فضای بسته سیاسی و اختناق در دوران پهلوی همه فضای کشور را گرفته بود؛ اما با وجود این شاه و دربار به دنبال ارائه تصویر آزادی‌خواه و طرفدار فضای باز سیاسی از خود بودند؛ بر همین اساس شخص شاه و دستگاه‌های اطلاعاتی و امنیتی که از نفوذ کلام و پیام‌های امام خمینی(ره) در تبعید وحشت داشتند و در خفا هدف خود را خفه کردن صدای نجف قرار داده بودند، تصمیم گرفتند دیگر افراد مبارز و انقلابی را دستگیر نکنند؛ بلکه از طرق مختلف به قتل برسانند و به این ترتیب، ساواک، آقا مصطفی فرزند ارشد امام خمینی(ره) را با هدف وارد کردن ضربه سنگین روحی‌ـ روانی به امام و حوزه علمیه، به شهادت رساندند تا شاید امام راحل از مبارزه و فعالیت‌های سیاسی دست بردارند و سکوت کنند، اما برخلاف محاسبات رژیم پهلوی همین که این واقعه رخ داد و خبر قتل یا شهادت فرزند امام خمینی(ره) منتشر شد، طوفانی در ایران برپا شد و به معنای واقعی کلمه فضای جدید سیاسی رقم خورد. در آن زمان موج تحول در روحیه و رفتار عموم مردم دیده می‌شد، برای نمونه هنگامی که مراسم ختم او در قم، تهران و دیگر شهرها برگزار شد، مردم از همه اقشار حضور فعال پیدا کردند رژیم پهلوی نیز کنترل اوضاع را از دست داده بود.
مرحوم شهید حاج‌آقا مصطفی عزیز ملت ایران بود. او که در سال ۱۳۰۹ وارد شهر قم شده بود دوره تخصصی خارج اصول و فقه را گذراند و از محضر علمایی، چون آیات اعظام، بجنوردی، بروجردی محقق داماد، امام خمینی(ره)، شاهرودی، خوئی، محمدباقر زنجانی و سیدمحسن حکیم بهره برد. در حقیقت سیدمصطفی در ۳۰ سالگی جامع معقول و منقول بود.
آقا مصطفی در طول دوران مبارزه یار و یاور امام خمینی(ره) بود و در ارتباط با علما و دیگر مراجع تقلید ایفای نقش می‌کرد. یکی از نقش‌آفرینی‌های سیدمصطفی را می‌توان به دستگیری امام خمینی(ره) در صبح ۱۵ خرداد ۱۳۴۲ دانست وقتی عوامل رژیم شاه امام(ره) را دستگیر کردند و به تهران منتقل و زندانی شد، او بر بالای بام فریاد زد: «مردم آقای خمینی را بردند» و به این ترتیب مردم را مطلع کرد؛ لذا دسته‌دسته و گروه‌‌گروه از مردم به طرف بیت امام به حرکت درآمدند و این جمعیت نگران به حرم حضرت معصومه(ص) پناه بردند و با سخنرانی این شهید بزرگوار هم‌صدایی کردند و فریاد «یا مرگ یا خمینی» در فضای شهر قم طنین‌انداز شد در ادامه این جریان به تهران و سایر شهرها منتقل شد و در نهایت به قیام خونین ۱۵ خرداد انجامید.
سیدمصطفی خمینی هرگز اجازه نداد امور مربوط به امام تعطیل شود تا حدی که در اسناد ساواک گزارش شده است «پسر آیت‌اللّه خمینی که معمم است، به جای وی نشسته و دستورات او را به مورد اجرا می‌گذارد و اعلامیه‌هایی تهیه و برای روحانیون می‌فرستد.»
نکته مهم درباره این شهید بزرگوار این است که وی در دوره حیات خود همواره شکننده سکوت و اختناق بود و پس از شهادت هم همواره این نقش اثرگذار جاری و ساری شده و وقتی خبر شهادت و مراسم‌های ختم منتشر شد، به مثابه اولین جرقه انقلاب فضای سکوت و اختناق حاکم را شکست و تداوم‌بخش نهضت خونین ۱۵ خرداد ۱۳۴۲ شد و جنبش خونین طلاب قم در ۱۹ دی را به دنبال داشت و در ادامه چهلمین روز آن قیام خونین مردم تبریز و بعد ۱۰ فروردین ۵۷ قیام مردم یزد رقم خورد؛ یادش گرامی باد.