با نطق آتشین حضرت امام (ره) در اعتراض به کاپیتولاسین در آبان ماه ۱۱۳۴۳، مشخص شد که با حضور امام (ره) در کشور، ادامه حکومت شاه امکانپذیر نیست. هر یک از کلمات ساده امام (ره) ضربهای بود بر پایههای پوسیده رژیم که برای دولت و شاه تحملپذیر نبود. آنها، امام (ره) را نمیتوانستند با هیچ شیوهای ساکت و آرام نگه دارند. طی دو سال امام (ره) راه طولانی طی کرده و تجربیات بسیار آموخته بودند و موقعیتی در اجتماع ایران کسب کرده بودند که کمتر نظیر داشت. از این مسئله گذشته بود که امام (ره) را در تار و پود پرونده و محاکمه قرار بدهند یا با طرح مسئله اعدام، او را بترسانند. پراکنده کردن مردم از اطراف امام (ره) مقدور نبود؛ زیرا شوق و علاقه آنها را جمع میساخت و به فداکاری وادار میکرد، تعطیلی بازار، ابطال پروانه کسب، انفصال از خدمت دولت و نظایر آن دیگر برای پیروان مشتاق امام (ره) مسخره مینمود. بنابراین، هر عملی در این جهت تودههای اطراف امام (ره) را فشردهتر میکرد. هجوم به مردم و کشتار بیرحمانه هم نتایج خوبی برای رژیم به بار نیاورده بود که بار دیگر به آزمایش بگذارد و ۱۵ خرداد دیگری را در آن زمان خلق کند. با وجود تماسی که امام (ره) با روحانیون سراسر کشور داشتند و با نفوذ کلامی که عملاً پیدا کرده بودند، تشکیل یک صف مخالف مقتدر با عنوان روحانیت هم برای دولت امکان پذیر نبود با اینکه در این جهت زیاد کار کردند، اما موفق نشدند.
نطق امام (ره) در اعتراض به کاپیتولاسیون که خیلی ساده و قاطع همه سران هیئت حاکم را با اسم و رسم خائن به کشور نامبرده بود، دلیل وجودی برای شاه و دولت و مجلس باقی نمیگذاشت و اعلامیه او که در همین مورد به طور وسیع انتشار یافت، با بقای دولت تعارض داشت. موج نارضایتی تودهها تخت و تاج شاه را دستخوش تندباد کرده بود. ملتی بیدار شده بود که اگر سخن امام درست است، پس این دستگاه عریض و طویل مجری انقلاب سفید چه میگوید و چرا باید باشد تا در جهت بیگانه مسائلی، چون کاپیتولاسیون پیش آید!
فاصله ۴ آبان تا ۱۳ آبان زمان تصمیمگیری رژیم بود. یکی از این تصمیمات تبعید امام (ره) به ترکیه بود. رژیم با این تبعید اعلام میکرد که یارای شنیدن حقیقت را ندارد و نمیتواند از نوکری آمریکا دست بردارد، به تخت و تاج علاقهمند است و هر عاملی که به نوعی آن را متزلزل کند، باید از بین برود. با این تبعید، رژیم فریاد میزد هیچ قانونی او را محدود نمیکند؛ چون قدرت نظامی دارد، به هر نحو باید به تسلط خود ادامه دهد و زورگویی، لازمه ادامه سلطه اوست. رژیم با این تبعید اعلام میکرد نظر مردم پشیزی ارزش ندارد، اساساً چرا مردم برای خود حق دخالت قائل هستند؟ چرا اعتراض میکنند؟ به چه مناسبت روحانیت در سیاست دخالت میکند؟
در این شرایط بود که شب ۱۳ آبانماه ١٣٤٣ صدها کماندو و چترباز مسلح، خانه قائد بزرگ را در قم محاصره کرده، از بام و دیوار وارد منزل شدند و به منظور دستگیری ایشان به جستوجو و ضرب و شتم خدام منزل دست زدند. امام خمینی (ره) که در آن ساعت در یکی از اتاقهای اندرون به نماز و دعا مشغول بودند، از سر و صداها و جستوخیزها دریافتند که چکمهپوشان رژیم به منزل یورش آوردهاند که بی درنگ لباس بر تن کرده، خواستند از در اندرون به بیرون بروند؛ ولی دری که اندرون را به بیرونی متصل میکرد، بسته بود و کلید آن، که در محضر خود ایشان بود، در آن لحظه گم شده بود. دژخیمان شاه پس از پرسوجو در قسمت بیرونی از آنجا که دریافتند امام خمینی (ره) در اندرون به سر میبرند، به درب اندرون یورش برده، چون در را بسته یافتند با مشت و لگد به جان آن افتادند! امام خمینی (ره) چندین بار بانگ زدند که وحشیگری در نیاورید الآن در را باز میکنم، لیکن مزدوران شاه بیتوجه به تذکر ایشان به مشت کوفتن و لگد زدن خود ادامه میدادند تا سرانجام قسمتی از در را شکستند! امام خمینی (ره) که از پیدا کردن کلید ناامید شده بودند، از در دیگر اندرون که به کوچه باز میشد خارج شدند و در وقت بیرون رفتن مهر امضای خود را به رسم امانت به بانو سپردند و فرمودند: «شما را به خدا میسپارم» کماندوها و دژخیمان شاه که سراسر کوچه را اشغال کرده بودند به محض خارج شدن قائد بزرگ از منزل، ایشان را محاصره کرده و به ماشینی که جلوی در منزل آورده بودند، سوار کردند و ماشین با شتاب هر چه بیشتر به حرکت درآمد.
ماشین حامل قائد بزرگ ١٤٠ کیلومتر راه قم ـ تهران را در مدتی کمتر از ۹۰ دقیقه پیمود و به فرودگاه مهرآباد رسید و در آنجا سرهنگ مولوی که پیش از رسیدن ماشین حامل امام خمینی (ره) حاضر شده بود به وسیله بیسیم با مافوق خود که از قربان، قربان گفتنهای او به دست میآمد که طرف مخاطب او خود شاه است، ارتباط برقرار کرد و اظهار داشت که مأموریت تا اینجا به خوبی صورت گرفته و تتمه آن نیز به زودی انجام میپذیرد. هنوز آفتاب روز ۱۳ آبان ماه سر از افق بیرون نیاورده بود که قائد بزرگی که قلب او همواره به یاد خداوند و برای تودههای محروم و ستمدیده ایران میتپید و محرومیتها و رنجهای مردم زحمتکش و رنجدیده ایران ایشان را لحظهای راحت و آرام نمیگذاشت، به جرم دفاع از استقلال وطن و هموطنان مسلمان خود از وطن بیرون برده شد.
آنگاه که هواپیما به قصد پرواز به سوی تبعیدگاه امام خمینی (ره) موتورها را روشن کرد، یکی از مقامات به اصطلاح امنیتی پاسپورت قائد بزرگ را به دست ایشان داد و اظهار داشت که شما اکنون به ترکیه میروید و خانواده شما نیز به زودی به شما ملحق خواهند شد.
ساواک پس از تبعید امام (ره) اطلاعیهای داد که هم روزنامهها بدون تفسیر آن را منتشر کردند و هم از رادیو قرائت شد. اطلاعیه میگوید: «طبق اطلاع موثق و شواهد و دلایل کافی، چون رویه آقای خمینی و تحریکات مشارالیه بر علیه منافع ملت و امنیت و استقلال و تمامیت ارضی کشور تشخیص داده شد لذا در تاریخ ۱۳ آبانماه ١٣٤٣ از ایران تبعید گردید. سازمان اطلاعات و امنیت کشور»