نقل‌های تاریخی از اختلاف مسلمانان صدر اسلام تا زمان عثمان بر سر نحوه قرائت برخی آیات قرآن حکایت می‌کند. شیعه، اهل سنت و مستشرقان، تاریخ‌ها و نقل‌های متفاوتی دارند. شیعیان تاریخ جمع‌آوری قرآن را طبق استدلال‌ها و شواهد مسلم و متقن به زمان حیات رسول‌اللّه(ص) مربوط می‌دانند. یکی از این استدلال‌ها حدیث شریف ثقلین و حدیثی است که در آن امیرالمؤمنین(ع) می‌فرماید: آیه‌اى بر پیامبر خدا(ص) نازل نشد، مگر آنكه آن حضرت آیه را به من آموخت و آن را به خط خودم نوشتم.(اسرار آل‌محمد، سلیم‌بن‌قیس، ۹۶)؛ همچنین على(ع) بعد از پیامبر(ص) سوگند یاد كرد تا قرآن را در مصحفى جمع‌آورى نكند و از خانه بیرون نیاید.(المصاحف، عبدالله‌سجستانى، ص۱۰ و الفهرست، ابن‌ندیم، ص ۴۷)؛ شیعیان می‌گویند از همان نخستین روزهاى اسلام، آیات قرآن نگاشته شده و هیچ آیه‌اى از دست نرفته است؛ اما اهل سنت و مستشرقان با برخی نقل‌های تاریخی، خواسته یا ناخواسته نقص قرآن را ثابت می‌کنند؛ در حالی‌که خداوند مى‌فرماید: «إِنَّا نَحْنُ نَزلنَا الذِّكْرَ وَإِنَّا لَهُ لَحَافِظُونَ»(حجر/ ۹)؛ این اختلافات در چند مورد است؛ زمان جمع‌آوری و نگارش قرآن، زمان جمع‌آوری صحف که هر قومی قرآنی را با لهجه خود در دست داشت و اختلاف بر سر قرائت یا تصریف.
نظرات اهل سنت
نقل «زیدبن ثابت» در بیشتر احادیث اهل سنت، كه از جمع‌آورى متون قرآن پس از رحلت پیامبر(ص) یا نسبت دادن این عمل به سه خلیفه می‌گوید، وجود دارد و متأسفانه در همه این روایات بر دو نكته تأكید مى‌شود: كوتاهى پیامبر(ص) در گردآورى و تدوین قرآن و القاى این اندیشه كه قرآن به دلیل جمع‌آورى نشدن از سوی پیامبر(ص) ناقص است. «زیدبن ثابت» می‌گوید: «به دنبال كشته شدن عده‌اى از قاریان قرآن در نبرد یمامه، ابوبكر مرا به نزد خود فراخواند و گفت: بیم آن دارم كه در سایر جنگ‌ها این حاملان وحى كشته شوند و قرآن از میان برود. صلاح را در آن مى‌بینم قرآن گردآورى شود.» زید می‌گوید ابوبكر گفته «...چگونه كارى را انجام دهیم كه پیامبر(ص) هرگز انجام نداده است(!)....» در ادامه این نقل، زید می‌گوید: «پس به پا خاستم و قرآن را از شاخه‌هاى خرما و سنگ‌هاى سپید و سینه‌هاى مردم گرد آوردم.» می‌گویند مصحفى كه زید بدین طریق فراهم کرد، نزد ابوبكر بود تا اینكه با درگذشت او، به عمر رسید و از او به دخترش حفصه منتقل شد و بعدها از بین رفت.»(ابن حجر، فتح‌الباری، ج ۹، ص ۹)؛ درحالی که با توجه به تحریف قرآن در صورت تدوین نشدن، آن تأكید پیامبر(ص) بر حفظ و صیانت قرآن و اخلاص پیامبر(ص) نسبت به آن، این یقین به وجود می‌آید كه قرآن‌كریم در زمان رسول خدا(ص) نگاشته، جمع‌آورى و تدوین شده است.(سیدمحمدباقر حكیم، علوم‌القرآن، ص ۱۰۴). همچنین اشکالات فراوانی در نقل منتسب به زید وجود دارد که صحت نداشتن آن را بیان می‌کند. به عبارت دیگر برخی عامدانه قصد دارند نگارش قرآن را به خود نسبت دهند و بدین جهت از نقل‌های «زیدبن‌ثابت» سند می‌آورند و خطاهای آن را نمی‌بینند.
نظرات مستشرقان
در برخی نقل‌ها و بیان برخی مستشرقان آمده پیامبر(ص) به واسطه اینکه همیشه منتظر فرشته وحی و نزول آیه جدید بود، به جمع‌آوری قرآن اقدام نکرده و در واقع فراموش می‌کرده است؛ در حالی‌که این خطر وجود داشت که آیات قرآن فراموش یا مفقود شود.(نولدكه، تئودور، Geschichte des Qurans، این دسته از نقل‌ها نیز محلی از اعراب ندارد. 1ـ خداوند خود حافظ قرآن است. 2ـ پیامبر(ص) به شدت فراموش کردن آیات قرآن را نهی فرموده است. عبداللّه‌بن مسعود نقل مى‌كند که پیامبر(ص) فرمودند: «چقدر بد است براى شخصى از شما كه بگوید فلان آیه را فراموش كردم، قرآن را به خاطر بسپارید و مرتب در خاطر خود حاضر كنید.»(حقائق هامه،جعفرمرتضى‌عاملى، ص ۳۷۶ـ۳۷۵). 3ـ به محض نزول آیات رسول خدا جای آن را تعیین و دستور می‌داد مکتوب شود. رسول خدا(ص) پس از نزول هر قسمت از قرآن، آن را به کاتبان وحی املا می‌کردند و بر اقراء و تعلیم آن به مسلمانان اهتمام می‌ورزیدند. بر پایه نظام تعلیم و تعلم قرآن در سیره نبوی، باید هر مسلمانی پس از فراگیری شفاهی هر مقدار از قرآن و تثبیت آن در قلب، آن را كتابت كند و در مصحفی گرد آورد و از آن پس بر تلاوت و قرائت خویش با نگاه به متن مكتوب قرآن(مصحف) مداومت و تعاهد داشته باشد. (بیهقی، شعب‌الایمان، ج۲، ص ۴۰۸)
نسخه قرآن فعلی
در زمان عثمان که مرزهای اسلام گسترش یافته بود، اختلاف اقراء بالا گرفت. عثمان پس از مشورت با کبار صحابه از جمله امیرالمؤمنین(ع)، کارگروهی از معلمان و کاتبان وحی تشکیل داد. ایشان قرآن را به نظم و ترتیب اعلام شده از سوی پیامبر(ص) جمع‌آوری و صحیفه‌های گوناگون را یک‌نواخت و یکسان کردند. عثمان این نسخه را به شهرهای اسلامی فرستاد تا ملاک قرار گیرد و غیر آن را جمع‌آوری کرد.
فراتر از متن
«عبدالله‌بن‌مسعود»، «حذیفه» و «ابوموسی» بر بام خانه ابوموسی نشسته بودند. بین عبدالله و حذیفه در مورد تفاوت قرائت‌ها(تصریف آیات) جدالی در گرفت که تو و ابوموسی معلم کوفیون و بصریون بودید و مردم از شما قرائت را فراگرفتند؛ یعنی شما سبب اختلاف شدید. عبدالله با تندی گفت: در این صورت من آنها را گمراه نکردم. آیه‌ای در قرآن نیست، مگر آنکه می‌دانم کجا و در چه موردی نازل شده.(کتاب‌المصحف، ابن‌ابی‌داوود، ص ۱۴) این سخن ابن مسعود که به اسباب نزول و شرایط نزول اشاره دارد، نشان می‌دهد با چیزی بیش از متن قرآن روبه‌رو بودیم که به طور مستقیم بر احکام قرآن اثر دارد.(نگاهی به قرآن، جان‌بُرتن، حسن‌رضایی، ص ۱۵)
قرآن کامل
در روایات آمده پس از آنکه حضرت علی(ع) قرآن را به طور کامل با حواشی و تفاسیر جمع‌آوری کرد، آن را به مسجد آورد و گفت: «پیامبر اسلام(ص) فرمودند: من چیزی را در بین شما باقی می‌گذارم که اگر به آن تمسک کنید، هرگز گمراه نخواهید شد؛ کتاب خدا و عترتم. این است کتاب خدا و من عترت. در این هنگام یکی از صحابه گفت: اگر قرآن پیش توست، همانند آن نیز پیش ماست، نیازی به تو و قرآن تو نداریم.»(التمهید، معرفت، ص ۳۳۶)