در مسیر گام به گام انقلاب اسلامی در نیمه دوم سال 1357، ضرورت وجود گروه‌ها و سازمانهای منسجم برای هدایت و سازماندهی انقلاب در صورت رسیدن به پیروزی و تشكیل نظام اسلامی، بیش از پیش احساس شد. در همین راستا، «استاد شهید مرتضی مطهری»، «شهید حاج مهدی عراقی» و «جلال الدین فارسی» با ارتباطی كه با حضرت امام(ره) در خارج از كشور داشتند، نظر ایشان درباره ضرورت ائتلاف و وحدت را به اطلاع گروه‌های مبارز مسلمان در داخل رساندند.
در این میان، هفت گروه مبارز كه بعدها در كمیته استقبال از حضرت امام(ره) با هم همكاری داشتند، گردهم آمدند تا تشكیلاتی را برای دفاع از نظام نوپای جمهوری اسلامی فراهم آورند؛ سازمانی به نام «مجاهدین انقلاب اسلامی». در بیانیه شماره دو سازمان درباره اهداف و ضرورت تشكیل آن آمده است:
«تجارب جنبش های سده اخیر به ما می آموزد كه از جمله دلایل ناكامی آنان همانا فقدان یك سازمان منسجم و مبتنی بر ایدئولوژی اسلامی بود كه بتواند تداوم انقلاب را در برابر توطئه های عدیده و رنگارنگ ناكثین، قاسطین و مارقین حفظ و از دستاوردهای آن پاسداری نماید. اگر بر این نقیصه، خلأ ناشی از سرعت و شتاب بیش از حد جنبش را كه نه تنها رژیم سابق را مستأصل نمود، بلكه كلیه سازمانهای سنتی و غیر سنتی را از تطبیق با تغییرات موجود عاجز ساخت، اضافه كنیم و همچنین در نظر گیریم كه در زمان اندک درگیریهای مردم با رژیم، عملاً امكان پاسخگویی به تمام نیازهای فكری‌ـ عمل مردم وجود نداشت، درمی‌یابیم كه پویایی و استقرار این انقلاب منوط به نحوه جوابگویی و پر كردن خلأهای مذكور از جانب یک تشكل انسجام یافته اسلامی میباشد. اگر بر مجموع این مسائل، توطئه های امپریالیستی، سوسیال امپریالیستی و صهیونیستی را بیفزاییم وجود یك سازمان سه بعدی ایدئولوژیک‌ـ سیاسی‌ـ نظامی اسلامی ضروری به نظر میرسد. از طرفی نظر به آموزشهای مكرر قرآن مبنی بر «واعتصموا بحبل اللّه جمیعاً و لاتفرقوا» و اینكه اصولاً اثرات حركت در یك نظام واحد دارای نتیجهای به مراتب بزرگ‌تر و افزون‌تر از مجموع اثرات یك یك اجزای آن است و برای اثبات عینی این حقیقت كه «یداللّه مع الجماعة» و شركت در تمرین توحید در جمع و با جمع جهت فرار از تفرقهگرایی و ایجاد یك صف واحد و نهایتاً، در مقام لبیك گفتن به پیام رهبر بزرگوار انقلاب اسلامی مبنی بر وحدت كلمه كلیه نیروهای اسلامی، ما گروه‌های امت واحده، توحیدی بدر، توحیدی صف، فلاح، فلق، منصورون و موحدین براساس وحدت ایدئولوژیک‌ـ استراتژیک به یاری پروردگار و به امید هدایت او دست به تشكیل سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی زدهایم كه هدف آن پاسداری، تداوم و گسترش انقلاب اسلامی در همه ابعاد آن به مقیاس جهانی و در جهت تكامل فرد و جامعه میباشد.»
بعد از توافق اولیه هفت گروه مبنی بر تلاش برای ایجاد سازمانی ائتلافی، جلسات مشتركی شكل گرفت و روی اصول مشترك مورد توافق گروه‌ها، اهداف سازمان، آرم و مرام‌نامه و... بحث شد. با تشكیل شورای هماهنگی سازمان، تصمیمگیری در مورد مسائل باقیمانده به آن سپرده شد. در این شورا از هر گروه، یك نماینده حضور داشت و تصمیمات به صورت مشورتی به تصویب می رسید. محمد سلامتی از امت واحده، محمدباقر ذوالقدر از منصورون، مرتضی الویری از فلاح، محمود بخشنده از موحدین، حسن واعظی از فلق، علی عسگری (گاهی حسین فدایی) از بدر و حسین صادقی(گاهی محمد بروجردی) از صف، اعضای شورا را تشكیل میدادند و «محمد سلامتی» دبیری جلسات شورای هماهنگی را بر عهده داشت.
نقاط مشترک فراوانی موجب نزدیكی و وحدت هفت گروه مبارز شد كه میتوان به موارد زیر اشاره كرد: 1ـ پیروی از اسلام اصیل و خالص؛ 2ـ پذیرش رهبری امام(ره) براساس اصل ولایت فقیه با هدف پاسداری، تداوم و گسترش انقلاب اسلامی در ابعاد ایدئولوژیک، سیاسی و نظامی؛ 3ـ مقابله با گروه‌های مخالف انقلاب به ویژه سازمان مجاهدین خلق.
سرانجام بعد از نشستهای متعدد، سازمان در روز سه شنبه (7/1/1358) با صدور بیانیهای اعلام موجودیت کرد و از ملت خواست تا در تجمع اعلام مواضع سازمان (روز پنجشنبه 16 فروردین 1358 مصادف با سالروز قیام شیخ محمد خیابانی) در دانشگاه تهران شركت كنند؛ در فرازهایی از این بیانیه آمده است: «این سازمان متعهد است كه با عناصر‌ـ سازمانهاـ حكومتهاـ ابرقدرتها و هر جریانی كه علیه گسترش و تحقق انقلاب اسلامی عمل كند از امپریالیسمهای جهانخوار راست و چپ و یا متجاوزان صهیونیست گرفته تا عناصر منافق، منحرف و فرصتطلب داخلی، مبارزه ایدئولوژیک، سیاسی نموده و در صورت لزوم قاطعانه و بالیقین به یاری خدا، با تمامی قدرت دست به حملات نظامی بزند.»
سازمان «ایدئولوژیک‌ـ سیاسی‌ـ نظامی» مجاهدین انقلاب اسلامی با توجه به اوضاع خاص آن دوران، سازمانی نیمه مخفی‌ـ نیمه علنی بود و این مسئله ابهاماتی در جامعه ایجاد كرده بود، به ویژه كه بر شدت این ابهامات از سوی گروه‌های مخالف و رقیب افزوده میشد. سازمان در بیانیه شماره 87 كه در 15 فروردین سال 1360 به مناسبت دومین سالگرد اعلام مواضع صادر شد به این پرسش چنین پاسخ میدهد: «این سؤالی بود كه چندی پیش توسط عناصری كه توطئه های‌شان علیه جمهوری اسلامی و خط امام توسط سازمان افشا شده بود، به طور هماهنگ تكراری و همسان سعی شد با تبلیغات زیاد در جامعه القا شود. در این رابطه نیز تذكر می دهیم كه؛... در شرایط كنونی كشور ما‌ـ آن هم در حالی كه چندین گروه ضد انقلابی و مشخص مشغول هستند، آیا وجود یك سازمان اسلامی پشتیبان و یاور مردم (كه این ویژگی خود را چه پیش از انقلاب و چه در این مدت عملاً نشان داده است) كه بتواند با حفظ امكانات و ارتباطات و افراد خود، كارآیی بیشتری در مقابل گروهك‌های ضدانقلاب و همچنین كودتاهای احتمالی نشان دهد، ضروری نیست تا در شرایطی نباشد كه توسط ضدانقلاب و اجانب به كلی غافلگیر شود و امكان مقابله از آن سلب گردد؟»
در این مراسم‌ـ كه در زمین چمن دانشگاه تهران برگزار شد‌ـ «ابوالحسن بنیصدر»، «هانیالحسن» از سوی نهضت آزادی‌بخش فلسطین و نمایندگان شوراهای اسلامی كارگری سخنرانی کردند و نمایندگان گروه‌های مختلف، بیانیهها و پیامهای خود را در تأیید و حمایت از سازمان قرائت كردند.
سازمان نیز مواضع خود را درباره مسائل پراهمیتی چون رهبری انقلاب، دولت موقت، ارگانهای منتخب امام(ره)، گروه‌های اصیل انقلابی، امپریالیستها و وابستگان‌شان، ارتجاع داخلی، منافقین، منحرفین و ماركسیستها به روشنی بیان کرد. اعضای سازمان در این تجمع مسلح بودند و این حركت سمبلیك بهانه ای شد تا منافقان و مخالفان انقلاب، سازمان را در برابر آماج تهمت ها و اهانت های خود قرار دهند و آن را سازمانی برای سركوب رقیب و مخالفان و شاخه نظامی حزب جمهوری اسلامی بنامند.