در بين شاگردان حضرت امام(ره) بيشک علامه مرتضي مطهري از جايگاه ويژهاي برخوردار است. وي که مدت 12 سال در درس فلسفه ملاصدرا و عرفان و اخلاق و اصول حضرت امام خميني حاضر شده بود, حضرت آيت الله خامنه اي دوران طلبگي مطهري را چنين توصيف ميکند: «مرحوم شهيد مطهري (رضواناللَّهعليه) گرايش سلوكي و معنوي هم داشت؛ يك مقدار متأثر از مصاحبت و شاگردي امام، يك مقدار متأثر از مصاحبت و شاگردي مرحوم علامهي طباطبايي، يك مقدار هم بعدها با بعضي از اهل دل و اهل حال مأنوس و آشنا شده بود.» (15/4/83)
بعد از سالها درس آموزي در حوزه علميه قم به تهران آمد و در دانشکده الهيات دانشگاه تهران کرسي تدريس علوم اسلامي را برعهده گرفت. در اين دوران مهمترين خدمات استاد مطهري را ميتوان ارائه ايدئولوژي اصيل اسلامي از طريق درس و سخنراني و تأليف کتاب دانست. اين امر خصوصاً در سالهاي 1351 تا 1357 به خاطر افزايش تبليغات گروههاي چپ و پديد آمدن گروههاي مسلمان چپ زده و ظهور پديده التقاط به اوج خود مي رسد. در سال 1355 به دنبال يک درگيري با يک استاد کمونيست دانشکده الهيات! زودتر از موعد مقرر بازنشسته ميشود.
رهبر معظم انقلاب اسلامي در پيام خود به همايش جهاني حکمت مطهر، مبارزات فکري مطهري را چنين توصيف ميکند: « ايشان با قوت فكري و انديشه صائب خود در دهههاي 1340-50 وارد ميدانهايي شد كه تا آن زمان هيچ كس در زمينه مسائل اسلامي وارد آن نشده بود و با تفكرات وارداتي غربي و شرقي به چالش علمي عميق، وسيع و تمام نشدني پرداخت و در جبهه مقابله با ماركسيسم و تفكرات غربي و ليبراليسم دست به يك جهاد هوشمندانه زد و با توان علمي و ايمان راسخ و اعتماد به نفس، موفقيتهاي بزرگي به دست آورد و با قدرت اجتهاد و انصاف و ادب علمي، روشي متقن و بدور از تحجر و التقاط براي معرفي اسلام و مقابله با كجانديشي و انحراف ايجاد كرد و پايههاي افكار مورد نياز جامعه اسلامي و انقلابي را تأسيس نمود و نقش مؤثري بر جريان فكري اسلامي و شكلگيري نظام اسلامي بر جاي گذاشت و بصورت سنگري امن براي جوانان طالب و علاقمند فكر اسلامي در حوزهها و دانشگاهها درآمد تا بتوانند زير سايه اين تفكر عميق و مستحكم دين خود را حفظ كنند و دستآوردهاي نوين فكري داشته باشند و از آن دفاع نمايند.» (6/2/83)
در سال 1355 به دنبال يك درگيري با يك استاد كمونيست دانشكده ي الهيات! مطهري زودتر از موعد مقرر بازنشسته ميشود. در همين دوران است كه ايشان با همكاري تني چند از شخصيت هاي روحاني، جامعه ي روحانيت مبارز تهران را بنيان مي گذارد، بدان اميد كه روحانيت شهرستان ها نيز به تدريج چنين سازماني پيدا كند. پس از شهادت آيت الله سيد مصطفي خميني و آغاز دوره ي جديد نهضت اسلامي، استاد مطهري به طور تمام وقت در خدمت نهضت قرار مي گيرد و در تمام مراحل آن نقشي اساسي ايفا مي نمايد.
در دوران اقامت حضرت امام در پاريس، سفري به آن ديار نموده و در مورد مسائل مهم انقلاب با ايشان گفتگو مي كند و در همين سفر امام خميني ايشان را مسئول تشكيل شوراي انقلاب اسلامي مي نمايد. هنگام بازگشت امام خميني به ايران مسئوليت كميته ي استقبال از امام را شخصاً به عهده مي گيرد و تا پيروزي انقلاب اسلامي و پس از آن همواره در كنار رهبري انقلاب به عنوان مشاوري دلسوز و مورد اعتماد حضور دارد.
حضرت آيت الله خامنه اي نيز پيوند نزديكي با مطهري داشته اند. ايشان خود نقل مي كنند كه اين قرابت تا بدانجا بود كه هرگاه مرحوم مطهري به مشهد مي آمدند، چند روزي ميهمان ايشان بودند و بالعكس؛ در مراجعت آيت الله خامنه اي به تهران نيز منزل مطهري، ميزبان ايشان بوده است. اين مصاحبت و همكاري موجب گرديد تا آشنايي آيت الله خامنه اي از عمق انديشه ي مطهري به حد اعلا رسد و مطهري را در نزد ايشان به عنوان يكي از بزرگترين متفكرين قرن حاضر در جهان اسلام مبدل سازد.
عبارات ايشان سال ها بعد از شهادت مطهري در ديدار با اعضاي ستاد برگزاري كنفرانس جهاني اهل بيت(ع) گوياي اين مسئله است: «شايد برادران به اين نكته توجه داشته باشند، آنچه كه الآن متفكران ايراني در باب مسائل اسلامي بحث كرده اند ـ معارف كلي اسلامي، مثل تفكرات مرحوم شهيد مطهري ـ به مراتب عميق تر و قوي تر است از آنچه كه متفكران روشنفكر معروف دنيا، از اخوان المسلمين، سيد قطب، رشيد رضا، عبده و ديگران مطرح كرده اند. تفكرات مرحوم طباطبايي و مرحوم مطهري ـ اين متفكران شيعه ـ در زمينه هاي اجتماعي و مباحث عمومي اسلام، عميق تر از همه است؛ مباحث تخصصي، مثل فقه و عرفان و فلسفه و اين ها كه جاي خود دارد.»(26/1/69)
همكاري و نزديكي اين دو شخصيت برجسته در بين شاگردان حضرت روح الله؛ در دوران سخت ايام پيروزي انقلاب اسلامي به اوج مي رسد و به طور كاملاً فشرده در شوراي انقلاب ـ كه رياست آن را آيت الله مطهري برعهده داشت و آيت الله خامنه اي نيز از اعضاي فعال آن به حساب مي آمد ـ ادامه مي يابد.
وليكن اين مصاحبت و همنشيني خيلي زودتر از آنچه قابل تصور بود به پايان رسيد و مطهري در ساعت بيست و دو و بيست دقيقه ي سه شنبه يازدهم ارديبهشت ماه سال 1358 در تاريكي شب در حالي كه از يكي از جلسات فكري ـ سياسي بيرون آمده بود با گلوله ي گروهك جنايتكار فرقان كه به مغزش اصابت نمود به شهادت رسيد و ادامه ي حركت تكاملي انقلاب اسلامي را بر دوش ديگر ياراني از جمله آيت الله خامنهاي نهاد كه امروز خود به مطهري دومي در حوزههاي مختلف فكري ـ سياسي مبدل گرديده اند.
رهبر معظم انقلاب اسلامي در باب ضرورت تحقيق و پژوهش و واکاوي انديشه مطهري در جمع معلمان و مسؤولان امور فرهنگي كشور ميفرمايند:
«در زمان حيات آن شهيد، كساني كه او را ميشناختند، زياد نبودند و كساني كه به عمق برجستگي و نورانيت فكري او آشنا بودند، باز هم كمتر بودند؛ اما امروز در محيط ذهني انقلاب، جريان فكري شهيد مطهري، جريان ممتازي است. اين كتابها و مباحث و گفتارهايي كه آن عالم دلسوز و مؤيد من عنداللَّه، به آنها پرداخته است - چه مباحث اجتماعي، چه مباحث فكري، چه مباحث عمومي و چه مباحث فلسفي خاص - يكايك آنها، براي جامعه لازم و حياتي است. البته از اين كتابها، همه نميتوانند استفاده كنند - سطح خاصي دارد - اما ميشود كاري كرد كه از اين مطالب، همهي جامعه و جوانان ما استفاده كنند.
بايد روي افكار شهيد مطهري، كار فكري بشود. يعني جمعي اهل تحقيق و علاقهمند به كار علمي، بنشينند و نظرات و تفكرات شهيد مطهري را در ابواب مختلف استخراج كنند. مثلاً از مجموع آثار ايشان، نظر آن شهيد را در باب وجود، در باب انسان، در باب اختيار، در باب عدالت، در باب تاريخ، در باب قضا و قدر، در باب عرفان و دربارهي موضوعات بيشمار و متنوعي كه ايشان در مباحثشان مطرح كردهاند، استخراج كنند. اگر نظرات مختلفي در طول زمان داشتهاند، مثلاً در يك دوره در مسألهيي، اين نظر را داشته و سپس در چند سال بعد، نظر ايشان تغيير كرده، آن را در اين كتاب مشخص كنند و روي آن كار نمايند. اين، راه گسترش و پيشرفت و شكوفايي فكري جامعه بر مبناي آثار شهيد مطهري است كه اميدواريم اين كار انجام بگيرد و در وضع كنوني، همهي قشرها مسؤوليت خودشان را در قبال اين حركت عظيمي كه جامعهي ما به آن سرگرم است، پيدا كنند و آن را بخوبي انجام دهند.» (12/2/69)
توصيه ي رهبري به جوانان درباره ي مطالعه ي كتب استاد شهيد مرتضي مطهري پايان بخش اين نوشتار است: «هنوز جامعه و نسل جوان و جامعه ي فرهنگي و علمي ما، به دانستن همان مطالبي كه آن بزرگوار از زبان و قلمش فيضان كرد و در اختيار امت اسلام گذاشت، محتاجند... مبادا وسوسه ي خناسان و زمزمه ي دشمنان ـ كه با فكر شهيد مطهري مخالف بودند و به همين جهت هم او را از دست ما گرفتند ـ موجب شود كه كتاب هاي آن بزرگوار از رواج بيفتد؛ كه البته نخواهد افتاد. دل ها و ذهن هاي مشتاق نخواهند گذاشت كه اين مطالب عميق و عريق، از دست و ذهنيت جامعه خارج بشود.»(11/2/70)