اینکه کسی صاحب مکتب فکری و علمی باشد، به‌تن‌هایی برای نشان دادن قدرت و برتری او در تولید محتوای علمی و تحلیلی کافی نیست، بلکه شیوه خلاقانه و نوآوری در روش هم مهم است. یکی از موفقیت‌های تفکر غربی در ارائه مباحث اندیشه‌ای و ایدئولوژیک از رنسانس به بعد، به نوع ارائه روش‌مند مباحث و یافته‌های علمی‌شان برمی‌گردد. از این منظر، «شهید صدر» در ابداع روش‌های ابتکاری در ارائه مباحث تفسیر موضوعی و همچنین در مباحث اقتصادی، الگو و نمونه‌ای درس‌آموز برای طلبه‌ها و دانشجویان مسلمان است؛ و حال آنکه معمولاً این مباحث در ضمن ابواب پراکنده فقهی، مثل مالکیت زمین، ربا، مزارعه و مضاربه طرح می‌شد.
از مشخصات اندیشه صدر، روش‌مندی علمی و فنی او در پرداختن به هر موضوعی است که برای تدریس یا تحقیق انتخاب می‌کرد. از این‌رو می‌بینیم مباحث فقهی و اصولی ایشان از لحاظ روش و ترتیب فنی بحث، نسبت به بحث‌های محققان گذشته کاملاً فرق می‌کرد. او نه‌تن‌ها تمایل داشت این روش را در موضوع اقتصاد اجرا کند، بلکه می‌خواست در تمام شاخه‌های معرفت مانند تفسیر، تاریخ و سیره نیز به اجرا درآورد. او نمونه جالبی از اجرای این روش واقع‌بینانه را در مورد تاریخ زندگی ائمه (ع) به‌کار بست. در این جهت‌گیری و گرایش جدید، بنا به گفته شهید: «به تاریخ زندگانی هر امام براساس نگاه کلی و مجموعه‌ای پرداخته می‌شود نه جزئی‌نگری؛ یعنی به ائمه (ع) به‌عنوان یک مجموعه مرتبط با هم نگریسته می‌شود و تمام این مجموعه با هم تحقیق و بررسی شده و سیمای کلی و اهداف مشترک و درون‌مایه اصیل آن کشف شده و پیوستگی اجزای این مجموعه و در نتیجه نقش واحد همه ائمه در رشد حیات اسلامی فهمیده می‌شود.»
این روش واقع‌نگر در تقسیم‌بندی ابتکاری وی در «رساله فقهی الفتاوی‌الواضحه» و نیز در درس‌های «تفسیر موضوعی قرآن» ایشان در نجف اشرف، کاملاً مشهود است. در درس‌های تفسیر تأکید زیادی بر این نکته داشتند که برای رسیدن به نص قرآن و فهم آن باید حرکت را از متن واقع آغاز کرد. در این مورد تأکید می‌کرد: «تفسیر از متن واقع (واقعیات خارجی و اجتماعی) شروع شده و به قرآن ختم می‌شود نه اینکه از قرآن شروع و به قرآن ختم شود، چه در این صورت، قرائت قرآن بر کنار از واقع و بریده از میراث تجربه بشری است. بلکه تفسیر باید از واقع شروع و به قرآن پایان یابد، چراکه قرآن منبع ماندگاری است که در پرتو آن، جهت‌گیری‌های الهی انسان با واقعیت‌ها پیوند می‌خورد.»
هدف از اجرای این روش، همچنان‌که شهید در کتاب تفسیر موضوعی قرآن بدان تصریح می‌کند: «رسیدن به نظریه قرآنی نبوت، نظریه قرآنی نظام اقتصادی، نظریه قرآنی در سنت‌های تاریخ و آسمان‌ها و زمین است.»