یکی از جریان‌های سیاسی کشور که پس از پیروزی انقلاب اسلامی از جریان خط امام و ملت فاصله گرفت و فرجام کارش به رویارویی با انقلاب اسلامی انجامید، «نهضت آزادی» بود. نهضت آزادی مجموعه‌ای جدا شده از «جبهه ملی» بود که آن را در سال ۱۳۴۰ مهندس مهدی بازرگان و دکتر یدالله سحابی که در ارتباط نزدیکی با آیت‌الله طالقانی بودند، شکل دادند و محور اندیشه خود را بر «ایرانی بودن»، «مسلمان بودن»، «مصدقی بودن» و «تابع قانون اساسی بودن» گذاشتند.
آیت‌الله شهید بهشتی درباره «نهضت آزادی» و ماجرای شكل‌گیری آن می‌گوید: «وقتی که نهضت آزادی تشکیل شد با خوشحالی از این خبر استقبال کردم و وقتی در اساس‌نامه از اسلام به عنوان یک مکتب و از نهضت آزادی به عنوان یک حزب اسلامی تمام عیار یاد نشده بود به دوستان بنیانگذار نهضت آزادی انتقاد کردم و گفتم که این حزب مکتبی نیست، اسمش را هم گذاشته‌اید نهضت آزادی، آزادی که همه اسلام نیست، از مسائل مهم بشری است و از ارکان اسلام، ولی همه اسلام نیست. دوستان گفتند: برای اینکه ما می‌خواستیم آنهایی که روی عنوان اسلام آلرژی دارند از این تشکیلات فرار نکنند، ولی حقیقتش اینکه قصد فقط اسلام نبود. قصد این بود که مرامنامه نشان می‌داد که یک عده مسلمان آمده‌اند یک حزب درست کرده‌اند، اما در این تشکیلات سیاسی، اسلام را به عنوان یک مکتب تمام عیار مطرح نکرده‌اند.»
این زاویه فکری نهضت آزادی با اسلام ناب محمدی(ص) که برخی افراد تیزبین، چون آیت‌الله بهشتی و استاد شهید مرتضی مطهری تشخیص داده بودند، همان عاملی بود که به جدایی نهضت از خط امام(ره) منجر شد.
یکی از مهم‌ترین علل اصلی انحراف نهضت آزادی را باید شناخت ناکافی این گروه از اسلام و ارائه تفاسیر انحرافی از آیات و روایات دانست. این گروه بدون آنکه با اسلام‌شناسان حقیقی‌ـ که به متون و آموزه‌های دینی اشراف کامل داشتندـ ارتباط کاملی داشته باشند، به تفاسیر و قرائت مهندس بازرگان و سحابی قناعت کرده و ایشان را به منزله ایدئولوگ خود پذیرفتند. ژست روشنفکرمآبانه اعضای این جریان و تأثیرپذیری از مکاتب غربی مزید بر علت بود تا اندیشه انحرافی نهضت آزادی شکل بگیرد.
مروری بر بخشی از آرا و نظرات مهندس بازرگان‌ـ نظریه‌پرداز نهضت آزادی‌ـ به خوبی التقاط تفکرات پوزیتویستی وی با اسلام را آشکار می‌کند؛ برای نمونه بازرگان در كتاب «مذهب اروپا» با مقایسه جامعه اسلامی و جامعه غربی می‌نویسد: «حمام رفتن صبحگاه آنان كه گاهی قبل از آفتاب انجام می‌شود به منزله وضو و غسل، خواندن سرمقاله روزنامه را به منزله نماز خواندن، خواندن مقالات و اطلاعات دیگر این روزنامه‌ها را در حكم تعقیبات نماز، روزنامه نیم روز را خواندن و به اخبار گوش دادن، این مترادف است با صلاه الوسطی، كتاب بعد از ناهار را در حكم تعقیبات نماز ظهر، خوابیدن‌شان را در همان هشت ساعت خوابیدنی كه مومنان هم می‌خوابند و مستحب هم هست. به قمارخانه و میخانه و رقاصخانه رفتن‌شان، البته اینها خیلی كم است. اینها قابل اغماض است، غیرقابل ملاحظه است. ورزش و تئاتر و موزه رفتن شبانه آنها در حكم امور مستحبی است.»
در كتاب «راه طی شده» كه حاصل تلاش فكری بازرگان در دهه ۱۳۲۰ است، چنین آمده است: «... تمدن غرب، راه طی شده انبیا را بدون نیازمندی به دین پیموده است و غربی‌ها به فضل كوشش‌های طاقت‌فرسا و به مدد علوم و دانش‌های نو به طور تصادفی به همان راه سعادتی كه انبیا نشان داده‌اند، رفتند و به همان توفیق هم دست یافتند. وحی انبیا به ترتیب از خداپرستی، بندگی، تقوا، تزكیه، تعلیم، اخلاق، احسان، نفقه، معاش و حفظ نفس تشكیل شده است، ولی راه بشر (كه به مدد علم به آن رسیده است) از وظایف بهداشتی كه مترادف با حفظ نفس است كه در تعلیمات انبیا می‌بینیم، وظایف شغلی و اداری كه مترادف با نفقه و معاش در دین است، آغاز شده و از مراحل آداب معاشرت مترادف با اخلاق و احسان در دین پیامبران، تعلیم و تربیت مترادف با تزكیه و تعلیم، وظایف مدنی و اجتماعی مترادف با بندگی و تقوا گذشته و سرانجام به مسلک نوع‌دوستی كه مترادف با خداپرستی است، منتهی می‌شود.»
استاد شهید مرتضی مطهری كه از دوستان بازرگان و منتقدان نگاه پوزیتیویستی وی به این مسائل بود، در مقدمه خود بر جلد پنجم اصول فلسفه و روش رئالیسم درباره كتاب «راه طی شده» چنین نظر می‌دهد: «حقیقت این است: راهی كه مؤلف دانشمند راه طی شده و با كمال صفا و خلوص نیت طی كرده است آنچنان بی راهه است كه مجالی برای استدلال از راه «نظام غائی» كه دانشمندان به اقتباس از قرآن مجید آن را راه «اتقان صنع» اصطلاح كرده‌اند، نمی‌گذارد.»
همین برداشت‌های انحرافی است که حضرت امام(ره) را به چنین واکنشی وا می‌دارد: «ضرر آنها، به اعتبار آنكه متظاهر به اسلام هستند و با این حربه جوانان عزیز ما را منحرف خواهند كرد و نیز با دخالت بی‌مورد در تفسیر قرآن كریم و احادیث شریفه و تأویل‌های جاهلانه موجب فساد عظیم ممكن است بشوند، از ضرر گروهک‌های دیگر، حتی منافقین این فرزندان عزیز مهندس بازرگان، بیشتر و بالاتر است. «نهضت آزادی» و افراد آن از اسلام اطلاعی ندارند و با فقه اسلامی آشنا نیستند. از این جهت، گفتارها و نوشتارهای آنها كه منتشر كرده‌اند مستلزم آن است كه دستورات حضرت مولی‌الموالی امیرالمؤمنین را در نصب ولات و اجرای تعزیرات حكومتی كه گاهی بر خلاف احكام اولیه و ثانویه اسلام است، بر خلاف اسلام دانسته و آن بزرگوار را نعوذباللّه‌ـ تخطئه، بلكه مرتد بدانند! و یا آنكه همه این امور را از وحی الهی بدانند كه آن هم بر خلاف ضرورت اسلام است.»(۳۰/۱۱/۱۳۶۶)
انحرافات فکری برشمرده، خود را در حوزه عمل سیاسی نیز نشان داد و یکی از انحرافاتی که زمینه واگرایی از انقلاب اسلامی ملت ایران را فراهم آورد، تعلق خاطر و شیفتگی بود که سران آن به مکاتب سیاسی غرب داشتند. این تعلقات هم زمینه همگرایی فکری با لیبرالیسم و دموکراسی را فراهم آورد و هم موجب تعلق خاطر به منظور گسترش ارتباطات سیاسی با کشورهای غربی شد. سیاست گرایش به غرب را می‌توان در عملکرد دولت موقت به خوبی مشاهده کرد و تلاشی که دستگاه خارجه وقت برای نزدیکی به بلوک غرب داشت. جمله معروف بازرگان که در واکنش به بیانات حضرت امام(ره) گفته بود: «اگر آمریکا شیطان بزرگ است، شوروی شیطان اکبر است» تنها نمونه‌ای از این موضع‌گیری‌ها به نفع غرب است.