زماني كه تواناييهاي فني سازمان در نظر گرفته مي‌شود، اين مسئله روشن مي‌شود كه سازمان هيچ عمليات مشابهي در اين سطح و حجم و پيچيدگي فني انجام نداده است. در واقع، توان فني و عملياتي سازمان به اين اندازه نبود كه بتواند يك بمب كوچك و به اندازه يك كيف دستي، اما با قدرت انفجاري بسيار بالا طراحي كند.
بدون شك، بزرگ‌ترين ضربه ضدانقلاب به نظام اسلامي را مي‌توان حادثه انفجار دفتر حزب جمهوري اسلامي دانست كه در آن 72 نفر از چهره‌هاي مؤثر در انقلاب اسلامي به شهادت رسيدند كه در رأس آنان شهيد بزرگوار آيت‌الله محمدحسين بهشتي قرار داشت.
اين حادثه شش روز پس از عزل بني‌صدر از رياست‌جمهوري صورت گرفت. سه روز پيش از وقوع اين حادثه، محمدجواد قديري، عضو كادر مركزي سازمان مجاهدين خلق و طراح اصلي انفجار مسجد ابوذر كه در آن آيت‌الله خامنه‌اي، امام جمعه وقت تهران مورد سوءقصد قرار گرفت، به دوستان خود با اطمينان خبر داده بود «روز هفتم تير» كار يكسره خواهد شد.
درباره چگونگي عملياتي شدن اين اقدام تروريستي و اينكه منافقين چگونه توانستند اين اقدام را به ثمر برسانند؟ بحث‌هاي گوناگوني مطرح شده است. پيش از انفجار حزب جمهوري اسلامي هيچ گزارشي مبني بر توانايي سازمان منافقين در ساخت بمب‌هاي كوچك و قوي وجود نداشت. بيشتر عمليات‌هاي ترور آنها چه پيش از انقلاب و چه پس از آن به وسيله سلاح گرم، نارنجك دستي و بمب‌هاي دست‌ساز بود. با بررسي‌هاي دقيق‌تر حادثه تروريستي هفتم تير مشخص مي‌شود بمب استفاده شده با آنكه حجيم نبوده، اما قدرت تخريبي بالايي داشته و سقف كل سالن را پايين آورده است. از سوي ديگر، زماني كه تواناييهاي فني سازمان در نظر گرفته مي‌شود، اين مسئله روشن مي‌شود كه سازمان هيچ عمليات مشابهي در اين سطح و حجم و پيچيدگي فني انجام نداده است. در واقع، توان فني و عملياتي سازمان به اين اندازه نبود كه بتواند يك بمب كوچك و به اندازه يك كيف دستي، اما با قدرت انفجاري بسيار بالا طراحي كند.
برخي معتقدند، نمي‌توان همه مسئوليت حادثه را متوجه منافقين كرد و بايد در پشت پرده از عناصري رونمايي كرد كه به كمك سرويس‌هاي جاسوسي غربي و صهيونيستي، بمب را به داخل ايران منتقل كرده‌اند يا عوامل نظامي فني در كشور آن را ساخته‌اند. در واقع، در دو حادثه هفتم تير و هشتم شهريور سال 1360، مجريان عمليات از اعضاي سازمان مجاهدين خلق هستند؛ اما طراحي اين عمليات براي بمب‌گذاري از عهده آنها خارج بوده است. از سوي ديگر، هر دوي اين عملياتها يك نقطه اشتراك دارند و آن، استفاده از عناصر نفوذي است كه در ساختار حزب جمهوري اسلامي و سازمان امنيت كشور نفوذ كرده بودند. علل اين نفوذ هم به واكاوي و بررسي نياز دارد. با توجه به اين نكات، به احتمال بسيار زياد سرويس‌هاي جاسوسي غربي، آمريكا و رژيم صهيونيستي اين عمليات را طراحي كرده و بمب را ساخته بودند و به وسيله عوامل نفوذي سازمان مجاهدين جاگذاري شده بود. از سويي، كارشناسان معتقدند، يك بمب كوچك با اين حجم تخريب گسترده و وحشتناك، از نظر تكنيكي بسيار پيچيده بوده است. پس مي‌توان گفت، به طور حتم، آمريكا و رژيم صهيونيستي با فناوريهاي پيچيده آن روز اين بمب و نقشه عملياتي را طراحي كرده و در اختيار عامل نفوذي سازمان مجاهدين قرار دادهاند.
اما سعيد شاهسوندي، از اعضاي جدا شده منافقين در اين زمينه به موضوع دستيابي منافقين به تسليحات و مواد انفجاري در انبارهاي اسلحه رژيم سابق اذعان مي‌كند و مي‌گويد: «واقعيت اين است كه بعد از پيروزي انقلاب و فتح پادگان‌ها و مراكز لجستيكي نظام شاهنشاهي، بسياري از امكانات در اختيار بسياري نيروها و از همه مهم‌تر سازمان مجاهدين كه نيروي متشكلي بود، قرار گرفت و اينها هيچ كمبودي از لحاظ مواد انفجاري، اعم از نوع پلاستيك و نوع‌هاي پيشرفته آن نداشتند. پادگان‌ها پر از اسلحه و سلاح و مواد منفجره بود. من روزهاي اول انقلاب خودم شاهد بودم كه بسياري از اينها را از گوشه و كنار مي‌آوردند و همان بخش را كه گفتم بخش و هسته اوليه اطلاعات همان موقع يكي از مسئوليت‌هايش سازماندهي اين كارها و بسته‌بندي و جادادن آن در جاسازي‌هاي مختلف در گوشه و كنار شهر و حتي در كوه و بيابان بود.»
از اين رو فرضيه‌هاي گوناگوني در اين باب مطرح است و سازماندهي بودن انفجار و نفوذ تا قلب حزب جمهوري اسلامي اين ابهام را ايجاد كرده كه دستگاه‌هاي اطلاعاتي ديگر كشورها نيز در انجام عمليات و برنامه‌ريزي براي آن دست اندركار بودند.
يكي از مسائل عمده درباره مسئوليت انفجار تروريستي ساختمان حزب جمهوري اسلامي و شهادت شخصيت‌هاي برجسته، اين است كه منافقين هرگز به طور رسمي مسئوليت انفجار را برعهده نگرفتند. دليل اصلي آن نيز مي‌تواند فرار از پيامدهاي آن در كشورهاي غربي و آمريكايي باشد كه در صورت پذيرش اين مسئوليت وارد فهرست گروه‌هاي تروريستي مي‌شدند. با همه اينها در اين سال‌ها، از زبان سران سازمان، آنجا كه سازمان مجاهدين مي‌خواهد قدرت‌نمايي كند و نشان بدهد ما اين كار را كرده‌ايم، غيرمستقيم، اما صريح به اين عمل اعتراف مي‌كند. سعيد شاهسوندي، عضو سابق كميته مركزي سازمان مجاهدين مي‌گويد اين انفجار را سازمان مجاهدين خلق طراحي و اجرا كرده است و او و گروه ديگري كه در جريان انجام اين عمليات قرار داشته‌اند، در آن شب بي‌سيم سپاه را شنود مي‌كردند تا از ميزان موفقيت عمليات مطلع شوند.
پس از سقوط رژيم بعثي صدام در عراق، نوارهاي فيلم‌برداري شده از ملاقات‌ها و مذاكرات فوق سري رجوي با مقامات اطلاعاتي و امنيتي اين رژيم كشف و تعدادي از آنها در اروپا منتشر شد؛ از جمله متن مكتوب پنج ملاقات رجوي طي سال‌هاي 1991 تا 2001 ميلادي به همراه سي‌دي تصويري و صوتي آن در سال 1383 در قالب يك كتاب به ضميمه سي‌دي در لندن انتشار يافت. مسعود رجوي در يكي از اين ملاقات‌ها به صراحت درباره مسئوليت سازمان در انفجار هفتم تير سخن مي‌گويد. وي در ديدار با سپهبد «طاهر جليل حبوش» رئيس سازمان كل اطلاعات عراق در سال 1999 ميلادي (1378 شمسي) هنگام اشاره به سوابق و روابط قبلي با آمريكا و فرانسه چنين مي‌گويد: «همان‌گونه كه اطلاع داريد من در سال‌هاي 1981 تا 1986 در پاريس بودم، در آن سال‌ها... به ما تروريست نمي‌گفتند، هر چند كه كاخ سفيد و كاخ اليزه مي‌دانستند، با كاخ اليزه هم ارتباط داشتيم، مي‌دانستند كه چه كسي حزب جمهوري را در ايران منفجر كرد... آنها مي‌دانستند و خوب هم مي‌دانستند، ولي صفت تروريست هم به ما نزدند.»
گفتني است، ضبط تلويزيوني اين جلسه و ديگر مذاكرات رجوي و مقامات امنيتي رژيم بعث عراق به طور مخفيانه و از طريق سرويس اطلاعاتي عراق صورت پذيرفته است كه پس از تصرف آرشيوهاي فوق سري مراكز اطلاعاتي به دست گروهي از مردم و نيروهاي مبارز عراقي كشف شد. آن بخش از نوارهاي منتشره در لندن از طريق يك نماينده برجسته پارلمان اروپا به نام «بارونس اِما نيكلسون» از عراق خارج شده و در اختيار ناشران آن قرار گرفته است؛ از اين رو اين انحراف تاريخي از واقعه به صورت تعمدي صورت گرفته تا منافقين در كشورهاي غربي از تعقيب مصون بمانند.