تقویم تاریخی انقلاب اسلامی روزهایی را با عنوان «محل اختفای» اولین رئیسجمهور به ثبت رساند. این ماجرا از هنگامی شروع شد که امام خمینی(ره) در تاریخ 30 خرداد 1360، بنیصدر را از فرماندهی کل نیروهای مسلح عزل کردند. از این تاریخ تا روزی که وی فرار کرد، حدود چهل روز میشود که خود ماجرای ناگفتهای دارد. برای این کار طرحها و نقشههای گوناگونی در دستور کار اشخاص و گروهها قرار گرفته بود و افراد و جریانهای بسیاری در پنهان کردن وی دخیل بودند. در ابتدا وقتی خبر عزل بنیصدر منتشر میشود، او که در کرمانشاه بود، در منزل آقای تکمیل همایون، مشاور و یار قدیمی ملیگرایش مخفی میشود. آقای همایون در گفتوگوهایش در این باره اظهار داشته است، «تصمیم بر این شد که به منزل امام خمینی(ره) برویم»؛ اما بنیصدر بدون اطلاع منزل این دوست ملیگرا را ترک میکند و تحت پوشش امور حفاظتی منافقین قرار میگیرد و به این ترتیب پل ارتباطی با ملیگراها فرو میریزد. آقای همایون در این باره میگوید: «کارها بدون اطلاع من در خفا به دستیاری نواب انجام گرفت. ظاهراً به من چنین تفهیم شده بود که یک بحث جدی ایدئولوژیک در پیش است، نه یک فرار و پنهان شدن، اول از همه بنا بود که یکی دو نفر نیز با بنیصدر همراه باشند، از جمله سلامتیان؛ ولی وقتی آن شب بنیصدر به همراه مجاهدین[منافقین] و با وسیلهای که آنها تهیه کرده بودند، رفت. من آقای نواب را تا باجه تلفن نزدیک بیمارستان [هزار تختخوابی] همراهی کردم. از گفتوگوهایی که وی با من داشت، فهمیدم من در یک فرار و اختفا همکاری کردهام. رئوس مطالبی که گویا نواب مأموریت داشت، به من تفهیم کند، اینها بود که شما دیگر مسئولیتی ندارید، خطر از بنیصدر دور شد، آنها [سازمان منافقین] به خوبی میتوانند از بنیصدر دفاع و پاسداری کنند، اگر بنیصدر لو میرفت نه تنها برای شما، بلکه برای حزب ملت ایران هم بد میشد. واقعاً از شنیدن این حرفها وضع روانی من بسیار دگرگون شد. این حرفها، یعنی من را به بازی گرفته بودند.» از اینجا بود که بنیصدر به دامان منافقین رفت؛ در همین راستا، بنیصدر در پیامش گفته بود: «باید شروع به زدن رأس نظام نمود.» حسین نواب میگوید: «در دوران مخفی بودن بنی صدر و انفجار حزب جمهوری، فردی به نام داوری از سازمان [منافقین خلق] به همراه دو نفر دیگر نزد بنیصدر آمدند. بنیصدر از آنها درباره عوامل بمبگذاری سؤال کرد که داوری گفت نمیدانم هنوز اطلاعی ندارم. دو سه دقیقه بعد راجع به وضعیت روز صحبت شد. بعد آقای داوری سخن را به انتقال بنیصدر به جای امنتری کشید.» بنیصدر گفت: «اگر قصد بهرهبرداری سیاسی نداشته باشید اشکالی ندارد.» بنابراین برای چند شب در مخفیگاهی که منافقین تهیه کرده بودند، پنهان میشود. این در حالی است که نیروهای امنیتی محل آن را شناسایی کرده بودند و خیلی راحت میتوانستند او را دستگیر کنند؛ اما فرمان امام(ره) فقط این بود که «بنیصدر را دستگیر نکنید». از این رهنمود حکیمانه امام(ره) میتوان فهمید که بنیصدر چندان اهمیتی ندارد که دنبال دستگیری و بازجوییاش باشیم و هیچ خطر و تهدیدی برای او نیست.