هنوز دو سال از جنگ ايران و عراق نگذشته بود كه ارتش بعثي اين بار تجاوز جديدي را در مرزهاي كشور همسايه جنوبي خود آغاز كرد. عراق در 11 مرداد ماه 1369 (1990 م) به كويت حمله و اين كشور را اشغال كرد. عراق با اين حمله سبب بروز بحراني بينالمللي شد و اخطار شوراي امنيت را نپذيرفت. آمريكا در سال 1369 (1991) با ائتلافي از كشورهاي ديگر به كويت و سپس به عراق حمله كرد و ارتش عراق را از كويت بيرون راند.
دليل حمله عراق به كويت مشكل بدهي 30 ميليارد دلاري عراق به كويت و تلاش عراق براي بازسازي اقتصاد خود بود كه در جنگ با ايران نابود شده بود. عراق معتقد بود چون جنگ ايران و عراق به سود كشورهاي عرب حوزه خليجفارس بوده است، دولتهاي عربي بايد بدهي 30 ميليارد دلاري عراق را ببخشند؛ اما كويت زير بار نرفت و تشنج با كويت بروز كرد. از جنگ «خليجفارس» به عنوان جنگ اول خليجفارس و از عمليات حمله آمريكا به عراق نيز با عنوان «طوفان صحرا» ياد شده است.
اين رخداد مهم بينالمللي در آغاز به كار دولت سازندگي، بر تحولات و جناحبنديهاي سياسي داخلي كشور نيز تأثيرگذار بود و با تحليلهاي متفاوت نيروهاي سياسي كشور مواجه شد. جريان دولت به رهبري مرحوم هاشميرفسنجاني، كنار ماندن از مناقشات منطقه و حفظ موضع مستقل جمهوري اسلامي را ميپسنديد و اين موضع، به تدريج به سياست رسمي نظام در مقابل آمريكا و عراق مبدل شد. مطابق اين سياست، عراق بايد از كويت عقب مينشست و آمريكا نيز منطقه را ترك ميكرد و جمهوري اسلامي به صورت همزمان تجاوزطلبي هر دو دولت را محكوم كرده و از گسترش جنگ به ايران جلوگيري ميكرد. در آن شرايط، طبعاً تضعيف عراق به سود ايران بود؛ ولي از سوي ديگر تثبيت حضور آمريكا در منطقه به زيان ما بود و همين امر كار را دشوار ميكرد. اختلاف تحليل ميان نيروهاي درون انقلاب هم در واقع به دليل در پيش گرفتن يكي از اين سه روش بود:
1ـ همراهي با عراق عليه آمريكا؛ 2ـ همراهي با نيروهاي متحد عليه عراق؛ 3ـ اعلام بيطرفي و كوبيدن هر دو طرف و تلاش براي پايان دادن به جنگ.
در آن شرايط، مسئولان كشور و شوراي عالي امنيت ملي، سياست سوم را برگزيده بودند و سياست جانبداري از آمريكا هم طرفداران چنداني نداشت؛ اما گروهي از نيروهاي سياسي درون انقلاب از جمله جمعي از نمايندگان مجلس سوم، مانند آقايان محتشمي و خلخالي به دولت توصيه ميكردند سياست اول را برگزيند و با عراق عليه آمريكا متحد شود. عمده استدلال اين افراد، به طرحهاي دراز مدت آمريكا براي منطقه برميگشت كه از جمله آن، مهار دوجانبه ايران و عراق بود. به گمان اين افراد، پس از شكست عراق نوبت حمله به ايران است؛ بنابراين بايد در حمايت از عراق وارد عمل شويم و از سقوط منطقه در دام آمريكا جلوگيري كنيم. بر اساس همين تحليلها، محتشمي در نطق پيش از دستور مجلس سياستهاي دولت را نقد كرد و خواستار كمك ايران به دولت عراق شد. وي در اين سخنان صدام را به «خالدبنوليد» تشبيه كرد كه در ابتدا از سرداران مشركين مكه بود و عليه اسلام جنگيد؛ اما بعدها مسلمان و يكي از سرداران سپاه اسلام شد. اين موضع محتشمي و دوستان وي با انتقاد تند مخالفان مواجه شد و عناصر طيف موسوم به راست، معترض بودند كه چرا نيروهاي طيف موسوم به چپ به دليل مخالفت با سياستهاي دولت، چنين پيشنهادهاي زيانباري را مطرح ميكنند و براي نظرات خود آن گونه دليل ميتراشند.
بايد پذيرفت اين ديدگاه، يعني همكاري با صدام و به صحنه آوردن همه آبرو و حيثيت انقلاب اسلامي و فداكردن آن در پاي تجاوزطلبي عراق، ديدگاهي غلط بود و سياست جمهوري اسلامي در مجموع تدبيري سنجيده محسوب ميشد؛ اما بايد تأكيد كرد كه تنها نيروهاي موسوم به طيف چپ نبودند كه اين پيشنهادها را مطرح كرده بودند، بلكه افرادي از جناح راست هم در آن شرايط تحت تأثير شعارهاي ضد آمريكايي و ضد اسرائيلي دولت عراق قرار گرفته و از مسئولان دولت ايران ميخواستند در كنار عراق قرار بگيرند. يكي از اين افراد مرحوم حائريشيرازي، امام جمعه شيراز بود كه به ظاهر از محتشمي هم سبقت گرفته و صدام را «حر» ناميده بود.
مرحوم آيتالله مشكيني نيز در عباراتي در تاريخ 8/6/1369 چنين گفت: «اگر چه صدام خون تعداد زيادي از جوانان ما را ريخته و خسارات بسياري به كشور ما وارد ساخته است؛ اما اگر روزي آمريكا به عراق حمله نظامي بكند من آمادهام اسلحه به دست گرفته و در كنار عراق بر عليه آمريكا بجنگم.»
همچنين مرحوم حجتالاسلام والمسلمين سيداحمد خميني در چنين شرايطي ابراز داشت: «امروز منطقه با مصيبت بزرگ حضور آمريكا در منطقه مواجه است. شما نبايد مواضع امام را عليه آمريكا از ياد ببريد. مواضع امام در مقابل آمريكا بسيار محكم و روشن بود. اگر ديروز دشمن شما صدام به دشمن ديگر شما كويت حمله كرده است، دشمن اصلي شما آمريكا براي دفاع از قارون وارد منطقه شده است.» (30/5/1369)
سرانجام جلسه شوراي عالي امنيت ملي در تاريخ 29/10/1369 در حضور رهبر معظم انقلاب اسلامي تشكيل شد و در آن، سياست جمهوري اسلامي ايران مبني بر بيطرفي در درگيري، مورد تأييد قرار گرفت. اين تصميم فصلالخطاب اختلاف نظرها بود.
رهبر معظم انقلاب اسلامي در 4 بهمن ماه همان سال، در ديدار با مجمع طلاب و فضلاي حوزه علميه قم در تبيين موضع نظام چنين فرمودند: «اين موضعي كه مسئولان جمهوري اسلامي اعلام كردهاند، صددرصد اسلامي و انقلابي است؛ چون نفي تجاوزطلبي و تقبيح حوادثي است كه عليه مردم اتفاق افتاده است... دو اردوگاه و دو جناحند كه به خاطر اهداف غلط و غيرالهي و نامقدسـ از نظر ما و از نظر همه انسانهاي واقعبينـ با هم ميجنگند. جمهوري اسلامي، هر دو جناح را رد ميكند؛ چون در هر دو طرف، انگيزهها مادي است و به همين دليل هم با يكديگر تعارض پيدا كردهاند. آنها به دليل مادّي بودن، با هم تعارض پيدا كردهاند. اينطور نيست كه يكي الهي و يكي هم مادي است. جنگ اسلام و كفر نيست. اين، موضع ملت ايران ماست.»
در 6 بهمن ماه نيز حدود 200 نفر از نمايندگان مجلس شوراي اسلامي طي نامهاي به محضر رهبر معظم انقلاب، از اظهارات حكيمانه و هدايتگر اخير معظمله قدرداني و تأكيد كردند، مانند سربازاني فداكار گوش به فرمان رهبر معظم انقلاب اسلامي بوده و خواهند بود.