روابط القاعده و ایران
مقام‌های ایالات متحده آمریکا ایران را به دادن اجازه رفت‌وآمد به اعضای این گروه یا حتی هم‌دستی با آن متهم کرده‌اند. اما ایران اعلام کرده که القاعده را یک «گروه تروریست��» می‌داند و اعضای آن را دستگیر می‌کند. مثلا درباره کیفیت حضور سعد بن‌لادن پسر بن‌لادن و فعال سابق القاعده، عزالدین عبدالعزیز خلیل، اسماعیل کاموکا، سلیمان ابوغیث داماد بن‌لادن و ایم��ن بن‌لادن یکی از دختران بن‌لادن و مادرش و در حصر بودن یا آزاد و فعال بودن آنها در ایران اختلاف‌نظر وجود داشته است.
در اردیبهشت 1391 رویترز روابط القاعده و ایران را پرتنش توصیف کرد و به نقل از مرکز مبارزه با تروریسم آکادمی ارتش آمریکا نوشت ایران احتمالاً برای اینکه القاعده را از اقدام نظامی علیه این کشور بازدارد، اعضای آن را بازداشت می‌کرده است. علاوه بر این، در گزارش آمده است که احتمالاً بعضی از این بازداشت‌ها با هدف چانه‌زنی با دولت ایالات متحده در مسائل مربوط به افغانستان بوده باشد.
آگاهان بر این عقیده‌اند که، در سال 2001 هنگام جنگ ایالات متحده آمریکا در افغانستان، ایران در شناسایی و تعقیب اعضای القاعده با واشنگتن همکاری کرد. این موضوع را چند سال بعد یکی از مقام‌های ارشد دولت جورج بوش، رئیس‌جمهور پیشین ایالات متحده اعتراف کرد. به گفته هیلاری مان‌لورت «این یکی از نمونه‌های نادر همکاری میان تهران و واشنگتن بود و به نظر می‌رسید که آغازی برای بهبود روابط دو کشور باشد.» در این‌باره یک منبع غربی مدعی شده بود، در زمان دولت سیدمحمد خاتمی، دولت ایران به دولت آمریکا پیشنهاد کرد اعضای القاعده را با شورشیان مخالف ایران که توسط پنتاگون در عراق دستگیر شده بودند معاوضه کند. این توافق هیچ‌گاه عملی نشد و روابط ایران و آمریکا در زمان دولت محمود احمدی‌نژاد بدتر شد.
در سال 2006 هنگامی که ابومصعب زرقاوی، رهبر شاخه القاعده در عراق در حمله مشترک نیروهای آمریکایی و عراقی به قتل رسید، در خانه‌اش اسنادی پیدا شد که نشان می‌دهد سازمان القاعده قصد داشت آتش جنگ میان ایران و آمریکا برافروزد. در این اسناد نوشته شده بود جنگ میان ایران و آمریکا منافع زیادی برای اهل سنت در عراق و «جنبش مقاومت در برابر آمریکا» خواهد داشت: آزاد شدن اهل سنت از سلطه شیعیان، تضعیف شیعیان، مشغول شدن نیروهای آمریکایی به یک جنگ تازه، امکان دستیابی بیشتر به سلاح از طریق ایران، وادار کردن ایران به کمک به «نیروهای جنبش مقاومت در برابر آمریکا» در عراق (به این طریق که ایران در صورت حمله به آمریکا به «نیروهای مقاومت» نیازمند خواهد بود.) برای ایجاد جنگ بین ایران و آمریکا چنین راه‌هایی در این اسناد توصیه شده است: قانع کردن آمریکا و غرب به «خطرناک» بودن ایران، آدم‌ربایی و فرستادن پیام‌های تهدیدآمیز و نسبت دادن آنها به ایران و شیعیان مورد حمایتش و معرفی حکومت ایران به عنوان دولتی مرتبط با تروریسم؛ تبلیغات درباره اینکه ایران دارای سلاح‌های شیمیایی و هسته‌ای است؛ بمبگذاری در کشورهای غربی و جعل آثار دخالت شیعیان ایرانی در کنار آنها.
در شهریور 1387، ایمن الظواهری مقام ارشد القاعده در نوار ویدئویی «هفت سال جنگ صلیبی» ادعا کرد که تهران با نیروهای آمریکایی برای اشغال عراق و افغانستان همکاری کرده است.
در روزهای نخست ژانویه 2010 (زمستان 1388) ایمان بن‌لادن دختر 17 ساله اسامه بن‌لادن که گفته شد در تهران برای خرید همراه با دو مامور انتظامی به بازار رفته بود فرار کرد و به سفارت عربستان سعودی در تهران پناهنده شد. گزارش‌ها حاکی از آن بود که او همراه با مادرش که یکی از چندین همسر بن‌لادن بود و چند تن دیگر از اعضای خانواده‌اش زیر نظر ماموران امنیتی در حومه تهران سکونت داشته است. منوچهر متکی وزیر امور خارجه ایران از این موضوع اظهار بی‌اطلاعی کرد.
اولین بار 6 مرداد 1390 آمریکا رسماً ایران را به «هم‌پیمانی با القاعده» متهم کرد. معاونت تروریسم و امنیت اقتصادی وزارت دارایی آمریکا اعلام کرد ماموران القاعده که مقیم ایران هستند عملیات گسترده‌ای برای حمایت مالی القاعده انجام داده‌اند تا کمک‌های مالی به این سازمان را از کشورهای حاشیه خلیج‌فارس مثل کویت و قطر جمع‌آوری کنند. مقامات آمریکا اعلام کردند ایران از این جریان اطلاع داشته و آنها را کمک نموده است. سخنگوی ایران در سازمان ملل این اتهامات را رد کرده و آن را تلاش آمریکا برای مخدوش کردن حسن شهرت ایران بر پایه ادعاهای «کاملاً بی‌اساس» خواند و گفت ایران هیچ‌گاه از سازمانهای تروریستی مانند القاعده حمایت نمی‌کند.
هرچند که تفسیر ایران و القاعده از اسلام با هم متفاوت است و اختلافات دینی دارند و منافع استراتژیک متفاوتی دارند، آمریکا ایران را متهم کرده است که چون ایران مایل است نیروهای آمریکایی از عراق و افغانستان زودتر خارج شوند و نفوذ ایران در منطقه بیشتر و تثبیت شود، به قاچاق تسلیحات پیشرفته به عراق و افغانستان کمک می‌کند تا خروج نیروهای آمریکایی از عراق و افغانستان سریع‌تر شود. همچنین آمریکا رسماً اعلام کرد کمک ایران به القاعده با همین انگیزه انجام می‌شود. بسیاری از کارشناسان امور ایران به دلیل اختلافات فرقه‌ای میان ایران که شیعه است و القاعده که سنی است با گزارش وزارت دارایی آمریکا با احتیاط برخورد کردند. معاونت تروریسم و امنیت اقتصادی وزارت دارایی آمریکا به ریاست دیویدس. کوهن در گزارش خود اعلام کرده که عملیات حمایت مالی القاعده به رهبری عزالدین عبدالعزیز خلیل (تبعه سوریه) انجام می‌شود و او در ایران مستقر است و از سال 2005 با دولت ایران توافق کرده است که از خاک این کشور فعالیت کند و زندانیان القاعده در ایران را آزاد کند و به پاکستان برگرداند و کمک‌های مالی برای القاعده در پاکستان بفرستد.
یک ماه پس از آن، فرمانده انتظامی کرمان 15 شهریور 1390 از دستگیری پنج عضو القاعده همراه تعدادی اسلحه، مهمات و تعدادی اسناد و مدارک در استان کرمان خبر داد و قصد این افراد را «ورود مقادیر زیادی سلاح، مهمات و مواد منفجره به ایران» و انجام «اقدامات خرابکارانه» عنوان کرد. دو تن از آنها غیرایرانی بوده و تبعه «کشورهای همسایه غربی ایران» معرفی شدند.
14 اردیبهشت 1391 (3 مه) رویترز اسنادی منتشر کرد که از مخفیگاه بن‌لادن در پاکستان به دست آمده بود و نشان می‌داد مناسبات میان القاعده و حکومت ایران، پرتنش و خصمانه بوده است. در سال‌های پس از حملات 11 سپتامبر 2001، ایران برخی از سران رده بالا و اعضای رده پایین‌تر گروه القاعده و همچنین برخی اعضای خانواده بن‌لادن را بازداشت کرده بود. در تحلیل مرکز وست پوینت آمده است که یکی از دلایل بازداشت طولانی‌مدت اعضای القاعده در ایران می‌تواند جلوگیری از حمله این گروه تروریستی به ایران باشد. دلیل دوم این است که ایران احتمالاً اعضای القاعده را به عنوان برگ برنده برای معاملات بعدی این کشور با آمریکا نگه داشته است.
5 سپتامبر 2011 (15 شهریور) روزنامه دیلی تلگراف نوشت اسنادی از ساختمان سازمان امنیت خارجی لیبی به دست انقلابیون افتاده است که نشان می‌دهد اعضای القاعده (مثلاً اسماعیل کاموکا) آزادانه به ایران رفت‌وآمد می‌کنند. این روزنامه توضیح داد «اسنادی که از سازمان امنیت لیبی به دست آمده مستقیماً به همکاری تهران با القاعده اشاره‌ای نمی‌کند اما نشان می‌دهد اعضای القاعده بیش از گمانه‌زنی‌های سابق از آزادی رفت‌وآمد در ایران برخوردار هستند.»
27 مهر 1391 دولت ایالات متحده آمریکا 12 میلیون دلار جایزه برای دستگیری دو فرد مظنون به عضویت در گروه القاعده تعیین کرد که مدعی شده در ایران حضور دارند.
واشنگتن‌پست اسفند 1391 (مارس 2013) خبر از اخراج سلیمان ابوغیث داماد اسامه بن‌لادن و سخنگوی پیشین گروه القاعده از ایران داد و نوشت او سومین شخصیت القاعده است که در یک سال گذشته از ایران اخراج شده‌اند و ایران از آنها خواسته خاک این کشور را ترک کنند. واشنگتن‌پست در تحلیل خود نوشت روابط ایران و القاعده برای مدتی منافعی برای هر دو طرف داشته اما با افزایش تنش در موضع ایران شیعه و موضع مسلمانان افراطی سنی، مخصوصا بر سر جنگ داخلی سوریه، روابط ایران و القاعده پرتنش شده است و هر یک از دو جریان متفاوت و متخاصم در سوریه حمایت می‌کنند.
ایران و القاعده؛ دشمنی پنهان یا آشکار؟
مدتی قبل شبکه آن‌بی‌سی درباره رابطه ایران با سازمان تروریستی القاعده نوشته بود: با توجه به روابط خصمانه میان ایران و القاعده مخصوصا در سال‌های قبل از مرگ بن‌لادن به خاطر عدم آزاد کردن اعضای القاعده در ایران، القاعده دیپلمات‌های ایرانی را ربوده و تهدید کرده که چنانچه ایران افراد زندانی را آزاد نکند دست به اقدامات تندتری خواهد زد.
بعد از گشتن مقر بن‌لادن در پاکستان، در هفده نامه‌ای که در آنجا یافت شد می‌توان به خصومت‌ها میان القاعده و تهران پی برد. زمانی که طالبان سقوط کرد سران القاعده تصمیم گرفتند بعضی از سران را به ایران بفرستند به این امید که ایرانی‌ها مزاحمتی برای آنها ایجاد نخواهند کرد. هرچند ایران این رویه را اتخاذ نکرد که «دشمن، دشمن من دوست من است».
این گزارش ادامه داد: در گزارش‌ها قید شد که ایران برخی را دستگیر کرد و برخی دیگر را نیز به محلی که از آن آمده بودند اخراج نمود. دستگاه‌های اطلاعاتی آمریکا اطلاع دقیقی نداشتند که آیا اعضای القاعده در ایران در زندان هستند یا این که در حبس خانگی به سر می‌برند. هرچند ایران بارها گفته بود که آنها در زندان می‌باشند اما آمریکا هی��وقت آن را باور نکرد. با توجه به شواهد به دست آمده در روز سه‌شنبه مشخص گردید که فی‌الواقع رهبران القاعده در ایران و در شرایط بدی زندانی بوده‌اند.
این تحلیل در ادامه نوشت: در یکی از نامه‌های به دست آمده عطیه عبدالرحمن که ظاهراً رئیس دفتر بن‌لادن بوده در نامه‌ای به سعد بن‌لادن پسر بزرگ ا��امه بن‌لادن راجع به اوضاع بد در ایران به آنها گفته بود و درخواست شده بود فی‌الفور ایران را ترک کنند که البته با ضرب و سرکوب از سوی ماموران امنیتی ایران روبه‌رو شدند. حتی القاعده در راستای آزاد شدن سران القاعده مستقیما نامه‌ای خطاب به رهبر ایران نوشت که هیچ‌گونه واکنش مثبتی از سوی ایران مشاهده نشد در سال 2008 القاعده آقای حشمت‌الله عطارزاده نیاکی کنسول ایران در شهر پیشاور در پاکستان را ربود و تهدید به اقدامات تندتر علیه منافع ایران کرد. عطیه در سال 2011 توسط بمباران هواپیمای بدون سرنشین آمریکا کشته شد، اما قبل از آن به بن‌لادن نامه‌ای نوشت که ربودن دیپلمات ایرانی باعث شد که ایرانی‌ها به توانمند بودن القاعده پی ببرند و در آزاد کردن افراد زندانی سریع‌تر عمل کنند. بن‌لادن در نیمه دوم سال 2010 از عطیه خواست تا با ایرانی‌ها حال مستقیم یا غیرمستقیم تماس حاصل کند و از آنها بخواهد به محض آزاد کردن دیپلمات ایرانی آنها نیز در مقابل اعضای خانواده من و مخصوصا دختر من را که شرعا می‌بایست در کنار همسر خود باشد را آزاد کنند.
داماد بن‌لادن یکی از جنگجویان بلندپایه القاعده بود. در سال 2010 کنسول ربوده شده ایرانی آزاد شد و ایران نیز چند هفته قبل از مرگ بن‌لادن تعدادی از اعضای خانواده بن‌لادن و تعدادی از شورشیان آنها را آزاد کرد، اما کماکان تعدادی همچنان در ایران زندانی هستند.
عطیه که از این بابت ناراحت بود، در نامه‌ای نوشت که ایرانی‌ها نه به نامه‌های ما پاسخ داده و نه از طریق برادران ما (افراد آزاد شده) پیغامی فرستاده‌اند. در هر حال ظاهرا ایرانی‌ها خواهان مذاکره با ما نمی‌باشند و در قبال فشارها و تهدیدات ما بی‌تفاوت عمل کرده‌اند.
این گزارش در پایان مدعی شده است: تحلیلگران می‌گویند نگه داشتن اعضای القاعده توسط ایران می‌تواند دارای دومعنی باشد، اول اینکه ایران اطمینان یابد که القاعده علیه منافع ایران چه در داخل و چه در خارج دست به اقدامی نخواهد زد و دوم این که احتمالا ایران آنها را به عنوان برگی برای پیشبرد مذاکرات خود با آمریکائی‌ها حفظ کرده‌اند. برخی از ایرانی‌ها و آمریکائی‌ها می‌گویند، بعد از سال 2001 افراد رابطی، برای آمریکا پیام آورده که ایران حاضر است آنها را با رئیس سازمان MEK مبادله کند. طرفین چنین ادعایی را تکذیب و رد کرده‌اند.
درباره القاعده
نام اسامه بن‌لادن و القاعده در اوایل قرن 21 و انفجار برج‌های دوقلوی آمریکا بر سر زبان‌ها افتاد. او فرزند محمد بن‌عوض بن‌لادن، میلیاردری در صنعت ساختمان با ارتباطاتی با خاندان سلطنتی سعودی و دهمین همسرش، حمیده العطاس بود. خانواده بن‌لادن 5 میلیارد دلار از صنعت ساختمان‌سازی به دست آوردند که اسامه بعداً 25 - 30 میلیون دلار آن را به ارث برد.
وی تشکیلات القاعده در سال 1988 جهت مبارزه (به لفظ اسلامی: غزو) با اتحاد جماهیر شوروی در افغانستان تأسیس شد. القاعده از سازمان «مکتب الخدمة» که هدف آن مسلح کردن و آموزش مجاهدین اسلامی برای جنگ با شوروی بود گسترش و پیشرفت یافت. این سازمان از حمایت و پشتیبانی دولت‌های اسلامی به ویژه عربستان سعودی و پاکستان و همچنین ایالات متحده آمریکا برخوردار بود. در سال 2000 ایمن ظواهری سازمان جهاد اسلامی مصر را با سازمان القاعده ادغام نمود و به شخص دوم این تشکیلات تبدیل شد. وجه نامگذاری سازمان القاعده برگرفته از توصیف این سازمان در یکی از متن‌های آن است که تشکیلات القاعده را «قاعدۀ الجهاد» (اساس و بنیان نبرد اسلامی) توصیف می‌کند. این در حالی است که خود اعضای این سازمان آن را «جبهه بین‌المللی جهاد علیه یهودیان و صلیبیان» می‌نامند.
پراکندگی فعالیت‌های شبکه القاعده در جهان
سوریه
در جریان هرج‌ومرج جنگ داخلی سوریه، گروه‌های پیکارجوی جهادی، در صف مقدم قرار گرفته‌اند. میان نیروهایی که علیه بشار اسد رئیس‌جمهوری سوریه می‌جنگند، نبردی میان میانه‌روها و اسلامگرایان تندرو که با القاعده مرتبط هستند، در جریان است. ایمن الظواهری، از جنگجویان القاعده خواسته است که برای تاسیس یک حکومت اسلامی در سوریه تلاش کنند. در آوریل 2013، گروه موسوم به امارت اسلامی عراق، اعلام کرد که با مهم‌ترین گروه جهادی در سوریه موسوم به جبهه نصرت، متحد می‌شود تا یک کشور واحد موسوم به «حکومت اسلامی عراق و سرزمین شام» را تاسیس کنند. جبهه نصرت با این ادغام مخالفت کرد اگرچه همچنان به بیعت خود به القاعده وفادار است.
شبه‌جزیره عربستان
القاعده در شبه‌جزیره عربستان، در ژانویه 2009 تشکیل شد. شاخه القاعده مستقر در شبه‌جزیره عربستان سعودی، در ژانویه سال 2009 و در پی ادغام دو شبکه منطقه‌ای پیکارجویان که وابسته به شبکه بین‌المللی پیکارجویان اسلامگرا در یمن و عربستان سعودی بودند، ایجاد شد. این گروه که هدفش سرنگون کردن رژیم پادشاهی عربستان سعودی و دولت یمن و تاسیس خلافت اسلامی است، سوگند خورده که به تاسیسات نفتی، خارجیان و نیروهای امنیتی همچنان حمله کند.
شرق آفریقا
القاعده از مدت‌ها پیش در شرق آفریقا فعالیت داشته است. این منطقه صحنه حمله به سفارتخانه‌های آمریکا در نایروبی، کنیا، دارالسلام و تانزانیا در اوت 1998 بود. این حملات توسط پیکارجویان مصری، سودانی، کنیایی، تانزانیایی صورت گرفت. پیکارجویانی از عربستان سعودی و کومور نیز در این حمله دست داشتند. برخی از این پیکارجویان در سومالی به طور مخفیانه آموزش دیده بودند و بعد از انجام حملات نیز به این کشور گریختند. بخش‌های روستانشین مرکزی و جنوبی سومالی توسط گروه شورشی اسلامی شباب، کنترل می‌شود. این گروه در فوریه 2012 با القاعده متحد شده بود. گفته می‌شود گروه شباب مسئول دو فقره بمبگذاری انتحاری در کامپالا پایتخت اوگاندا بوده است. در این حملات که در ژوئیه 2010 رخ داد، 76 نفر کشته شدند. این گروه مدعی شد که عملیات به تلافی تصمیم اوگاندا برای فرستادن نیروهای حافظ صلح به سومالی، صورت گرفت. با وجود این که گروه شباب از سال 2011 از شهرهای مهم سومالی بیرون رانده شد، هنوز شماری از شهرهای کوچک‌تر و محدوده‌های وسیعی از مناطق روستایی را کنترل می‌کند.
شمال و غرب آفریقا
بخش‌های بزرگی از نواحی بیابانی موسوم به صحرا و ساحل، محل ایده‌آلی برای زورآزمایی جنگجویان مسلح است. ممکن است گروه القاعده در مغرب اسلامی، بیشتر از همه جا در الجزایر فعال باشد ولی فعالیت‌های این گروه در طول منطقه صحرا تا مالی و نیجر، گسترش‌یافته است. ریشه‌های این گروه، به جنگ داخلی الجزایر در دهه 1990، بازمی‌گردد. این گروه که در ابتدا گروه سلفی برای موعظه و نبرد، خوانده می‌شد، با اسامه بن‌لادن متحد شد و سپس نام خود را در سال 2007 تغییر داد. رهبر این گروه ابومصعب عبدالودود نام دارد. یک شاخه انشعابی این گروه به رهبری مختار بلمختار، در گروگانگیری در نیروگاه از آن امیناس، در الجزایر دست داشت. در این حمله که در ژانویه 2013 رخ داد 69 نفر جان خود را از دست دادند. در ماه مه 2013، بمبگذاران انتحاری در شمال نیجر، به یک پادگان نظامی و نیز محل یک معدن اورانیوم که توسط فرانسوی‌ها اداره می‌شد، حمله کردند. در نیجریه، گروهی از جنگجویان اسلامگرا موسوم به بوکو حرام، که نفراتش نیجریه‌ای هستند، به تدریج به صورت یک گروه جهادی که بیشتر جنبه بین‌المللی دارد، درمی‌آیند. در ماه اوت 2013 انفجاری در جنوب بیروت و در محله‌ای شیعه‌نشین و تحت نفوذ حزب‌الله لبنان رخ داد که 27 کشته بر جای گذاشته بود. همچنین یک هفته بعد دو انفجار دیگر در نزدیک دو مسجد در محلات سنی‌نشین لبنان (طرابلس) رخ داد و بیش از 40 کشته بر جای گذاشت. در این رابطه شاخه شمال آفریقای القاعده گفت «به یقین می‌داند» که حزب‌الله مسئول حملات طرابلس است و گفته که «آن گروه فرومایه باید بداند که کیفر کارش را خواهد دید.»
اروپا
گفته می‌شود عاملان بمبگذاری در 7 ژوئیه 2005 در لندن که منجر به کشته شدن 52 نفر شد با القاعده ارتباط داشتند. در سال 2006، یک توطئه مهم برای بمبگذاری در هواپیماها خنثی شد و عاملان آن یک سال بعد محکوم شدند. در ماه آوریل 2011، در آلمان پلیس سه نفر را که ظن آن می‌رفت از نفرات القاعده باشند و از نظر پلیس یک خطر آنی محسوب می‌شدند، دستگیر کرد. در سپتامبر 2012، منابع سرویس‌های اطلاعاتی غربی اظهار داشتند که توطئه‌های گروگانگیری در بریتانیا، فرانسه و آلمان را خنثی کرده‌اند. پس از بمبگذاری در یک قطار در مادرید که موجب کشته شدن حدود 200 نفر شد، گروهی که با القاعده ارتباط داشتند مسئولیت این بمبگذاری را به عهده گرفتند. هسته شبکه القاعده که مسئول حملات یازدهم سپتامبر بود، در هامبورگ مستقر بود. در سال 2010 مسجدی در این شهر که گفته می‌شد پاتوق توطئه‌گران این حمله بود، بسته شد چون گفته می‌شد هنوز محل رفت‌وآمد مسلمانان افراطی است.
آسیا و حوزه اقیانوس آرام
در این منطقه، اندونزی و فیلیپین پایگاه دو گروهی است که تصور می‌رود با القاعده ارتباط دارند. جماعت اسلامی، که پایگاهش در اندونزی است، مسئول بمبگذاری در یک کلوپ شبانه در بالی شناخته شده است. در این حمله که در سال 2002 صورت گرفت، بیش از 200 نفر کشته شدند. از دیگر حملات این گروه که به دهه 1980 بازمی‌گردد، حمله به مسیحیان و نیز صنعت گردشگری در شرق اندونزی است. دولت آمریکا می‌گوید گروه ابوسیاف که در جنوب فیلیپین مستقر است، با شبکه القاعده ارتباط دارد و برای باجگیری به چندین فقره آدم‌ربایی دست زده است. هدف اصلی این گروه تاسیس یک حکومت مستقل اسلامی در جزایر میندانائو و سولواست.
افغانستان و پاکستان
شبکه القاعده در بدو امر در سال 1988 در پیشاور پاکستان تاسیس شد. مناطق قبایلی شمال غرب این کشور که با افغانستان هم مرز است، همچنان خط مقدم جبهه در جنگ علیه پیکارجویان اسلامگراست. همکاری القاعده با طالبان سبب شد که قبل از حملات یازدهم سپتامبر در آمریکا، اسامه بن‌لادن بتواند در افغانستان اسکان یابد. در پی اشغال افغانستان توسط نیروهای آمریکا در سال 2001، اسامه بن‌لادن ناچار شد افغانستان را ترک کند. نیروهای آمریکایی نهایتاً در سال 2011 به مخفیگاه او در پاکستان رخنه کردند و او را کشتند. پس از آن ایمن الظواهری، که آخرین بار در اکتبر 2001 در افغانستان دیده شده بود، به عنوان رهبر جدید القاعده معرفی شد. در این میان آمریکا همچنان به حمله با هواپیماهای بدون سرنشین به نواحی مرزی شمال غرب پاکستان که با افغانستان هم‌مرز است، ادامه می‌دهد. این حملات علیه کسانی است که شک آن می‌رود از رهبران القاعده باشند و با تایید باراک اوباما رئیس‌جمهوری آمریکا صورت می‌گیرد. برخی از طرفداران این حملات می‌گویند این استراتژی موثر بوده و سبب حذف رهبران پیکارجویان از میدان نبرد شده است. متحدان القاعده در پاکستان از جمله لشکر جنگوی و لشکر طیبه، به مخفی شدن پیکارجویان رده بالای القاعده کمک کرده‌اند. شبکه حقانی و سایر گروه‌های طالبان پاکستانی و جنبش اسلامی ازبکستان نیز از متحدان القاعده هستند. این شبکه مانند القاعده پس از اشغال افغانستان توسط آمریکا به نواحی مرزی شمال غرب پاکستان نقل مکان کرد.
یمن
تاریخ دقیق شکل‌گیری القاعده در یمن دقیقاً مشخص نیست. اما پایه شکل‌گیری القاعده در یمن را می‌توان در ملحق شدن گروه‌های پیکارجوی یمنی با القاعده عربستان دانست. در 12 اکتبر 2000 در حمله‌ای انتحاری توسط یک قایق به ناو جنگی آمریکا در بندر شهر عدن، ناو جنگی مدل 67-USS Cole DDG نابود شد و 17 نظامی آمریکایی نیز کشته شدند. در سال 2009 و در حین درگیری‌های یمن کشورهای غربی و عربستان سعودی اعلام کرده‌اند که به دلیل درگیری ارتش یمن با شیعیان شورشی این کشور در شمال و سعودی‌های جدایی‌طلب در جنوب، القاعده می‌تواند با بهره‌برداری از این وضعیت دامنه عملیات خود را در یمن گسترش دهد. در 21 دسامبر 2009 عناصر القاعده در جریان یک تجمع ضد حکومتی در جنوب یمن به اهالی منطقه گفتند که آنان نه علیه ارتش یمن، که علیه آمریکا در جنگ هستند.
عراق
پس از پایان موفقیت‌آمیز جنگ عراق برای آمریکا و متحدانش، القاعده عراق تصمیم گرفت پرچم مبارزه با متجاوزان را برافرازد و به قول خود صلیبیون را از بلاد مسلمین بیرون راند. در مدت سال‌های پس از جنگ عراق، این گروه اقدام به حملات تروریستی متعددی علیه مردم عراق و نیروهای امنیتی عراق و نظامیان خارجی کرده که تلفات سنگینی به بار آورده است. این حملات بیشتر از اینکه نیروهای آمریکایی را مورد هدف قرار دهند، نیروهای عراقی و همچنین غیرنظامیان این کشور را به کام مرگ فرستاده است. از دیدگاه القاعده، هر کسی با دولت فعلی عراق یا نیروهای خارجی همکاری داشته باشد خائن است و مستحق مرگ. هدف نهایی القاعده در عراق، تاسیس امارت اسلامی در عراق به عنوان یکی از بلاد مسلمین است.