سید صدر از بیست سالگی با تدریس کتاب «کفایهالاصول»، تعلیم و تربیت طلاب جوان را آغاز کرد. از بیست‌وپنج سالگی به تدریس خارج اصول و از بیست‌وهشت سالگی به تدریس دوره خارج فقه براساس کتاب «العروه الوثقی» همت گماشت و بعد‌ها به تدریس فلسفه و تفسیر قرآن نیز اهتمام کرد. او در طول نزدیک به سی سال تدریس و تعلیم، شاگردانی جوان، محقق، پرشور، متقی، متفکر، آگاه، مجاهد و سیاستمدار تربیت کرد که هر یک از آنها بعد‌ها پرچمدار نشر علم و فرهنگ و آیین جهاد در راه خدا شدند و بعد از استادشان، راه علمی، فکری و سیاسی ـ اجتماعی او را ادامه دادند.
سیدمحمدباقر صدر، نهضت امام خمینی (ره) در ایران را روزنه امیدی برای نجات امت اسلامی می‌دانست. بنابراین، از آغاز نهضت اسلامی امام (ره) در سال ۱۳۴۲ شمسی آن را تحت نظر داشت و از امام و حرکتش حمایت می‌کرد. در تاریخ ۹ جمادیالثانی ۱۳۸۵، حضرت امام خمینی (ره) از تبعیدگاه ترکیه به نجف اشرف منتقل شدند. ورود امام (ره) به حوزه علمیه نجف، جنب و جوشی در آن ایجاد کرد. علما و روحانیون نجف درباره استقبال از امام (ره)، نظر‌های گوناگونی داشتند.
آیت‌الله صدر با اشتیاق تمام به همراه عدهای از علمای دیگر، در مراسم استقبال و پیشواز از امام (ره) شرکت و شاگردان و همفکرانش را نیز به آن دعوت کرد و در تمام چهارده سال اقامت امام (ره) در نجف، سیدمحمدباقر با ایشان ارتباط نزدیکی داشت و به امام (ره) عشق می‌ورزید؛ عشقی که تا آخر عمر در بین او و امام (ره) بود.
دوران مرجعیت آیت‌الله سید محمدباقر صدر، پس از وفات آیت‌الله حکیم (۱۳۹۰ ق) آغاز شد و بسیاری از مردم عراق از او تقلید کردند. در سال ۱۳۹۲ ق، رژیم بعث عراق بیش از پیش از تحرک‌های ضد استبدادی حزب دعوت اسلامی و دیگر گروه‌های مبارز و مسلمان عراق به وحشت افتاد. بنابراین، با یورش به خانههای مبارزان و مجاهدان، عده زیادی را دستگیر و زندانی کردند. آیت‌الله صدر نیز با اینکه بیمار بود و در بیمارستان نجف بستری شده بود، تحت نظر مأموران سازمان امنیت رژیم بعث قرار گرفت. تا اینکه با اعتراض مردم و علما، سازمان امنیت دست از او برداشت.
از حوادث مهم دیگر در دوران مرجعیت آیت‌الله صدر، حرکت اربعین سال ۱۳۹۷ بود. مردم نجف از قدیم هر سال در روز اربعین حسینی، مویهکنان و عزادار، با پای پیاده از نجف تا کربلا راهپیمایی میکنند. در آن سال، آیت‌الله صدر هر چه در توان داشت به هیئت‌های عزادار مساعدت کرد تا مراسم شورانگیز اربعین را هر چه با شکوهتر برگزار کنند. آن روز ده‌ها هزار نفر در قالب عزاداران حسینی، اعتراض خود را علیه سلطه ضد انسانی رژیم بعث عراق اعلام کردند. به دنبال آن قیام تاریخی، آیت‌الله صدر را دستگیر و به سازمان امنیت بغداد منتقل کردند. در آنجا پس از بازجویی، هشت ساعت تحت شکنجه جسمی و روحی قرار دادند. آثار آن شکنجه‌ها، تا آخر عمر در بدنش هویدا بود و به سختی می‌توانست از پله‌ها بالا برود.