اولین انتخابات ریاست‌جمهوری در نظام اسلامی در بهمن‌ماه 1358 برگزار شد. در این انتخابات همه جریان‌ها و گروه‌های سیاسی برای موفقیت در انتخابات تلاش کردند. سازمان مجاهدین خلق از اولین گروه‌هایی بود که با همه توان وارد میدان انتخابات ریاست‌جمهوری شد. این سازمان با صدور بیانیه‌ای در 26 آذرماه به استقبال انتخابات رفت و اعلام کرد حضرت امام خمینی(ره) را به عنوان نامزد ریاست‌جمهوری پیشنهاد می‌دهد.
چند روز بعد، پس از عدم پذیرش امام(ره)، سازمان مجاهدین خلق به صورت رسمی «مسعود رجوی» را به عنوان نامزد معرفی کرد.به دنبال نام‌نویسی مسعود رجوی به عنوان کاندیدای ریاست‌جمهوری، اولین گردهمایی انتخاباتی مجاهدین خلق در روز پنج‌شنبه ۲۰ دی‌ماه 1358 در دانشگاه تهران و در میان هواداران سازمان برگزار شد. در ابتدای این گردهمایی «موسی خیابانی» طی سخنانی گفت: «ما بر حسب مسئولیت‌ها و وظایف‌مان وارد این صحنه شده‌ایم و نه از روی جاه‌طلبی. اگر اهل جاه‌طلبی بودیم، درها به روی ما بسته نبود. ما همیشه رنج‌ها را تحمل می‌کنیم.»در همین ایام، نشریه سازمان فهرست مفصلی از حمایت کانون‌ها، جمعیت‌ها، احزاب و فعالان سیاسی برای شرکت در انتخابات ریاست‌جمهوری به نفع کاندیدای سازمان به چاپ رساند که بیش از 400 گروه، کانون، حزب و شخصیت، به جز افراد و گروه‌های شناخته‌شده چپ‌گرا و حامی سازمان، مانند جـبهه دموکراتیک ملی، حزب دموکرات کردستان، سازمان کومله، چریک‌های فدائی خلق و تعداد زیادی از اعضای کانون نویسندگان را شامل می‌شد. بسیاری از نام‌های گروه‌ها اصلاً وجود خارجی نداشتند و نام‌های چندین کانون را هم اعضای تشکیلات خودشان ساخته و از شهرستان‌ها به تهران ارسال کرده بودند.در حالی که هر روز بر فعالیت انتخاباتی نامزد موردعلاقه سازمان مجاهدین افزوده می‌شد، انتشار دیدگاهی از حضرت امام(ره) موجب شد همه برنامه‌های انتخاباتی این سازمان به هم بریزد. در تاریخ 29 دی‌ماه 1358 استفتای جمعی از مؤمنان از امام خمینی(ره) درباره ریاست‌جمهوری كسانی كه به قانون اساسی رأی نداده اند و با آن مخالفند، مطرح شد كه امام در پاسخ صریحی در این باره بیان فرمودند: «كسی كه به قانون اساسی رأی مثبت نداده، صلاحیت ریاست‌جمهوری ایران را ندارد.» اگر قرار بود مصداق کاملی برای این حکم مطرح باشد، بدون شک آن فرد مسعود رجوی بود. پس از این پیام، سازمان طی اطلاعیه‌ای منتفی شدن نامزدی وی را اعلام کرد و به این شکل پرونده رجوی برای نامزدی ریاست‌جمهوری بسته شد. سازمان منافقین نیز انتخابات را تحریم و اعلام کرد از هیچ نامزدی در انتخابات حمایت نخواهد کرد.