آنچه درباره علوم سیاسی تحت نفوذ علوم انسانی مدرن غربی گفته شد، همچنان بر علوم انسانی در ایران هژمونی دارد و بدون نقدی جدی و مدلل بر این تفکرات و نظریه‌ها به مخاطبان دانشگاهی عرضه می‌شود. «پیام فضلی‌نژاد» در کتاب «ارتش سری روشنفکران» که بر مبنای دغدغه‌های رهبر معظم انقلاب پیرامون «نقد علوم انسانی سکولار» نگارش شده است، در این باره می‌نویسد: «در یک بررسی از رساله‌های فوق لیسانس، دکترا، کتب درسی، برنامه‌های درسی و آموزشی، مصاحبه با پرسنل دانشگاه و دانشجویان و نشریات و کتاب‌های دانشگاهی این نتیجه حاصل شد که دیدگاه‌های هابرماس بر رشته‌های علوم اجتماعی و سیاسی، فلسفه، مدیریت و حقوق تأثیر قابل توجهی داشته است.»(فضلی‌نژاد، 1391: 93)
اگرچه نمی‌توان همه دانشجویانی را که از دانشگاه‌ها فارغ‌التحصیل می‌شوند، تربیت‌یافتگان مبانی علوم انسانی ناشی از فلسفه غرب پنداشت که شاکله‌ای ناسازگار با مبانی و اصول دینی و انقلاب اسلامی پیدا کرده باشند، اما با نگاه روندی به خروجی دانشگاه علوم انسانی رضایت‌بخش نیست. از همین منظر دانشگاه برای معمار انقلاب اسلامی اهمیت راهبردی داشت و به شدت نگران آن بودند، چنانکه در همان ابتدای انقلاب فرمودند: «ما از دانشگاه استعماری می‌ترسیم. ما از دانشگاهی می‌ترسیم که جوان‌های ما را آن طور تربیت کنند که خدمت غرب بکنند. ما از دانشگاهی می‌ترسیم که آن طور جوان‌های ما را تربیت کنند که خدمت به کمونیسم کنند. ما می‌خواهیم که دانشگاه ما مثل اشخاصی که‌ـ بعضی از این اشخاصی که‌ـ اشکال به این مسئله کردند، نباشند. اینها نمی‌فهمند معنای استقلال و معنای اسلامیت دانشگاه را.»( همان، ج 21: 194)
با وجود این، هدف اصلی جریان نفوذ علوم انسانی غربی در ترویج و دفاع همه‌جانبه از این علوم در مراکز آموزشی و دانشگاهی، نتایج معرفتی و رفتاری است که در شکل‌دهی رفتار فردی و ساختار سیاسی، اقتصادی و فرهنگی جامعه هدف برجای می‌گذارد. این جریان معتقد است، اگر علم سکولار مصرف اصلی جامعه شد، باید فاتحه فلسفه هر نوع حاکمیت دینی نیز خوانده شود. یکی از حلقه‌های این جریان‌ها «هانا آرنت» فیلسوف یهودی است که گفت: «گسترش علم سکولار به فروپاشی هر گونه سازمان دینی یا حکومت مذهبی می‌انجامد.»(به نقل از فضلی‌نژاد، 1391: 180) بازخوانی ایده‌های هانا آرنت در برخی از مترجمان و روشنفکرانی، نظیر چنگیز پهلوان قابل توجه است. او در گفت‌وگو با ماهنامه «ارغوان» می‌گوید: «باید کتاب‌های بنیادی سیاسی بتوانند در کندوکاوهای خود نظام سیاسی را زیرسؤال ببرند و درباره مشروعیت نظام، به بحث بپردازند.»(پهلوان، 1369: 9)
