امام (ره) بعد از آزادی و مراجعت به قم، از وظیفه الهی خود دست برنداشت و تقیه در مبارزه او وجود نداشت و با صراحت کامل نسبت به مسائل برخورد منطقی میکرد و در روشنگری و افشای وضع دولت درنگ نداشت. مخصوصاً در برابر موضوع اسرائیل و ارتباط دولت سعی مینمود مردم را آگاه نمای؛ و در همه جا دقیقاً به ادعاهای شاه پاسخ میگفت. با اینکه از لحاظ انتشارات و تبلیغات قوی نبود و فرستنده رادیو و وسایل کافی نداشت، ولی هیچگاه مأیوس نبود. با نیروی جوان طلاب و تجهیز آنان نظریات خود را در سطح وسیعی منعکس میساخت و اثر مطلوب میگرفت. در هر فرصت فریاد بر میآورد که «ما کهنهپرست نیستیم! این معرفی رژیم است که چنین میگوید. ما میگوییم به قانون عمل کنید. ما میگوییم استقلال را حفظ کنید، ما میگوییم زندانها پر از بیگناهان است، ما با تمدن مخالف نیستیم، ما با این مظاهر استعمار مخالفیم. ما با ترقى. زنها مخالف نیستیم، با این فحشا مخالفیم. ملت اسلام زنده است، الآن زندگی را از سر گرفته است، ملت اسلام بیدار است دیگر نمینشیند، اگر من هم برگردم ملت اسلام بر نمیگردد، اشتباه نکنید اگر خمینی هم با شما سازش کند ملت اسلام با شما سازش نمیکند.»
با فرارسیدن محرم و سالگرد ۱۵ خرداد رژیم شاه تمام قوای خود را بسیج کرد که کشور را تحت کنترل داشته باشد بسیاری از گویندگان را از منبر رفتن ممنوع ساخت و بسیاری را برای گرفتن تعهد به سازمان امنیت فراخواند و مورد تهدید و ارعاب قرارداد ولی با وجود این پیشبینیها حقایق گفته میشد و در این رابطه بسیاری از وعاظ بازداشت شدند.
اعلامیه عزای ملی به مناسبت سالگرد ۱۵ خرداد با امضای امام خمینی و جمعی از علمای طراز اول انتشار یافت در این اعلامیه گفته میشود: «.. یک سال از مرگ فجیع عزیزان ملت سپری شد... واقعه ۱۵ خرداد تنگ بزرگی برای هیئت حاکمه بهار آورد... تاریخ، آن را ضبط کرد... علمای اسلام وظیفه دارند از احکام مسلمه اسلام دفاعکننده از استقلال ممالک اسلامی پشتیبانی نمایند... از ستمکاریها و ظلمها اظهار انزجار کنند... از اسرائیل و عمال اسرائیل و دشمنان قرآن مجید و اسلام و کشور براشت جویند... اینها جرم است؟ اینها ارتجاع سیاه است... تبلیغات دینی و بیان قانونشکنیها ارتجاع سیاه شناخته شده... ما نمیدانیم اینها چه بستگی با اسرائیل و عمال اسرائیل دارند... ایران تحتالحمایه اسرائیل است؟ اینها ملت را خواب فرض کردهاند ما برای دفاع از اسلام... مهیا هستیم برنامه ما برنامه اسلام است. برادری با جمیع فرق اسلامی است... ما از واقعه ۱۵ خرداد خجالت میکشیم. ملت اسلام این مصیبت را فراموش نمیکند ما عزای ملی اعلام میکنیم.»
روشن است که اعلامیه با استقبال مردم همراه بود و در عاشورا اجتماعاتی به راهپیمایی پرداختند و در تهران منجر به برخورد با قوای انتظامی و دستگیری جمعی شد. از این تاریخ به بعد امام خمینی (ره) در صدد سازماندهی برآمد و اولین قدم را با تشکیل جلسات هفتگی شبهای یکشنبه با علمای درجه اول قم برداشت و از علمای شهرستانها و حوزه نجف چنین اقدامی را جداً خواست تا با برنامهای منظم جامعه را به تحرک وادارند و حتی در جهت از بین بردن اختلافات قشرهای مذهبی که سازمان امنیت مخصوصاً به آن دامن میزند تلاش بسیاری را آغاز نمود.
امام به هنگامی که تغییر مراسم تحلیف در ارتش مطرح شد و بنابراین بود که به جای سوگند به قرآن سوگند به کتاب آسمانی گذاشته شود و غیر معتقدین به قرآن هم در سنگر ارتش قرار گیرند به یکباره برآشفت و آن را به نام خیانت بزرگ شاه خواند و وقتی رژیم از این افشاگری بیمناک شد با سرعت در مقام جلوگیری برآمد و با اعزام نمایندهای نزد امام موضوع را تکذیب کرد و امام پیشنهاد نمود چنانچه عاری از حقیقت است، رسماً از رادیو تکذیب گردد و مقامات ارتش ضمن مصاحبهای از طریق رادیو چنین کردند.
امام در شروع تدریس در جمادی الاول (۱۳۸۱ه. ق) با اینکه شهر قم در محاصره قوای انتظامی قرار گرفته بود، اعتراضاتش را بازگو کرد و فعالیت اسرائیل را در کشور تشریح ساخت و مطالبه دستگاه فرستندهای برای روحانیت نمود تا نظریاتش را از آن طریق اظهار نماید و دامن زدن به اختلاف بین شیعه و سنی را که ناشی از نقش استعمار است از بین بردارد و در راه استقلال و آزادی کشورهای اسلامی فعالیت نمایند.
امام در ادامه مبارزه در مقابل قتلی که در کرمان وسیله معاون سازمان امنیت انجام گرفته بود و در صدد بودند قاتل را از مجازات دور سازند و یکی از روحانیون مجاهد مقابل زورگوییها ایستاده بود با صدور اعلامیهای مردم کرمان را به مقابله با مأموران هیئت حاکمه و حمایت از روحانیت مبارز تشویق و ترغیب نمودند.