پس از پیروزی انقلاب اسلامی مجموعهها و تشکلهای سیاسی متعددی متناسب با شرایط و ضروریات انقلاب اسلامی شکل گرفتند که با گذر زمان دستخوش اختلافات جدی شدند. هرچند وضعیت دشوار اوایل انقلاب اجازه ظهور و بروز این اختلافات را نمیداد، اما چندسال بعد با گذر زمان و عبور از وضعیت حساس آن روزگار، اختلافات علنی شد و در نهایت کار به انشعاب و جدایی انجامید. سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی از جمله این گروههای سیاسی بود که با هدف دفاع از انقلاب نوپای اسلامی ملت ایران، از ائتلاف هفت گروه مبارز به وجود آمد و توانست در آن مقطع حساس نقشآفرین باشد. «محسن آرمین» از اعضای فعال سازمان در این زمینه چنین میگوید:
«شرایط تحول سالهای اول انقلاب که کاملاً تحت تأثیر حوادث بسیار سریع شکل گرفت، اجازه بحثهای مبنایی و اساسی را که میبایست مبنا و مقدمات تشکیل یک سازمان سیاسی را فراهم کند به ما نمیداد. در نتیجه وحدت این هفت گروه بر دوـ سه محور مشخص استوار شد: یک دفاع از انقلاب و دستاوردهای آن، دوم: اعتقاد به محوریت رهبری حضرت امام خمینی(ره) و اندیشه مبنایی انقلاب که البته، تمام این موارد کاملاً کلی بود، یعنی حتی ما فرصت یک بحث نظری در مورد هر یک از این محورها را هم پیدا نکردیم و سازمان بر همین اساس شکل گرفت. برای وحدت این هفت گروه در سازمان که با دیدگاهها و برداشتهای متفاوتی که داشتند نیازمند یک سری بحثها و گفتوگوهای تئوریک بودیم تا بتوانیم دیدگاهها را به هم نزدیک سازیم، اما ضرورتهای موجود در سالهای اولیه انقلاب و سرعت تحولات امکان انجام بحث و گفتوگوها را از ما گرفت.»
مخالفان و منافقین از همان ابتدای شکلگیری نظام به ضدیت و مقابله با خط امام(ره) رو آوردند و درگیریها و چالشهای ایجاد شده، انقلاب اسلامی و خط امام(ره) را در شرایطی حاد قرار داد. این امر موجب شد گروهها و سازمانهای انقلابی اولویت خود را مقابله و برخورد با گروهکها و ضدانقلاب قرار دهند و زمینه بروز اختلافات درون سازمانی فراهم نشود. سازمان مجاهدین نیز از این قاعده مستثنی نبود و جبهه ناهمگون سازمان برای مواجهه با منافقین، لیبرالها و گروههای چپ به همگونی رسید.
در کنار این همگرایی، نشانههایی از واگرایی و اختلاف نیز به تدریج در حال ظهور و بروز یافتن بود. اولین اختلافات در سازمان مجاهدین انقلاب هنگامی آغاز شد که سازمان قصد داشت در بزرگداشت روز کارگر(12/2/1358) اعلام موضع کند. برخی این اقدام را اقدامی اسلامی و برخی بازی در جورچین مارکسیستها میدانستند. «محمد سلامتی» بروز اولین اختلافنظرها را چنین توصیف میکند:
«سازمان فعالیتهای گستردهای داشت، اما اگرچه میتوان گفت که این فعالیتها منافع زیادی را برای کشور داشت، ولی برای خود سازمان مقداری مشکل ایجاد کرد؛ زیرا همه ما درگیر کارهای اجرایی شدیم، بیآنکه در آغاز کار تمام مواضع خود را همسان و یکسان کنیم، یعنی اول ننشستیم مواضع سیاسی، اقتصادی، فرهنگی و اجتماعی خود را یکی کنیم و در نتیجه از همان اول اختلافنظرهایی میان ما وجود داشت. در سال 1358 که اوایل کارمان بود، وقتی که میخواستیم بیانیه بدهیم با مشکل مواجه میشدیم. امثال ما به عنوان خط جناح چپ معروف بودیم. اگرچه در آن موقع این جناحبندیها وجود نداشت؛ ولی مثلاً ما معتقد بودیم که باید به مناسبت روز جهانی کارگر بیانیه بدهیم، اما عدهای معتقد به این کار نبودند و با آن مخالفت میکردند و میگفتند این روز به سوسیالیستها و کمونیستها تعلق دارد.» وی در جایی دیگر میافزاید: «بعد از تشکیل سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی، میان افراد مؤسس سازمان اختلاف ایجاد شد، یک عده طرفدار کارگران بودند و یک عده نبودند و این اختلاف زمانی خودش را نشان داد که ما در سازمان، به مناسبتهایی ناگزیر میشدیم بیانیه بدهیم. مثلاً در سال 1358 در روز جهانی کارگر، ناگزیر بودیم موضعگیری کنیم. وقتی در سازمان درباره آن بحث کردیم، مشخص شد عدهای موافق نیستند و میگفتند، روز جهانی کارگر متعلق به کمونیستهاست و ما نباید در این باره بیانیه بدهیم، یک عده هم سخت طرفدار کارگران بودند و میگفتند باید بیانیه بدهیم؛ زیرا روز جهانی کارگر که متعلق به کمونیستها نیست و درست است که از کارگران دفاع میکنند، اما روز کارگر ربطی به آنها ندارد و کارگران جزء مستضعفین هستند و ما باید از آنها حمایت کنیم.»
محسن آرمین نیز ماجرا را چنین شرح میدهد: «اولین جرقه اختلافات بلافاصله پس از تشکیل سازمان زده شد، اما این اختلافات تحتالشعاع ضرورتها، مشکلات و نیازهایی قرار میگرفت که انقلاب با آن مواجه بود. لذا زمینهای برای بروز نمییافت. به عنوان مثال یک ماه پس از اعلام موجودیت به هنگام تصمیمگیری برای انتشار اطلاعیهای به مناسبت روز کارگر اولین اختلافنظرها در سازمان به وجود آمد. عدهای اساساً هر نوع توجه به کارگر را ملهم از اندیشههای مارکسیستی و در نتیجه نوعی التقاط میدانستند و با دادن اطلاعیه برای روز کارگر مخالف بودند.»
با وجود اختلافاتی که بر سر انتشار در روز کارگر به وجود آمد، سرانجام اطلاعیه سازمان در تاریخ 6/2/1358 برای حضور در راهپیمایی این روز منتشر میشود:
«بسم الله الرحمن الرحیم/ اطیب الکسب عمل الرجل بیده (پاکیزهترین دستآورد، حاصل دست زحمتکشان است.) (محمد/ص)
به نشان احترام و ارزشی که خدا برای کارگران قائل است. برای سپاس از دستهای پرتوانی که در این انقلاب اسلامی به فرمان امام خمینی ارکان اقتصادی امپریالیزم و رژیم طاغوتی وابستهاش را با اعتصابهای پرشکوه و خونین خویش فرو ریخت. برای ارجگذاری به نقش سازنده و حساسی که کارگران در ادامه انقلاب و به ثمر رساندن آن دارند. با تأکید بر این که حکومت نهایی اسلامی، حکومت مستضعفین میباشد. ما، برای احتراز از تفرقهگرایی، این روز بزرگ را به همراه دیگر خواهران و برادران کارگر با شرکت در راهپیمایی یازده اردیبهشت که از پنج نقطه تهران آغاز میشود، گرامی میداریم./ سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی (6/2/1358)»