علی مطهری به عنوان طراح استیضاح وزیر کشور در مجلس شورای اسلامی علت به تأخیر افتادن طرح استیضاح رحمانی‌فضلی را مخالفت رهبر معظم انقلاب اعلام کرده و از قول هیئت رئیسه مجلس به خبرنگار «ایلنا» گفته است: «هیئت رئیسه می‌گوید مقام رهبری با استیضاح مخالفند، لذا آن را اعلام وصول نمی‌کنیم. احتمالاً مخالفت ایشان به خاطر در پیش بودن انتخابات مجلس است.»
این ادعا در حالی بیان می‌شود که:
۱ـ اسدالله عباسی، سخنگوی هیئت رئیسه مجلس شورای اسلامی، این ادعا را تکذیب کرده و علت عدم اعلام وصول طرح استیضاح را کاهش تعداد امضاکنندگان به ۹ نفر اعلام کرده است. طرح استیضاح حداقل به ۱۰ امضا نیاز دارد.
۲ـ عبدالرضا مصری، یکی دیگر از اعضای هیئت رئیسه مجلس، می‌گوید: «در استیضاح‌ها رعایت آیین‌نامه الزامی است. دوستان می‌خواهند با فشار خارج از آیین‌نامه استیضاح صورت بگیرد که این مقدور نیست. هنوز رؤسای کمیسیون‌های مربوطه گزارشی به هیئت رئیسه نداده‌اند. ما هیچ گزارشی دریافت نکرده‌ایم. کار با فریاد درست نمی‌شود. تا به حال هم هر کسی در مجلس شورای اسلامی استیضاح شده است، بیشتر از قبل رأی اعتماد گرفته است. اگر آیین‌نامه رعایت شد در خدمت نمایندگان هستیم.»
۳ـ اینگونه هزینه‌سازی برای رهبری معظم انقلاب در شرایطی انجام می‌شود که نظر معظم‌له درباره استیضاح این است که استیضاح وزرا در سال‌های پایانی دولت‌ها، که در سرازیری دوره خود قرار دارند، معلوم نیست بهترین گزینه باشد و فرد جایگزین از وزیر فعلی بهتر باشد.
۴ـ تجربه استیضاح وزرا نشان داده که استیضاح‌ها فقط بخشی از توان دولت و مجلس را به کار گرفته و نتیجه‌ای برای بهبود شرایط در بر نداشته است. به ویژه آنکه هر وزیری برای تسلط بر شرایط به دو سال تجربه نیاز دارد و اینگونه اقدامات هزینه سیاسی نیز در پی داشته است.
۵ـ طرح استیضاح از سوی کسانی که شش سال از دولت حمایت کرده و در زمینه مشکلات مردم کاری نکرده‌اند، شائبه سیاسی و جناحی بودن این رفتارشان را به وجود می‌آورد؛ چراکه از نظر مردم، نمایندگان فعلی مجلس به ویژه فراکسیون حامی دولت در ایجاد وضعیت فعلی، به ویژه افزایش قیمت بنزین و اغتشاشات آبان ماه، نقش زیادی داشتند، حتی برخی اعضای وابسته به جریان اصلاحات از اغتشاشگران حمایت کردند. در شرایطی که شمارش معکوس برای پایان مجلس شروع شده است، عده‌ای خیلی دیر به فکر تلفات جانی و مالی ملت در این زمینه افتاده‌اند و به بهانه دفاع از مردم قصد دارند، وزیر کشوری را که از نظر آنها به جریان غیراصلاحات وابسته است، استیضاح کنند و چون موفق نشده‌اند آن را به حساب ولایت‌مداری گذاشته یا علل کم‌کاری و غفلت خویش را به جاهای دیگری ارجاع دهند.
۶ـ آنچه ذهنیت عمومی را نسبت به اینگونه اقدامات اصلاح‌طلبان مجلس بدبینانه‌تر می‌کند، این است که بخشی از این جریان پروژه استعفای روحانی را دنبال می‌کنند. در این شرایط هرگونه رفتار افراطی مجلس می‌تواند به طرح کلی این جریان برای عصبانی کردن رئیس‌جمهور کمک کند. به ویژه آنکه مطهری در بیان علل طرح استیضاح وزیر کشور تصریح می‌کند که این اقدام به دلیل ممکن نبودن استیضاح رئیس‌جمهور در شرایط کنونی انجام می‌شود.
۷ـ تلاش برای استیضاح دیرهنگام وزرا و فشار به دولت برای استعفا در حالی است که پروژه آمریکایی بی‌دولت‌سازی در کشورهای عضو جبهه مقاومت در حال پیگیری است و ملت بیدار ایران نتایج آن را در کشورهای عراق و لبنان مشاهده می‌کنند.