دوران هشت سال دفاع مقدس در تقویم تاریخی انقلاب اسلامی حاوی موضوعات مهم و ناگفته بسیاری است که یکی از مهم‌ترین، مؤثرترین و کارآمدترین آن، موضوع «فرماندهی کل قوا» است. در این دوران، فرماندهی کل قوا با تدابیر و توانمندی‌های خود و همراهی مردم توانستند کشور را از گردنه‌های سخت عبور بدهند. در این ظرفیت مختصر فقط به چند نمونه از مدیریت فرماندهی کل قوا در دوران دفاع مقدس اشاره می‌شود.
۱ـ تجاوزات و تحرکات دشمن بعثی قبل از شهریور ۱۳۵۹ با درایت و صبر و تحمل و پیگیری‌های امام راحل مدیریت شد. این در حالی بود که آمریکا رژیم بعث را تجهیز و تشویق به تجاوز و اشغالگری می‌کرد و پنج استان مرزی ایران را به تصرف درآورده بود و جمعیت زیادی از مرزنشینان از خانه و کاشانه‌شان آواره شده بودند.
۲ـ رژیم بعثی عراق با بهانه‌های گوناگونی، جنگ خانمان‌سوزی را در ۳۱ شهریور ۱۳۵۹ به ایران تحمیل کرد و به خصوص پایتخت کشور، یعنی تهران از اوضاع عادی خارج شد و آشفتگی‌هایی را به بار آورد و به تبع آن مرکز استان‌های مرزی زیر آتش سنگین قرار داده شد؛ اما امام راحل در جایگاه فرمانده کل قوا مانند کوه ایستادند و بر اوضاع مسلط شدند و نیرو‌های مقاومت مردمی را به میدان و عرصه مبارزه آوردند. ایشان در کمترین زمان موفق شدند مانع پیشروی متجاوزان رژیم بعثی شوند و کمتر از سه ماه آنها را زمین‌گیر کردند.
۳ـ فرماندهی کل قوا ابتکار عمل را در دست داشتند و به سرعت خلأ‌ها را تشخیص دادند و نهاد‌های مسئول را متوجه وظایف‌شان کردند؛ به خصوص نهادی مانند شورای عالی دفاع که مسئولان آن را نصب کرده و جلسات تصمیم‌گیری در جنگ را به عهده آنها گذاشتند. ایشان همچنین تکلیف نیرو‌های سه‌گانه ارتش را روشن کردند و با حمایت و پشتیبانی از نیرو‌های انقلابی، مانند سپاه پاسداران و کمیته‌های انقلاب، نیرو‌های مقاومت مردمی را تحت پوشش بسیج فعال کردند.
۴ـ امام راحل که در رأس فرماندهی کل قوا بودند، هر سازمان و نهادی را که نیازمند ترمیم بود، پیگیری کردند و نقاط ضعف‌ها را برطرف و نقاط قوت‌ها را تقویت کردند. همچنین، مطابق اختیارات قانونی مندرج در قانون اساسی عزل و نصب‌ها را با دقت اعمال کردند که یکی از حساس‌ترین آن جریان تنفیذ اختیار فرماندهی کل قوا به بنی‌صدر، رئیس‌جهمور وقت بود که عزل وی را هم در شرایط خاصی انجام دادند.
۵ـ آنچه در عالم واقع مسلم است، این است که همه بار مشکلات کشور و جنگ تحمیلی بر دوش امام راحل بود و ایشان با درایت و رعایت مصلحت در سطح بسیار عالی جنگ را مدیریت کردند که در این مختصر نمی‌گنجد؛ برای نمونه، می‌توان به نقش ایشان در مذاکرات، نشست‌ها و هیئت‌ها به خصوص در ایام و روز‌های سخت پیچیده پایان جنگ اشاره کرد که با آن کهولت سن در قضیه پذیرش قطعنامه ۵۹۸ تصمیم بسیار تعیین‌کننده‌ای را اتخاذ کردند. پس از رحلت امام (ره) هم، حضرت آقا چنان کردند که ایشان می‌خواستند.