یکی از مختصات فکری «شهید صدر» تنظیم بحث و انتخاب راه مناسب برای استدلال در هر موضوعی بود. همان‌طور که در نوشته‌های پیشین اشاره شد، از مشخصات اندیشه صدر، روش‌مندی علمی و فنی او در پرداختن به هر موضوعی است که برای تدریس یا تحقیق انتخاب می‌کرد. از این رو، مباحث فقهی و اصولی ایشان از لحاظ روش و ترتیب فنی بحث، متفاوت از بحث‌های محققان گذشته بود. ایشان مطالبی را که دیگران به‌صورت متداخل و درهم مطرح کرده بودند) به خصوص در مسائل پیچیده‌ای که فهمش مشکل و خلط و اشتباه در آنها زیاد بود جوانب آن را از هم جدا و جوهره آن مطلب را روشن می‌کرد. سپس به‌گونه‌ای علمی و عینی آن را تحلیل و تنظیم می‌کرد، به‌طوری‌که اهل فن نیز نظیر آن را در مباحث دیگران نمی‌یافتند.
طریقه استدلال در هرموضوعی را نیز کاملاً فرق می‌گذاشت. بدین‌صورت که در فلان موضوع آیا جای استفاده از برهان است یا محل به‌کارگیری استقراء و وجدان است؟ چنین نبود که در اثبات مدعای خود فقط به وجدانی‌بودن آن اکتفا کند؛ بلکه در استفاده از وجدان نیز به شیوه خاصی که می‌توان آن را «روش انگیزش وجدانی» نام نهاد، عمل می‌کرد. به این‌معنا که وجدان محقق را نسبت به موضوع حساس و هوشیار می‌کرد. در هنگام بحث از منبهات وجدانی، این نکته در مباحث اصولی شهید کاملاً پیداست.
از ویژگی‌های اندیشه شهیدصدر گرایش منطقی و برهانی در اندیشیدن و حل قضایای علمی توأم با اقناع روانی است؛ به این معنا که این دستاورد‌های برهانی هماهنگ و مطابق وجدان و تا حد زیادی قادر به اقناع و اطمینان روانی باشند. چنین نبود که صرفاً نظریه‌ای را بدون دلیل نقل کند یا دلیل آن مصادره به مطلوب باشد، بلکه در هر فرضیه علمی ابتدا دلایل قانع‌کننده آن را ذکر می‌کرد. آوردن برهان در هر موضوعی، مانند مباحث لغوی یا عقلانی یا عرفی برای او دشوار نبود. این ویژگی آرا و نظریات، این مکتب چنان صبغه علمی و منطقی به او داده است که به آسانی نمی‌توان آنها را نقد کرد. آنها را قدرت اقناع بیشتر بخشیده و در ابطال نظریات و آرای دیگر تواناتر می‌کند.
ویژگی یادشده، این مکتب را قادر به تربیت فکر و اندیشه پیروان خود کرده و پایه‌های فکری آنها را بر بنیان منطقی و علمی بنا می‌نهد. همچنین از مناقشات لفظی و درهم ریختگی و تداخل فهم‌ها که اغلب موجب سقوط تحقیقات و پژوهش‌های علمی و عقلی است، دور می‌کند. در عین حال، این فکر برهانی و منطقی چنین نبوده که همیشه متکی به ساختار و اصطلاحات کلیشه‌ای باشد؛ زیرا گاهی این اصطلاحات کلیشه‌ای موجب خطای فکری محقق و دور شدن او از واقعیت می‌شود. در نتیجه سبب می‌شود محقق نظریاتی را اتخاذ کند که وجدان سلیم آنها را رد می‌کند؛ به‌ویژه در مباحث دارای ملاک درونی و وجدانی که نیازمند روش خاصی در استدلال است.