وی محور مبارزات مشهد بود. البته در همان زمان وی در مشهد میان روحانیون مخالفان فراوانی داشت، ولی به دلیل موقعیت علمی استوار او، کسی تاب مخالفت علنی با او را نداشت.
در زیر به بررسی وضعیت فکري وتفکر سیاسی برخی از روحانیون در همراهی با نهضت امام خمینی (ره)، می پردازیم؛
آیت ﷲ شریعتمداری
نقش آیت اﷲ شریعتمداری در حوزه علمیه قم میان سال‌های ۴۰ تا ۵۷ بسیار قابل توجه و مسئله ساز است. اما به طور کلی باید توجه داشت که ایشان ضلعی از مثلث سه مرجع قم در این دوره بود و به لحاظ مالی موقعیتی برتر داشت، مناسباتش با دولت آرام‌تر و دامنه فعالیتهایش دست کم پر سروصداتر بود. به لحاظ فعالیت انقلابی، مورد انتقاد روحانیون انقلابی بود و در عین حال هم آنان و هم وی نیازمند همراهی با یکدیگر در برخی از مقاطع بودند.
بر اساس اسناد موجود، مشخص می‌شود که رژیم شاه در میان مراجع آن زمان ترجیح می‌داد با آیت اﷲ شریعتمداری کار کند. دلیل آن هم به موضع میانه روی او از نگاه دربار مربوط می‌شد، به علاوه آقای شریعتمداری چنان نشان می‌داد که با بخشی از تحولاتی که به قصد نوکردن نظام اجتماعی-اقتصادی صورت می‌گیرد، مخالفتی ندارد، چنان که یک صدم حساسیت آقای گلپایگانی را هم نسبت به بحث تأسیس سینما در قم نداشت و صد البته که در مسائل نفوذ بهائیان یا مسائل فلسطین، ایشان موضع می‌گرفت. در مقابل، مقاومت آیت اﷲ گلپایگانی در این زمینه‌ها بیشتر بود. آیت الله شریعتمداری نسبت به براندازی سلطنت هم هیچ نظر مساعدی نداشت.
حتی تا تیر ماه ۵۷ نیز درخواست ایشان از رژیم پهلوی چیزی بیشتر از برگزاری انتخابات آزاد نبود، در حالی که امام از خرداد ۴۲ به بعد مسئله اصلیش، ساقط کردن رژیم پهلوی بود.
یک بار که اوضاع بسیار وخیم شده بود، نزد امام آمده و گفته بود: آقا وضعیت خیلی خطرناک است چه کار باید بکنیم؟ امام در پاسخ گفته بودند من فکر می‌کردم شما خیلی شجاع هستید، من که اهل خمین هستم باید بترسم نه شما که تبریزی هستید، برو در خانه ات بنشین. در این میان، حتی افراد معتدل مانند آقای مطهری هم سخت از آقای شریعتمداری و روش‌های او گله‌مند بودند.
ساواک در گزارشی از قول آقای شریعتمداری آورده است که درباره کار‌های آیت اﷲ خمینی اظهار نظر کرده بود که «چنانچه ما می‌خواستیم طریقی که ایشان پیمودند بپیماییم، گذشته از این که تمام حوزه‌های علمیه قم از هم پاشیده می‌شد، نتیجه‌ای نیز در بر نداشت». وی افزود:» من در منبر درس به اطلاع عموم طلبه‌ها رسانیده ام که سکوت من حوزه علمیه را نگه داشت و به تمام محصلین قم هم تذکر داده ام که از انتشار اعلامیه و اخبار عاری از حقیقت بپرهیزند و حوزه علمیه قم را متشنج نسازند، زیرا این حوزه وظیفه اش نشر و ترویج دین مبین اسلام است و محصلین مجاز نیستند به هیچ وجه در امور سیاسی دخالت نمایند».
از مجموعه اخبار و اطلاعات مربوط به مسائل مربوط به انقلاب که در ارتباط با آقای شریعتمداری وجود دارد، چنین برداشت می‌شود که افکار و اندیشه‌های ایشان، توافقی با آنچه که در نگاه امام و یاران وی به عنوان پیشروان انقلاب ۵۷ اهمیت داشت، ندارد. به همین دلیل بود که مسائل بعد از انقلاب پیش آمد که البته نگرانی‌های دیگر هم بر آنچه ازگذشته مانده بود، ضمیمه گشت.
آیت اﷲ گلپایگانی
در میان مراجع وقت حوزه و طلاب، آیت اﷲ گلپایگانی، مواضع مثبت جدی و یکنواخت با امام خمینی داشت و طی سال‌های پس از تبعید امام به نجف تا سال ۵۶ که حرکت عمومی برضد رژیم آغاز شد، ایشان به عنوان یک مرجع معارض با حکومت در ایران، در حد مقدور و با توجه به ویژگی‌های شخصی، روی یک خط مستقیم مقاومت می‌کرد.
بیانیه‌ها و سخنرانی‌هایی که از ایشان طی این سال‌ها بر جای مانده است، نشانگر موضع مقاومت جویانه وی در برابر خواست‌ها و اهداف رژیم است. در زمان بازداشت امام در خرداد ۴۲ وی ضمن اطلاعیه بسیار تندی علیه رژیم در پایان تأکید کرد: «به آن‌ها که می‌گویند روحانیت نباید در سیاست دخالت کند، اعلام می‌کنم که دین ما دین اسلام و سیاست ما سیاست اسلامی است و مسلمانان از سیاست و نظارت در امور کشوراسلامی نمی‌توانند برکنار بمانند، تا چه رسد به فق‌ها و مجتهدین که دارای مقام زعامت شرعیه و نیابت عامه هستند».
آیت اﷲ میلانی
آیت اﷲ میلانی پس از سال ۱۳۳۰ به مشهد آمد. در جریان نهضت روحانیت، به نوعی در برخورد‌های مبارزاتی و موضع گیری‌های سیاسی، پس از امام نفر دوم به حساب می‌آمد. نفوذ او در خراسان بسیار نیرومند بود آنچنان که برخی از شاعران معاصر او را سلطان بی تاج و تخت نامیده بودند. در مسائل سیاسی صراحت او در برخورد با مسائل، تعابیر تند و کوبنده و حساسیت روی مسائل مختلف سیاسی در سراسر اعلامیه‌هایی که از وی انتشار یافته، آشکار است.
وی محور مبارزات مشهد بود. البته در همان زمان وی در مشهد میان روحانیون مخالفان فراوانی داشت، ولی به دلیل موقعیت علمی استوار او، کسی تاب مخالفت علنی با او را نداشت. آیت اﷲ میلانی فعالیت سیاسی خود را محدود به مشهد نکرد، بلکه فعالانه در بیشتر قضایای مهم سیاسی این دوره شرکت داشت. ساوک روی وی حساسیت زیادی داشت و از ملاقات‌های او با دیگران سخت مراقبت می‌کرد. در این مدت، از بسیاری از شهرها، نامه‌هایی برای آیت اﷲ میلانی فرستاده شده و در غیاب امام، از ایشان کسب تکلیف می‌کردند. آیت اﷲ میلانی که پیشینه مرجعیتش به قبل از امام می‌رسید به شدت مبلغ امام بود.
برخورد آیت اﷲ میلانی با رژیم بسیار تندتر از سایر مراجع بود و در این باره سیاسی‌تر و محاسبانه‌تر می‌اندیشید. شاه در سفری که در فروردین سال ۴۴ به مشهد رفت تلاش زیادی برای ملاقات با آیت اﷲ میلانی کرد که سرسختی ایشان مانع از انجام این ملاقات شد. بیش از آن در سال ۴۱ نیز ایشان حاضر به رفتن به حرم برای دیدار شاه نشده بود و وقتی روزنامه خبر آمدن آیت اﷲ میلانی را اعلام کرد، ایشان به شدت آن را تکذیب نمود.
شدت برخورد آقای میلانی با دستگاه پهلوی در صدور حکم اعدام منصور از سوی وی آشکار می‌شود، به هر روی سابقه مبارزات پردامنه آیت اﷲ میلانی با رژیم پهلوی با وجود اطلاعیه‌های به جای مانده از ایشان، کاملاً روشن است. افزودنی است که فعالیت آیت اﷲ میلانی در اواخر عمر ایشان کاهش یافته بود. آقای فاکر در این باره اظهار می‌دارد: «کسانی با کشاندن آیت اﷲ میلانی به سمت بحث ولایت اهل بیت به تدریج ایشان را از سیاست جدا کردند. همین مسئله بود که سبب شد ایشان در سال‌های آخر عمر تحرک سیاسی خود را از دست بدهد».
از دیگر روحانیونی که به عنوان مراجع محلی با نهضت امام همراهی داشتند می‌توان به آیات عظام حسن قمی، سید صادق روحانی، محمد تقی آملی و سید علی موسوی بهبهانی اشاره کرد.
روحانیون مرتبط با دربار
به جز گروهی که تاکنون درباره آن‌ها مطالبی بیان شد، باید یک مورد استثنایی را نیز مورد توجه قرار داد. در تمامی دوره پهلوی به دلیل تسلط این دولت بر اوقاف، رزق و روزی بسیاری از کسانی که به نوعی متولی موقوفات مهم بودند و همچنین بسیاری از مدارس که از این موقوفات بهره می‌بردند در اختیار عوامل این رژیم قرار گرفت. وجود پول فراوان و نیز امکانات مربوط به حج و شماری از مسائل دیگر سبب می‌شد تا رژیم دسته‌ای از روحانیون طبقه میانی و پایین‌تر را جزء ابواب جمعی خود حفظ کند و گهگاه در محافل و مجالس عمومی، برابر شاه یا دیگران ظاهر سازد.
برای نمونه در مشهد گروهی از طلبه‌های وقت در این دسته جای گرفته و هر بار که شاه به مشهد می‌رفت در فرودگاه از او استقبال می‌کردند. در تهران جماعتی بودند و ویژگی عمده آنان چنین بود که در منابر به شاه دعا می‌کردند، یا مثل امام جمعه وقت تهران، هنگام سفر، دعا به گوش شاه می‌خواندند.
هر چند شمار این گروه تا پیش از حوادث سال‌های ۴۱ تا ۴۳ فراوان بود، اما پس از آن سال، به شدت کاهش یافته و کسانی هم که چنین بودند، به شدت از سوی مردم مطرود شده بودند. در این زمینه به خصوص امام خمینی تبلیغات دامنه داری را برای حذف آنان از صحنه انجام داد. از جمله افراد با سابقه سید محمد بهبهانی شخصیت مذهبی سیاسی برجسته دوره پهلوی بود که دست کم تا حوالی نهضت اسلامی به عنوان یک روحانی کاملاً نزدیک به دربار شناخته می‌شد. وی فرزند سید عبداﷲ بهبهانی از سران روحانی مشروطه بود و به همین جهت حرمت خاصی در دولت پهلوی که مدعی استمرار نظام مشروطه بود، داشت. وی به عنوان عالمی که با دربار ارتباط نزدیک داشت، در بسیاری از موارد حامل نامه‌های مراجع تقلید نجف به دربار شاه بود.
