در میان چهره‌های برجسته حوزه‌های علمیه در دهه‌های اخیر مرحوم «آیت‌الله شهید سیدمحمدباقر صدر (قدساللهروحه)» یکی از ممتازترین و شگفت‌انگیزترین آنهاست.
هر مجمع علمی حق دارد که به فرآورده انسانی بزرگی، چون این عالم بزرگوار به خود ببالد. او بی‌شک یک نابغه و ستارهای درخشان بود. از جنبه علمی، جامعیت و تحقیق و نوآوری و شجاعت علمی را یکجا دارا بود. در اصول، در فقه، در فلسفه و در هر آنچه به این دانش‌ها ارتباط می‌یابد، در زمره بنیانگذاران و صاحبان مکتب به شمار می‌آمد.
جملات فوق بخشی از پیام رهبر معظم انقلاب به کنگره بزرگداشت شهید آیت‌الله سیدمحمدباقر صدر در سال ۱۳۷۹ شمسی است. به مناسبت تأمل در آرا و اندیشه‌های شهید صدر و تأکیدات بی‌شماری که رهبر معظم انقلاب از دهه ۷۰ شمسی برای تحول در حوزه‌های علمیه داشته‌اند، اگر بخواهیم مصداقی از طلبه یا روحانی‌ای که می‌توان گفت اسوه حوزوی است، معرفی کنیم، قطعاً یکی از درخشان‌ترین آن چهره‌ها در این زمینه شهید صدر است و باز اگر بخواهیم با معیار‌های علمی و نظری معظم‌له حوزه‌ای را واجد ویژگی‌ها و مختصات اسوه بودن معرفی کنیم، باید ببینیم حوزه اسوه از نظر شهید صدر چگونه است یا آیا حوزه‌ای که وی در آن درس خوانده بود، چه ویژگی‌هایی داشت؟ تربیت شهید صدر تلفیقی از نبوغ و شیوه‌های فردی و البته تلاش استادان و حوزه‌ای است که وی در آن بالید. استعداد خارق‌العاده و پشتکار کم‌نظیر او از وی عالمی ذوالفنون و ژرف‌نگر ساخته بود، با دیدی نافذ و ذهنی جست‌وجوگر آفاق، علوم متداول حوزه‌ها را می‌شکافت و در عین حال از مسائل روز غافل نبود. «توفیق و مدد الهی، آمیختگی این فضیلت‌های بزرگ را با رتبه والای جهاد فی سبیلالله رقم زد. در هنگامی که حوزه کهن نجف در بوته آزمایش مواجهه با امواج بیداری اسلامی و انقلابی قرار گرفت، این شخصیت بیدار و آگاه قدم در راه مجاهدتی علمی و سیاسی نهاد و درخشش معنوی خود را مضاعف ساخت، بینش عمیق او نیاز زمان را حس کرد و در راهی که اجداد طاهرش به روی پیروان و جانشینان خود گشوده بودند، گامی استوار نهاد و چه زود پاداش این فداکاری عظیم، یعنی محنت و سپس شهادت در راه خدا را دریافت کرد.»
از این رو رهبر معظم انقلاب با تمام تعاریفی و مفاهیمی که از حوزه علمیه روزآمد و نمونه در ذهن دارند، «شهید آیت‌الله صدر را برای طلاب و فضلای جوان یک اسوه و نمونه» می‌دانند و معتقدند: «آثار علمی و شیوه تحقیق او اکنون پیش روی فضلای جوان حوزه‌های علمیه قرار دارد و انگشت اشاره او آنان را به راه عظمت و مجد علمی، همراه با روشن‌بینی و جهان‌نگری هدایت می‌کند. حوزه‌های علمیه امروز نیز محتاج شهید صدر و هر عنصر باهمت و پرتوانی هستند، که راه علمی و اسلام‌شناسی و جهان‌نگری او را دنبال کند.»