دولت بازرگان پس از حدود ۹ ماه فعالیت، در فردای تسخیر لانه جاسوسی در ۱۴ آبان ۱۳۵۸ استعفای خود را تقدیم حضرت امام (ره) کرد. در این استعفانامه خطاب به حضرت امام (ره) آمده است: «با کمال احترام معروض می‌دارد پیرو توضیحات مکرر و نظر به اینکه دخالت‌ها، مزاحمت‌ها، مخالفت‌ها و اختلاف‌نظر‌ها، انجام وظایف محوله و ادامه مسئولیت را برای همکاران و اینجانب مدتی است غیرممکن ساخته و در شرایط تاریخی حساس حاضر نجات مملکت و به ثمر رساندن انقلاب بدون وحدت کلمه و وحدت مدیریت میسر نمی‌باشد، بدین وسیله استعفای خود را تقدیم می‌دارد تا به نحوی که مقتضی می‌دانند کلیه امور را در فرمان رهبری بگیرند یا داوطلبانی را که با آنها هماهنگی وجود داشته باشد مأمور تشکیل دولت فرمایند.» بازرگان در پیام پایانی رادیو تلویزیونی با عنوان «خداحافظی با ملت» گفت: «اول حلالیت می‌طلبم از مردم به خاطر خطا‌ها، زیان‌ها، خسارت‌هایی که مرتکب شدیم و حتماً مرتکب شدیم. هر جا که بودیم چه در دوران مبارزه و چه در خدمات اداری گام به گام و سنگر به سنگر جلو رفتیم و غیر از این راهی و وسیله‌ای بلد نبودیم، حالا دیگر متأسفیم و عذر می‌خواهیم، چون بشر بودیم و راهی جز این بلد نبودیم. این چیزی بود که مردم از ما می‌خواستند.» از آنجایی که این استعفا در فردای سیزدهم آبان و تسخیر لانه جاسوسی انجام شده بود، اینگونه مطرح بود که دولت موقت به نشانه اعتراض به این ماجرا کناره‌گیری کرده است، اما مهندس بازرگان این ادعا را قبول ندارد و در کتاب «انقلاب ایران در دو حرکت» می‌گوید: «بعداً گروه‌های چپی و افراطی مخالف اصرار داشتند که استعفای دولت موقت را «سقوط دولت موقت» بنامند و معلول گروگان‌گیری و افشاگری بدانند، در حالی که روز قبل از اشغال سفارت، استعفا به تصویب هیئت دولت رسیده و دو هفته پیش از آن شورای انقلاب گزارش شده بود که اگر اخلال‌گری‌ها و تعدد مراکز تصمیم‌گیری جای خود را به همکاری صمیمانه و یکپارچه شدن دولت و شورای انقلاب و مقام رهبری ندهد، وزرا فشار می‌آورند و دولت موقت خود را ناچار می‌بیند که کنار برود. عمل گروگان‌گیری دانشجویان کوچک‌ترین تأثیری در تصمیم دولت موقت و تقدیم استعفای قطعی برای امام را نداشت، ولی از چندی قبل، مخصوصاً بعد از مسافرت الجزایر و به بهانه ملاقات با «برژینسکی»، مشاور امور امنیتی دولت آمریکا، برای بدنام کردن و برکنار نمودن دولت موقت نقشه کشیده و تبلیغات و تحریکات حساب شده وسیع در صدا و سیما و در بعضی محافل روحانی و حزبی مؤثر به راه افتاده بود.»