انتخابات دور دوم مجلس خبرگان رهبری که در سال 1369 برگزار شد، سرآغاز دور جدیدی از مناقشات جدی دو جریان چپ و راست در کشور بود. فضای تنش‌زای ایجاد شده در انتخابات مجلس خبرگان، صف‌آرایی دو جناح در انتخابات چهارم مجلس شورای اسلامی را که حدود 18 ماه بعد برگزار می‌شد، کلید زد.
نحوه برخورد شورای نگهبان با انتخابات مجلس خبرگان و حذف عملی تعدادی از نامزدهای نمایندگی مجلس خبرگان دوم سبب شد طیف موسوم به چپ در مجلس سوم، نگران نحوه برگزاری انتخابات مجلس چهارم شود. دقیقاً به همین دلیل تحركی را آغاز كرد تا از ابهام موجود در قانون انتخابات مجلس شورای اسلامی بكاهد و راه تفسیرهای شخصی از قانون را مسدود کند.
بر همین أساس، در تاریخ 8/8/۱۳۶۹ طرحی با امضای 20 نفر از نمایندگان تقدیم مجلس شورای اسلامی شد و كلیات آن در جلسه علنی روز 19/10/۱۳۶۹ به تصویب رسید. مطابق این طرح، قید «التزام عملی به اسلام» و نیز «التزام عملی به نظام جمهوری اسلامی ایران» از شرایط انتخاب‌شوندگان (ماده 30 قانون انتخابات مجلس شورای اسلامی مصوب 9/11/۱۳۶۲) حذف شده و افراد فقط با ارتكاب جرایم اثبات شده از طریق مراجع قانونی، از انتخاب شدن محروم می‌شدند.
به دنبال تصویب كلیات این طرح در مجلس شورای اسلامی، اعتراضات طیف موسوم به راست آغاز شد. در رأس اعتراض‌كنندگان، «جامعه مدرسین حوزه علمیه قم» قرار داشت كه با نگارش نامه‌ای تند و صریح به رئیس مجلس سوم که «مهدی کروبی» بود، خواستار جلوگیری از تصویب این طرح شد.
در نامه جامعه مدرسین که به امضای «آیت‌الله‌العظمی محمدفاضل لنکرانی» رسید، آمده است: «... اطلاع یافتیم كه عده‌ای از نمایندگان مجلس شورای اسلامی طرحی برای اصلاح مواد قانون انتخابات مجلس شورای اسلامی به آن مجلس محترم تقدیم نمودند و فكر نمی‌شد كه مجلس شورای اسلامی با این طرح برخوردی مثبت داشته باشد، زیرا مجلس به قول امام راحل عصاره فضایل ملت است... مردم شهیدپروری كه هرگز انتظار نداشته و ندارند كه عده معدودی از نمایندگان كه خوف از دست دادن این سنگر مقدس را داشته، نمایندگی خود را با خراب كردن مجلس و هموار كردن راه آن برای ورود لیبرال‌ها و مقدم مراغه‌ای‌ها و بنی‌صدرها و متجاهرین به فسق و ضد ولایت فقیه‌ها تضمین نمایند.» (رسالت، 8/12/۱۳۶۹)
به هنگام انتشار این نامه در روزنامه «رسالت»، مهدی كروبی، رئیس مجلس شورای اسلامی در مسافرت پاكستان به سر می‌برد؛ ولی پس از بازگشت به ایران جوابیه‌ای را در تاریخ 18/12/۱۳۶۹ تنظیم کرد و در اختیار رسانه‌ها قرار داد كه برخی از روزنامه‌ها آن را منتشر کردند. رئیس مجلس در این جوابیه افزون بر ارائه توضیح دربارة ماهیت طرح پیشنهادی نمایندگان، انتقادهایی تند را علیه جامعه مدرسین بیان كرد و یادآور شد، برخی از آنها در حیات امام راحل با مواضع ایشان مخالفت می‌كردند. وی می‌نویسد: «قید (التزام عملی به اسلام و نظام جمهوری اسلامی) حذف نگردیده؛ بلكه با آوردن عبارتی روشن‌تر تلاش شده كه جلوی سوءاستفاده از آن گرفته شود... هدف اصلی این طرح، رفع نارسایی‌هایی است كه در عمل به اثبات رسیده است، چنانكه در دوران حیات با بركت حضرت امام(س) دیدیم كه به بهانه «عدم التزام عملی...» خواستند برخی از افراد صلاحیت‌دار و متعهد را كنار بگذارند كه با عكس‌العمل حضرت امام مواجه شدند و عقب‌نشینی كردند. البته برخی از افراد وفادار به انقلاب اسلامی و پایبند به اسلام را نیز حذف كردند و عناصری را نیز كه فی‌الواقع واجد صلاحیت نبودند، تأیید كردند. در دوره دوم انتخابات مجلس خبرگان نیز دیدیم كه با تشبث به قید «التزام عملی...» چگونه برخی از شخصیت‌های علمی و متعهد را كه در امتحان نیز توفیق حاصل نموده بودند، كنار گذاشتند و در برابر افراد وابسته به باند و جناح خاصی كه صلاحیت لازم را نداشتند، مورد تأیید قرار دادند.»
در مقابل باز هم جامعه مدرسین نامه‌ای خطاب به رئیس مجلس نوشت و بر مواضع خود تأکید کرد و در نقد نگاه مجلس به شرایط کاندیداها نوشت: «جناب‌عالی نیز مانند هر منصفی تصدیق خواهید کرد که هرگاه شخصی فاسد و متجاهر به فسق باشد و حتی اقدام عملی علیه جمهوری اسلامی هم داشته باشد؛ ولی هنوز به چنگ قانون عدل اسلامی و دادگاه‌های صالحه نیفتاده باشد، مطابق طرح فوق واجد شرایط نمایندگی است و می‌تواند به مجلس راه یابد چه رسد به کسانی که صرفاً لیبرال و بی‌تفاوتند!؟» (رسالت، 27/12/۱۳۶۹)
بحث مخالفت و موافقت با طرح پیشنهادی نمایندگان مجلس تنها در حد نامه‌نگاری جامعه مدرسین و رئیس مجلس باقی نماند؛ بلكه به نطق‌های قبل از دستور نمایندگان، نمازهای جمعه و محافل مطبوعاتی هم سرایت كرد. یكی از موضع‌گیری‌های تند و حاد علیه نمایندگان مجلس، از سوی «آیت‌الله احمد آذری‌قمی» در سخنرانی قبل از خطبه‌های نماز جمعه تهران (9/1/۱۳۷۰) صورت گرفت. وی در این سخنرانی با اشاره به نامه جامعه مدرسین به رئیس مجلس اعلام كرد: «چون امام به طلاب فرمودند اسلام ناب محمدی را از جامعه مدرسین حوزه علمیه قم یاد بگیرند، بنابراین نمایندگان مجلس باید تسلیم نظرات جامعه مدرسین شوند و هركس در این تشخیص‌ها با جامعه مدرسین مخالفت كند، با امام امت مخالفت كرده است.» وی همچنین افزود: «آن 26 نفر كه پیشنهاد كردند التزام عملی به اسلام حذف شود، و بعد از پیشنهاد جامعه مدرسین و تذكر بازاری‌ها از طرح خود دفاع كردند، نباید ملت آنها را انتخاب كند و این كار گناه است و جرم است.»