تنظیم بحث و انتخاب راه مناسب برای استدلال در هر موضوعی از مختصات فکری شهید صدر بود. اندیشه صدر از روشمندی علمی و فنی برخوردار بود که تدریس یا تحقیق درباره موضوعی خاص را منتج به نتیجه میکرد؛ از این رو میبینیم مباحث فقهی و اصولی ایشان از لحاظ روش و ترتیب فنی بحث، نسبت به بحثهای محققان گذشته کاملاً فرق میکرد. ایشان مطالبی را که دیگران به صورت متداخل و درهم مطرح کرده بودند، به ویژه در مسائل پیچیدهای که فهمش مشکل و خلط و اشتباه در آنها زیاد بود، جهات و جوانب آن را از هم جدا میکرد و جوهره آن مطلب را روشن میساخت و به گونهای علمی و عینی آن را تحلیل و تنظیم میکرد، به طوری که اهل فن نیز نظیر آن را در مباحث دیگران نمییافتند.
طریقه استدلال در هرموضوعی را نیز کاملاً فرق میگذاشت. بدین صورت که در فلان موضوع آیا جای استفاده از برهان است یا محل به کارگیری استقراء و وجدان است؟ چنین نبود که در اثبات مدعای خود فقط به وجدانی بودن آن اکتفا کند؛ بلکه در استفاده از وجدان نیز به شیوه خاصی که میتوان آن را روش «انگیزش وجدانی» نام نهاد، عمل میکرد، بدین معنا که وجدان محقق را نسبت به موضوع حساس و هوشیار میکرد. در خلال بحث از منبهات وجدانی، این نکته در مباحث اصولی شهید کاملاً پیداست، برای نمونه میتوان به مبعداتی اشاره کرد که ایشان در مورد بشری بودن وضع لغات بنابر نظریههای مشهور اصولیان و نه نظریه خود او ذکر کرده است.
از ویژگیهای اندیشه شهیدصدر گرایش منطقی و برهانی در اندیشیدن و در حل قضایای علمی توأم با اقناع روانی است و اینکه این دستاوردهای برهانی هماهنگ و مطابق وجدان بوده و تا حد زیادی قدرت اقناع و اطمینان روانی را نیز در بر داشته باشد. چنین نبود که صرفاً نظریهای را بدون دلیل نقل کند یا دلیل آن مصادره به مطلوب باشد، بلکه در هر فرضیه علمی ابتدا دلایل و براهین قانعکننده آن را ذکر میکرد. آوردن برهان در هر موضوعی مثل مباحث لغوی یا عقلانی یا عرفی برای او دشوار نبود. این ویژگی آرا و نظریات، این مکتب و دستاوردهای فکری آن را چنان صبغه علمی و منطقی داده که به آسانی نمیتوان آنها را نقد کرد و آنها را قدرت اقناع بیشتر بخشیده و در ابطال نظریات و آرای دیگر تواناتر میکند.
همچنین ویژگی یاد شده، این مکتب را قادر به تربیت فکر و اندیشه پیروان خود کرده و پایههای آن را بر بنیان منطقی و علمی بنا مینهد و از مناقشات لفظی و درهم ریختگی و تداخل فهمها که اغلب موجب سقوط تحقیقات و پژوهشهای علمی و عقلی است، دور میکند. درعین حال این فکر برهانی و منطقی چنین نبوده که همیشه متکی به ساختار و اصطلاحات کلیشهای باشد، چون گاهی این اصطلاحات کلیشهای موجب به خطا رفتن فکر محقق شده و از واقع دور میشود و نظریاتی را اتخاذ میکند که وجدان سلیم آنها را رد میکند، به ویژه در مباحث دارای ملاک درونی و وجدانی که نیازمند روش خاصی در استدلال است.