مقامات ارشد حماس، جنبش مقاومت فلسطین ضمن اعتراض به این اقدام مداخله گسترده کشورهای عربی در این رابطه را خواستار شدند.
خالد مشعل، رهبر اداره سیاسی حماس اظهار کرد که این اقدام بخشی از راهبرد رژیم تل‌آویو برای ویران کردن مسجدالاقصی و از بین بردن تاریخ اسلامی این مکان است.
اسماعیل هانیه، نخست وزیر حماس روز شنبه (۲۷ مهر) طی سخنرانی تلویزیونی خود تلاش‌های اسرائیل برای یهودی‌سازی قدس و مسجدالاقصی را محکوم کرد.
وی همچنین سیاست‌های توسعه طلبانه اسرائیل و جنایات این رژیم بر ضد ملت فلسطین را مورد انتقاد قرار داد و گفت که آزادسازی فلسطین یک وظیفه ملی است.
احمد رفیق، تحلیلگر سیاسی در مصاحبه با پرس تی‌وی گفت که با توجه به بحران‌های موجود در کشورهای عربی بعید است که اقدام اسرائیل برای ساخت یک کنیسه در مسجد الاقصی واکنش آنان را در پی داشته باشد.
وی گفت: «مقامات اسرائیل این برنامه‌ها را به صورتی محرمانه و با گام‌های کوچک تدارک دیده‌اند تا اینگونه یهودیان و مردم کشورهای عربی را شست‌وشوی مغزی دهند. آنان که کار خود را با یک پنجم از این مکان آغاز کرده‌اند، به زودی تحریف تاریخ آن را نیز آغاز خواهند کرد.»
این تحلیلگر سیاسی همچنین خاطر نشان کرد: «آنان این طرح‌ها را با هدف متحد کردن یهودیان سکولار به کار می‌برند،کسانی که بر سر ویران کردن مسجد الاقصی مناقشه دارند. همچنین بسیار بعید است که کشورهای عربی در حالی که سرگرم انقلاب‌ها و مسائل داخلی خود هستند در این مساله مداخله کنند.»
در طول چند دهه گذشته، اسرائیل تلاش کرده است با ساخت شهرک‌های غیرقانونی، ویران کردن مکان‌های تاریخی و بیرون راندن مردم محلی فلسطین ساختار جمعیتی قدس را تغییر دهد.
فلسطینی‌ها به دنبال تشکیل کشوری مستقل در سرزمین‌های کرانه باختری، شرق بیت‌المقدس (اورشلیم) و نوار غزه هستند و بر عقب‌نشینی اسرائیل از سرزمین‌های اشغال‌شده فلسطین در «جنگ شش روزه ۱۹۶۷» تاکید دارند.
این درحالی است که تل‌آویو از بازگشت به مرزهای ۱۹۶۷ امتناع کرده و از بحث و گفت‌وگو درباره موضوع قدس اجتناب می‌کند.