب محض است.» اما «حجتالاسلام ناطقنوری» که در آن روزگار در جایگاه قاضی اصلی دادگاه اعضای گروهک فرقان قرار داشت، نقل میکند: «من بعدها در دادگاه فرقان، از یکی از اینها (اعضای گروهک فرقان) سؤال کردم که شما از کجا به اینجا رسیدید؟ او گفت: ما اول تفسیر پرتوی از قرآن را خواندیم. بعد دیدیم یک کسی روشنفکرتر از او تفسیر میگوید و رفتیم به مسجد جوستان (محل سخنرانیهای موسویخوئینیها) در خیابان نیاوران قدیم. بعد دیدیم یکی انقلابیتر از همه اینها آمده و روشنفکرتر از همه اینهاست و او اکبر گودرزی است.» «علی مطهری» فرزند شهید مطهری نیز معتقد است: «فرقانیها متأثر از افکار مارکسیستی بودند و با تیپی که مخالف کتاب «مسئله حجاب» بودند، فرق داشتند. اینها داعیه روشنفکری داشتند و به جریان التقاط متعلق بودند؛ البته متحجر هم بودند؛ ولی نوعی متحجر روشنفکر و متأثر از مارکسیسم و میخواستند اسلام را بر مارکسیسم تطبیق بدهند و احکام اسلامی را بر اساس مارکسیسم توجیه کنند. من معتقدم اینها بیشتر متأثر از افرادی چون موسویخوئینیها و دکتر پیمان بودند و همین طور از نهضت آزادی خارج از کشور و دکتر یزدی و قطبزاده، و جزواتی که از طرف آنها میآمد. در جزوهای که آنها برای سالگرد دکتر شریعتی منتشر کرده بودند و احتمالا متعلق به دکتر یزدی و گروهش بود، به شهید مطهری حمله و ایشان را در کشتن دکتر شریعتی، همکار رژیم شاه معرفی کرده بودند. آنها «عدل الهی» و «خدمات متقابل ایران و اسلام» را مسخره کرده و گفته بودند که افرادی که به دنبال تحکیم پایههای رژیم شاهنشاهی هستند، این مطلب را مینویسند.» مطهری میافزاید: «زمانی که رهبر انقلاب رئیسجمهور بودند، با ایشان ملاقاتی داشتم. فرد دیگری در آن جلسه حضور نداشت. ایشان در این باره نقل میکردند که یک بار آقای مطهری از من مطلبی را خواستند. ایشان گفتند: برو به این محمد خوئینیها بگو این تفاسیری که داری از قرآن میکنی، همه خلاف و تفسیریهای مارکسیستی است. به او پیغام بده که حتما پیش من بیاید. من به او پیغام را دادم. بعد از چند ماه آقای مطهری از من پرسید پس چرا ایشان نیامد؟» «هاشم صباغیان» وزیر کشور دولت موقت و از اعضای ارشد نهضت آزادی درباره چگونگی رشد و فعالیت فرقانیها میگوید: «در آن زمان بعضی از برداشتهای نادرست و مخربی که از سادهزیستی میشد، به تفسیرهایی برمیگشت که آقای موسویخوئینیها در مسجد جوستان ارائه میکرد و همینطور برداشتهای آقای دکتر پیمان که برداشتهایی مارکسیستی و چپگرایانه بود و موجب چنین افراطهایی میشد. خود من بعدها ماهیت آنها [فرقانیها] را فهمیدم و متوجه شدم که از محصولات جلسات تفسیر آقای موسویخوئینیها هستند.» «محمدباقر ذوالقدر» که پیش از انقلاب دانشجوی رشته اقتصاد دانشگاه تهران بود، از جمله کسانی است که چند جلسه در مسجد جوستان حاضر شده است. او در خاطرات مرکز اسناد انقلاب اسلامی در این باره میگوید: «بچههای دانشکده ما، بچهمسلمانها میرفتند، واقعاً با همه عشق میرفتند، استفاده میکردند، دل میدادند، من هم گاهی با آنها میرفتم، ولی میدیدم نه تنها مرا اقناع نمیکند، بلکه پر از اشکال است؛ از جمله درسهای آقای موسویخوئینیها در یک مسجد در نیاوران. آنجا یکی از پرطرفدارترین مجالس تفسیر بود. معمولاً بعد از ظهرهای جمعه بود، این گونه در ذهنم است... دلیل آن هم این است که بعد از اینکه از کوه میآمدند، بچهها میرفتند آنجا. من دو جلسه رفتم آن هم با اصرار آن برادران که آنجا میرفتند. ایشان تفسیر سوره بقره را داشت انجام میداد؛ جلسه اول که رفتم دیدم که چه سنخ بحثی آنجا مطرح میشود. جلسه دوم بیشتر از روی کنجکاوی که چگونه مطلب را ایشان جمع میکند. حقیقت مطلب این بود که یک تفسیر صددرصد مارکسیستی انجام میداد، یعنی نه ۵/۹۹ درصد، بلکه ۱۰۰ درصد... یعنی همه چیزهایی که ما به عنوان امور ماورای مادی و متافیزیکی به تعبیر آن روز، غیبی به عنوان معجزه، به عنوان امور غیرعادی و امور خارقالعاده قلمداد میکنیم، وی تلاش میکرد تفسیر صددرصد مادی کند؛ مثلاً حرکت حضرت موسی(ع) در عبور از رودخانه را اینگونه میگفت که نروید دنبال معجزه به آن سبکی که گفته میشود، دنبال امور خارقالعاده بگردید، خیر، شواهد زیادی داریم که علم و تکنولوژی در آن عصر خیلی پیشرفته بود، به خصوص مصر یکی از مراکز تمدن جهانی بود و علوم در آنجا پیشرفته بوyد. شما هیچ بعید ندانید که اینها پلی ساختند مثل پلهای شناوری که امروز میسازند. نیروهایشان که عبور کرد این پل را منهدم کردند. دقیقاً با همین تعابیر!»