در ادامه بررسی مکتب فکری و علمی شهید صدر، استنباطات و خوش‌فکری‌های وی در باره فهم قرآن را شرح میدهیم. شهید صدر روش موضوعی خاصی را در تفسیر و همچنین در بررسی‌های تاریخی کشف کرده بود که خود استاد شهید توانست نشانه و مختصات این روش را ضابطه‌مند کند. این روش چنانکه می‌گوید: «به ما این امکان را می‌دهد که دیدگاه نظری قرآن کریم و به دنبال آن دیدگاه نظری رسالت اسلامی را نسبت به هر موضوعی از موضوعات حیات و هستی تعریف و تعیین کنیم.» شهید صدر بر این روش تأکید داشت و در دو بحث «سنت‌های تاریخی در قرآن» و «نقش وحدت و تعدد زمان ائمه در تاریخ» آن را با موفقیت به کار بست.
پژوهش ممتاز شهیدصدر در زمینه مبانی منطقی استقراء نیز چنین است. وی گسست‌هایی را که سبب رنجوری منطق استقراء شده بودند، پیوست و تفسیر جدیدی از استقراء را برخلاف نظر «ارسطو» و «برتراند راسل» عرضه کرد که آن را «مذهب ذاتی» نامید. همانگونه که توانست اثبات کند آن مبانی منطقی که تمام استدلال‌های علمی حاصل از مشاهده و تجربه مبتنی بر آن است، همان مبانی منطقی است که استدلال‌های اثبات صانع بر آن استوار است. شهید با تأکید بر این حقیقت در انتهای کتابش چنین می‌گوید: «یک معادله قطعی وجود دارد و آن، اینکه انسان یا استدلال علمی را در کل می‌پذیرد، که در این صورت استدلال در مباحث الهیات نیز جزء آنهاست یا استدلال علمی را در کل رد می‌کند که به ناچار باید تمام نتایج و دستاورد‌های مسلم علمی را تکذیب کند. با توجه به این نکته، علم و ایمان با ریسمانی به هم گره خورده که در هیچ حالتی نمی‌توان آنها را از هم جدا کرد.»
درباره نوآوری، باید گفت هیچ یک از تألیفات و مباحث شهید از مؤلفه «نوآوری» خالی نیست؛ به ویژه مباحث فقهی و اصولی. وی ترتیب مباحث این دو علم را بازنگری و بازسازی کرد و روش‌های جدیدی را در علم اصول تقدیم حوزه علمیه کرد، چنانکه بعضی از آنها را در کتاب «معالم الاصول» بیان کرد که مقدمه علمی و بسیار جالب در مورد تاریخ علم اصول، پیدایش و تکامل آن است.
درباره ترتیب ابواب علم اصول باید گفت، ایشان با هدف قادر ساختن طلاب به منظور فراگیری خوب و مرحله‌ای این ماده درسی، اصلاحات فراوانی انجام داد. فراگیری علم اصول بدین شکل که شهید ارائه داده، ثمراتش در درس خارج ظاهر می‌شود.
نمونه‌های بسیاری وجود دارد که شهید به علم اصول اضافه کرده است. بحث‌های تفصیلی او در فقه و اصول مشتمل بر اضافات و نوآوری‌های فراوانی است، از جمله سخنان تازه او در بحث تعادل و تراجیح و افزودن فصل‌هایی به آن، که برخلاف روال معمول و متعارف این بحث است. در مباحث فقهی نیز در کتاب «الفتاوی الواضحه» بحث زکات و خمس را از قسمت عبادات خارج کرد. خلاصه، در عرصه نوآوری‌ها، مکتب معارف اسلامی، به ویژه در مباحثی مانند اقتصاد اسلامی و منطق استقرایی و تاریخ سیاسی ائمه (ع) وامدار این شخصیت نابغه است.