وي در همان دوره نوجواني وارد حوزه علميه قم شد. در اين زمان، حوزه علميه قم يكي از سخت ترين دوران تاريخ خود را مي گذراند. با اين حال، آيت الله قدوسي تمام سختي ها و مشكلات را به جان خريد و در راه كسب دانش و تحصيل مراتب معنوي همت حيرت انگيز نشان داد. آيت الله قدوسي مقدمات علوم ديني را نزد فقيه وارسته آيت الله صدوقي فرا گرفت و دوره عالي را نيز در محضر آيت الله بروجردي و امام خميني سپري كرد.