بررسی دیدگاه نخستوزیر اولین دولت جمهوری اسلامی موید این نکته است که منظومه فکری شهید رجایی متکی بر اصل توحید بود. او معتقد بود، باید همه اعمالمان تبیین اعتقادی داشته باشد. درایامی که رژیم بعث به خاک کشورمان تجاوز کرده بود، نظرات رجایی نقطه مقابل دیدگاههای بنیصدر قرار داشت. بنیصدر جنگ را فرصتی برای مبارزه سیاسی با جناح مقابل خود، یعنی نیروهای خط امام(ره) تلقی میکرد. او با شعار تخصصگرایی و تعمیم آن به نیروهای نظامی و امور نظامی تکیهگاه خود را ارتش قرار داده بود و میکوشید با نزدیک کردن خود به نیروهای نظامی کلاسیک ابتکار عمل جنگ را به دست گیرد و با پیروزی احتمالی در جنگ ضمن ارتقای موقعیت سیاسیاش به همراه جناح منتسبش در برابر رقبای سیاسی ادعای کارآمدی شعار تخصصگرایی در عرصه نظامی را اثبات کند و در نتیجه نیروهای مردمی و انقلابی، مانند سپاه، بسیج، کمیتهها و نیروهای نامنظم را در جنگ راه نمیداد و آنها را به کار نمیگرفت.
بنی صدر از در اختیار قرار دادن هرگونه سلاح و ابزار جنگی به سپاه و بسیج خودداری می کرد؛ اما شهید رجایی که مسئولیت دولت را عهدهدار بود طرفدار نیروهای مردمی بود و همواره بر استفاده از ظرفیت داخل کشور و نیروهای مردمی تأکید میورزیدند.
شهید رجایی معتقد بود، رژیم بعثی حاکم بر عراق با برخورداری از حمایتهای سیاسی و نظامی آمریکا و با بسترسازیهای پردامنه و محاسبات و تحلیلهای رایج سیاسی و نظامی آمریکا، جنگ را علیه ایران آغاز کرده است، اما از گفتمان عقیدتی و ارزشمحور ملت ایران و نقش نیروهای مردمی غافل است و توان درک تحلیل آن را ندارد؛ و همین اصل مهم است که سرنوشت جنگ را تعیین خواهد کرد.
به این ترتیب، شهید رجایی، نخستوزیر وقت به بعد عقیدتی جنگ اهمیت بیشتری میداد و معتقد بود، با توسعه دایره عقیدتیـ سیاسی در نیروهای نظامی و در نهایت ارتش مردمی و مکتبی میتوان دشمن را شکست داد. وی اعتقاد داشت، جنگ تحمیلی جنگ کشور با کشور نیست؛ بلکه جنگ عقیده با عقیده است. بر همین مبنا نیروهای مقاومت مردمی، سپاه، بسیج و سایرین را در برابر ارتش متجاوز حزب حاکم بر عراق، لشکریان اسلام نامید و هدف از مقاومت در برابر متجاوزان را تحقق اسلام و رسیدن به آرمانهای انقلاب اسلامی دانست. وی ضمن تأکید بر نقش و جایگاه ارتش جمهوری اسلامی، به نیروهای مقاومت مردمی از قبیل سپاه پاسداران و بسیج و نیروهای نامنظم توجه ویژه داشت و از آنها به عنوان نیروهای انقلابی و عقیدتی و توحیدمحور یاد میکرد؛ چون برخاسته از بطن تودههای مردمی و همفکر با انقلاب بودند؛ لذا از آنها به «امید انقلاب» و «ارتش انقلاب» یاد میکرد. شهید رجایی هماهنگی و وحدت بین نیروهای نظامی را ضامن پیروزی در جنگ میدانست. سیاست شهید رجایی با رویکرد جریانهای غربگرا و امثال بنیصدر در چالش بود که در نهایت آنها نتوانستند او را تحمل کنند و محمد علی رجایی را به شهادت رساندند.