ششمین انتخابات ریاست‌جمهوری، در 21 خرداد 1372 برگزار شد و طی آن آقای هاشمی‌رفسنجانی از 16/7 میلیون رأی مأخوذه، 10/5 میلیون رأی را به خود اختصاص داد. احمد توكلی، عبداللّه جاسبی و احمد طاهری، نامزدهای مطرح این دور از انتخابات ریاست‌جمهوری بودند که شورای نگهبان از میان 127 نفر نامزد، آنها را احراز صلاحیت کرده بود.
هرچند به نظر بسیاری از کار‌شناسان جاسبی و طاهری برای داغ کردن تنور انتخابات وارد میدان شده بودند و در حقیقت هم‌سویی آشکاری با سیاست‌های مورد نظر دولت وقت داشتند، اما احمد توکلی به تنهایی در مقابل سیاست‌های اقتصادی دولت حاضر شده بود.
توکلی درباره حضورش در انتخابات می‌گوید: «من معتقد بودم که رقابت‌ها در انتخابات ریاست‌جمهوری به سمت واقعی شدن پیش برود بنابرأین به سراغ دو نفر از افرادی که معتقد بودم احتمال دارد با آقای هاشمی رقابت کنند، رفتم. بنابراین با آقای جواد لاریجانی و مرحوم پرورش ملاقات کردم. اول به سراغ آقای پرورش رفتم و سپس با آقای لاریجانی ملاقات کردم و هر دو بزرگوار ضمن تأیید نگرش و باور من در خصوص رقابتی شدن انتخابات ریاست‌جمهوری حاضر نشدند که با آقای هاشمی به رقابت بپردازند... روزهای آخر نام‌نویسی برای انتخابات بود که من پس از مشورت با برخی از بزرگان تصمیم گرفتم که خودم با آقای هاشمی رقابت کنم؛ ساعت 2 بعدازظهر به وزارت کشور رفتم، نام‌نویسی کردم و رقابت شروع شد.»
دکتر احمد توکلی که روزگاری در کابینه دولت میرحسین موسوی در سِمت وزیر کار حضور داشت و بعدها به دلیل اختلافات فکری در حوزه اقتصاد از آن کابینه چپ‌گرا جدا شد، این‌بار در نقد عملکرد اقتصادی دولت راست‌گرای آقای هاشمی وارد عرصه رقابت شد و توانست آرای آن بخش از جامعه را به خود جلب کند که در سایه سیاست‌های تعدیل اقتصادی وضعیت مناسب معیشتی نداشته و از محرومیت رنج می‌بردند.
وی در نطق‌هایش بر بی‌عدالتی اقتصادی و اجتماعی، ناکارآمدی سیاست‌ها و مدیریت‌ها، امتیازطلبی و تجمل‌گرایی مقامات دولت و کم‌اعتنایی آنان به مشارکت سیاسی مردم، سیاست‌های ایدئولوژی‌زدایی و رفاه‌طلبی تمرکز داشت و فهرست بلندی را که به عنوان سوء تدبیرها و سوء رفتارهای دولت پنجم در نظر داشت، به چالش کشید.
جناح چپ در این انتخابات غایب بود و هیچ یک از اعضای آن در انتخابات نامزد نشدند و ترجیح دادند نظاره‌گر باشند تا اینکه بخواهند به عنوان منتقد دولت هاشمی با رقیبی رقابت کنند که پیشاپیش پیروزی آن در انتخابات پیش‌بینی می‌شد. در همین ارتباط «بهزاد نبوی» از اعضای ارشد شورای مرکزی سازمان مجاهدین انقلاب در اظهارنظری این انتخابات را «تشریفاتی» خواند و برد هاشمی را مسجل پیش‌بینی کرد.
در میان جامعه روحانیت مبارز تهران که هاشمی از اعضای شاخص شورای مرکزی‌اش بود، از هاشمی حمایت کرد و جامعه مدرسین حوزه علمیه قم اعلام کرد، همچنان هاشمی را ارجح می‌داند. در بیانیه جامعه مدرسین آمده است: «جامعه مدرسین حوزه علمیه قم پس از شور و مشورت، به این نتیجه رسیده است كه شایسته است سكان دستگاه اجرایی كشور، چهار سال دیگر به دست مردی باشد كه امین امام راحل(ره) و مورد عنایت و پشتیبانی مقام معظم رهبری است. شخصیت حجت‌الاسلام والمسلمین هاشمی‌رفسنجانی امروز به عنوان یك سیاستمدار با كفایت، باهوش و با تدبیر در جهان سیاست بر كسی پوشیده نیست. كارنامه چهار ساله ایشان نشان می‌دهد توفیقات دولت و نظام، در آینده استمرار خواهد یافت و مشكلات به خواست خداوند برطرف خواهد شد. مردم عزیز و شهیدپرور ایران با نوشتن نام او در برگه‌های رأی در روز 21 خرداد ماه آینده برگ زرین دیگری از تاریخ پرافتخار ایران اسلامی را رقم خواهند زد.» (27/2/1372)
حتی روزنامه «رسالت» که زمانی احمد توکلی، سردبیر آن بود و از بنیانگذارانش به حساب می‌آمد، از هاشمی حمایت کرد و حبیب‌اللّه عسگراولادی، دبیرکل جمعیت مؤتلفه اسلامی با سابقه‌ترین تشکل جریان محافظه‌کار نیز حمایت حزب متبوعش از هاشمی را اعلام کرد.
در این انتخابات در مجموع ۳۳ میلیون و ۱۵۶ هزار و ۵۵ نفر از ایرانیان واجد شرایط شرکت در این انتخابات بودند. در این میان، احمد توکلی 4 میلیون و 26 هزار و 879 رأی، رجبعلی طاهری 114 هزار و 776 رأی و عبداللّه جاسبی 89 هزار و 280 رأی کسب کردند.
آرا در مقایسه با آرای دوره اول انتخاب آقای هاشمی در سال 1368، یعنی ۱۵ و نیم میلیون رأی، کاهش معناداری را نشان می‌داد. علاوه بر این، مشارکت بسیار پایین ۵۰ درصدی مردم در هیچ یک از انتخابات مشابه پس از پیروزی انقلاب در ایران سابقه نداشت و بعدها هم تکرار نشد. جناح چپ، سیاست‌های اقتصادی دولت، به ویژه سیاست تعدیل و حذف تدریجی یارانه‌ها را عامل کاهش ۲۵ درصدی آرای هاشمی‌رفسنجانی ذکر کرد، در حالی که جناح راست، نارضایتی مردم از حضور تعدادی از وزرا در کابینه را که تفکرات متفاوتی با جناح راست و شخص رئیس‌جمهور داشتند، علت اصلی این امر می‌دانست.
نکته قابل ملاحظه آنکه آقای هاشمی و اطرافیانش به هیچ وجه گمان نمی کردند چنین نتایجی در انتخابات حاصل شود و هاشمی را پیروزی انتخابات با رأیی قاطع می دانستند! در این راستا علی لاریجانی در خاطرات خود می‌نویسد: «یادم هست وقتی بحث ریاست‌جمهوری در ماه‌ها پیش مطرح بود، روزی قبل از اینکه دولت تشکیل شود، با آقای هاشمی صحبت کردم که امروز آقای توکلی پیش من آمده و مصمم شده که در انتخابات شرکت کند. به آقای هاشمی گفتم ورود احمد توکلی رأی شما را کم خواهد کرد. آقای هاشمی پرسیدند مثلاً چقدر رأی می‌آورد. گفتم دو یا سه میلیون رأی دارد، خندیدند و گفتند ۲۰۰، ۳۰۰ هزار رأی هم ندارد!... قبل از انتخابات ریاست‌جمهوری که طرحی در مورد ساماندهی افکار عمومی در مورد انتخابات را در دولت به عنوان وزیر فرهنگ مطرح کردم، نقد و بررسی زیادی شد. سخن آقای غرضی (وزیر پست، تلگراف و تلفن) از همه جالب‌تر بود که گفتند آقای هاشمی احتیاج به طرح ندارد، همین الآن حدود ۱۸ میلیون رأی مربوط به شماست، یک قدری کار کنیم، ۲۰ میلیون رأی می‌شود!»