دوستی و مراودت با «آیتالله مرتضی مطهری»، یکی از روابط مهم در زندگی آیتاللهالعظمی خامنهای است. نقطه آغاز این روابط، شهرت علمی وافر علامه مرتضی مطهری بود که پیش از همه در میان حوزویان و دانشجویان علوم دینی زبانزد شده بود. آیتاللهالعظمی خامنهای، چندسالی از آیتالله مطهری کوچکتر بود و جویای دیدار او. حوزهها محملی شد برای آشنایی و بهویژه دیدارهای «مدرسه مروی» تهران بر صمیمیت این آشنایی افزود. آقای خامنهای در این باره میگویند: «ایشان در تهران تدریس میکردند در مدرسه مروی، مدرسه مروی هم پاتوق ما بود. هر وقت از قم میآمدیم، حتماً مدرسه مروی سری میزدیم. طبعاً علاقهمند بودیم که با ایشان آشنا بشویم؛ آشنا هم شدیم خیلی زود، بعد که با آقای مطهری آشنا شدیم، دوستیمان خیلی صمیمی و گرم شد، به طوری که بعدها خیلی از اوقات ایشان مشهد که میآمدند منزل من میآمدند و من تهران که میآمدم، حتما ایشان را میدیدم و بعضی کارهای مشترکی هم با هم داشتیم؛ کارهای علمی مشترک.»
نمونه این همکاریها زمانی بود که شهید مطهری میخواست یادداشتهای «اسلام و مقتضیات زمان» خود را به اثری تألیفی تبدیل کند. آیتالله خامنهای، گزینه اصلی او برای این تحقیق و تألیف بود: «ایشان یک مقدار سخنرانی کرده بودند گمانم یک ماه رمضان، درباره اسلام و مقتضیات زمان. یک وقتی به من گفتند که من یک چنین سخنرانیای کردم و مایلم شما این را تحصیل کنید، یعنی پخته و تکمیل کنید، اگر آماده باشید. گفتم باشد. البته مرد بزرگواری بود آقای مطهری، واقعاً برای کارهایش هدفهای معنوی در نظر داشت، نه هدفهای ظاهری. وقتی که این را به من محول میکردند، گفتند که شما این را وقتی که تحریر کردید به هر نامی خواستید منتشر کنید، به عنوان تألیف، تألیف مطهری، تألیف خامنهای، تألیف مشترک، هر چی خواستید بگذارید که خب طبیعی بود که این تراوش شهید مطهری بود و اگر من هم همچنین کاری میکردم، نقش اولی و اصلی مربوط به ایشان بود، به من ارتباطی نداشت، درعینحال ایشان با این سعه صدر و بزرگواری این حرف را میزد.»
سفرهای سالانه شهید مطهری به مشهد، یک سوی دیگر این دیدارها بود. این دیدارها یا در «رز هتل» مشهد انجام میشد که محل اقامت آیتالله مطهری بود یا منزل آیتالله خامنهای. موضوع بخش عمدهای از آنچه در این دیدارها و روابط مطرح میشد، به مباحثات و تعاملات علمی اختصاص داشت.
جایگاه ویژه استاد در حوزه تبیین و تدریس معارف دینی تا آنجا بود که آیتالله خامنهای اعلام میدارد: «من خودم را شاگرد آقای مطهری میدانم و با ایشان دوستی صمیمانه و نزدیک داشتم. دوستی ما از پیش از انقلاب خیلی گرم و مهربانانه بود، بارها اتفاق میافتاد که به منزل یکدیگر (منزل ایشان در تهران و منزل ما در مشهد) میرفتیم و روزها و شبها با هم بودیم. روزی به ایشان گفتم: «من شاگرد شما هستم.» تعجب کردند و گفتند: «شما پیش بنده درس نخواندهاید.» حقیقتاً هم بنده پیش استاد مطهری درس نخوانده بودم، اما یکی از عناصری که بنیه اصلی فکر اسلامی من را پایهگذاری کرد، سخنرانیهای بیست سال پیش آقای مطهری بود. این سخنرانیهای استاد مطهری برای کسانی که بخواهند در زمینههای اساسی اسلام چیزی بیاموزند، مانند یک معلم کاربرد دارد.»
تأثیرپذیری آیتالله خامنهای از مطهری در آثار ایشان نیز قابل مشاهده است. خود ایشان یادآور میشوند که: «بنده، حقیر خودم در طول مدت زندگیم که من کار فکری داشتم، خیلیهایتان میدانید، شاید بعضیهایتان بودید توی بحثهای بنده در مشهد که داشتم، عمده کار بنده با استفاده از افکار آقای مطهری است؛ این یادتان باشد. بنده از افکارمـ به خود ایشان هم میگفتم من همیشه، با ایشان ما خیلی رفیق بودیم. ـ من میگفتم که من غالب کارهایم با استفاده از حرفهای شماست، کتابهایی را اسم میآوردم ایشان تعجب میکرد، میگفت عجب این کتابها اینقدر خوب است من نمیدانستم؟»
البته همانطور که اشاره شد این رابطه یکسویه نبود و تعلقات آیتالله مطهری به آیتالله خامنهای نیز بسیار بود. مطهری، جلسات درس و بحث آیتالله خامنهای در مشهد را مؤثر و سودمند میدانست و برای همین، وقتی که آگاه شد نیروهای امنیتی طاغوت جلسات مسجد کرامت را به تعطیلی کشاندهاند، بهشدت متأسف شد و اظهار داشت: «همه مراکز حساس را که اثری دارد میبندند. انسان متحیر میماند چه کند و چه بگوید.» وی گفت: «سیدعلی خامنهای از نمونههای ارزندهای است که برای آینده موجب امیدواری است و در این مدت کوتاه در مشهد کارهای پرثمری انجام داده که یکی از آنها جمع کردن جوانان روشنفکر و بیدار بوده و به همین جهت وی مورد توجه [امام]خمینی هم واقعشده و [امام]خمینی دستور داده که هواخواهان وی [آیتالله]خامنهای را حمایت کنند.»
در ماجرای دستگیری آیتالله خامنهای نیز آقای مطهری در دانشکده الهیات تهران واکنش نشان داد و ابراز داشت: «ما کمتر نمونه ارزندهای، چون خامنهای داریم؛ و این نیروها هم باید به این گونه هدر و در گوشههای زندان تلف گردند.» مطهری پس از ستودن خامنهای او را از عوامل مؤثر در روشن کردن افکار اجتماع دانست. آقای خامنهای از حمایتهای استاد مطهری چنین یاد میکنند: «شهید مطهری هجده سال از من بزرگتر بودـ یعنی یک نسل از من مسنتر بودـ بااینهمه، باهم دوستی فوقالعادهای داشتیم. ایشان همواره میکوشید از جایگاه اجتماعی من حمایت کند و در سخنرانیها و مجالس خود از من یاد میکرد.»