پیام دَه‌ماده‌ای امام خمینی(ره) برای حل اختلافات در 25 اسفند 1359 صادر شد و با استفاده از بند 4 آن شکل‌گیری شورای حل اختلاف سه‌نفره در دستور کار قرار گرفت که با پایان سال 1359 مصادف شد. در اوایل سال 1360 بنی‌صدر، حجت‌الاسلام اشراقی، داماد حضرت امام(ره) را به عنوان نماینده خود در هیئت سه‌نفره حل اختلافات معرفی کرد و از طرف آقایان بهشتی، خامنه‌ای، هاشمی‌رفسنجانی و رجایی، آیت‌اللّه شیخ محمد یزدی معرفی شد و امام خمینی(ره) هم آیت‌اللّه مهدوی‌کنی را به عنوان نماینده خودشان معرفی کردند و این شورا شکل گرفت و کار خود را شروع کرد.
اولین جلسه در تاریخ 24 فروردین 1360 و دو روز بعد، یعنی 26 فروردین 1360 دومین جلسه شورا تشکیل شد. نتیجه این نشست اخطار شدید به روزنامه‌ها و مجلات بود که از بیان مطالبی که موجب تضعیف، توهین یا تشدید اختلاف باشد، خودداری کنند.
متأسفانه، فعالیت‌های این شورا کاری از پیش نبرد. تحریک و اغتشاشات با وجود شرایط جنگ تحمیلی اوضاع داخلی را روز به روز بدتر می‌کرد. بنی‌صدر و دار و دسته‌اش به مشکلات و آشوب‌ها دامن می‌زدند و چنین تبلیغ می‌کردند که کشور به بن‌بست رسیده است.
در چنین اوضاعی منافقین مرتب با بنی‌صدر مراوده داشتند. مسعود رجوی در نامه‌های محرمانه به بنی‌صدر حرف‌هایی زده بود که نشان می‌دهد چگونه بنی‌صدر آلت دست منافقین است و از خود هیچ اراده‌ای ندارد.
مرحوم ابراهیم حاج‌محمدزاده که در آن ایام یکی از اعضای فعال شورای عالی سپاه بود، از بنی‌صدر می‌پرسد: چرا ما هر وقت می‌خواهیم با شما ملاقات کنیم، باید روزها منتظر بمانیم، ولی آقای مسعود رجوی هر وقت اراده کند می‌تواند با شمار ملاقات کند؟
بنی‌صدر جواب داده بود: من باید این گروه‌ها را داشته باشم. البته همکاری بنی‌صدر با گروهک‌ها محدود به منافقین نبود. یکی از پاسداران پادگان ولیعصر(عج) تهران که عهده‌دار محافظت اماکن بود، نقل کرده است:
هر روز اعضا و سرکرده گروهک‌هایی از قبیل اشرف دهقانی، موسی خیابانی و سران فداییان خلق به ملاقات بنی‌صدر می‌آمدند و ساعت‌ها با او به گفت‌وگو می‌کردند. اسناد دیگری هم نشان می‌دهد بنی‌صدر با عزالدین حسینی و سایر گروهک‌های کردستان روابط و نامه‌نگاری داشته است؛ از این رو این قبیل اعمال بنی‌صدر موجب عزلش شد که توضیح آن فرصت دیگری می‌طلبد.