پس از شکست گروهک منافقین از مردم و ناکام ماندن در همه‌پرسی جمهوری اسلامی، انتخابات نخستین دوره ریاست‌جمهوری و انتخابات نخستین دوره مجلس شورای اسلامی که همگی در سال 1358 رقم خورد، به‌تدریج زمینه‌های ورود منافقین به فاز مسلحانه پدیدار شد؛ به بیان دیگر، از همان مقطعی که گروهک منافقین احساس کرد فاقد پشتوانه مردمی و به‌تبع آن، پشتوانه قانونی برای کسب قدرت از مجاری منطقی و قانونی آن‌‌ـ همچون انتخابات‌ـ است، به ایجاد زمینه برای تصاحب مسلحانه قدرت اقدام کرد. به‌واقع آنچه مجاهدین را در مسیر خشونت حداکثری و جنگ مسلحانه علیه جمهوری اسلامی کشاند، استقبال نکردن مردم از این گروه و حرص و طمع کسب قدرت به هر طریق بود؛ نکته قابل ملاحظه دیگر آنکه در توهمات این گروه، این خیال شکل گرفته بود که میلیشیا و قدرت نظامی سازمان از چنان اقتداری برخوردار است که خیلی راحت خواهد توانست بر مقاومت هواداران جمهوری اسلامی غلبه کند و مردم نیز از آنان استقبال و با ایشان همراهی خواهند کرد.
بر اساس چنین تحلیلی بود که گروهک منافقین به طمع تصاحب قدرت، گام در مسیری گذارد که نهایت آن درگیری و تقابل مسلحانه با نظام جمهوری اسلامی بود؛ در این میان آنچه بیش از هر امر دیگر به چشم می‌آید، نحوه ورود منافقین به این مرحله و زمینه‌سازی برای همراهی افکار عمومی درون گروهک و توجیه افکار عمومی مردم درباره چرایی ورود منافقین به فاز مسلحانه بود. آنها طی یک سال جنگ روانی طراحی‌شده، حقیقت را وارونه جلوه دادند و چنین وانمود کردند که این نظام است که سازمان (منافقین) را وادار به نبرد مسلحانه کرده و درحقیقت سازمان (منافقین) به منظور دفاع از خود مجبور به نبرد مسلحانه با نظام جمهوری اسلامی شده است؛ در حالی که برای آشنایان به سازمان و فرماندهان آن کاملا مبرهن بود که قدرت‌طلبی سازمان، آنان را به سمت خشونت سوق داده است.
دکتر «ابراهیم یزدی» وزیر خارجه دولت بازرگان که در آن مقطع نمایندگی مردم تهران در مجلس شورای اسلامی را بر عهده داشت، در این‌باره می‌گوید: «قبل از حوادث خردادماه ۱۳۶۰، بچه‌های سازمان [منافقین] پیش من آمدند و گفتند که تجربه انقلاب را تکرار خواهند کرد. من باصراحت به آنها گفتم که تحلیل‌های آنها اشتباه است و آنها جواب دادند که در دوران انقلاب خیابان‌ها در کنترل ما بود، حالا هم همان کار را می‌کنیم. من در جواب آنها گفتم: در زمان انقلاب بدنه جامعه هر حرکتی را علیه نظام شاهنشاهی تأیید می‌کرد، اما امروز بدنه جامعه با شما نیست. شما یک گروه کوچک و اقلیتی هستید و اگر بخواهید دست به کار مسلحانه بزنید، با شما برخورد می‌کنند و شما تاب مقاومت را ندارید و بنابراین به‌شدت آسیب خواهید دید و متلاشی خواهید شد. در آن ملاقات کم‌وبیش مطرح کردند که قاطعانه خواهند ایستاد؛ آنها به میلیشیایی که درست کرده بودند خیلی بها می‌دادند و فکر می‌کردند می‌توانند مقاومت کنند.»
«عزت‌الله سحابی» ازجمله فعالان نزدیک به نهضت آزادی و چهره‌های سیاسی مرتبط با گروهک منافقین که وی نیز در آن مقطع نماینده مردم تهران در مجلس بود، درباره زمینه‌سازی گام‌به‌گام منافقین برای رسیدن به مرحله قیام مسلحانه علیه نظام جمهوری اسلامی می‌گوید: «بچه‌های سازمان [منافقین] متأسفانه گوش‌شان بدهکار نبود. من بعدها متوجه شدم که اینها روی هواداران‌شان هم تدریجی کار می‌کردند، همان‌گونه که به‌تدریج می‌خواستند من را قانع کنند که حرف‌های‌شان را بپذیرم.»
وی در ادامه درباره چگونگی زمینه‌سازی تدریجی سازمان برای ورود به فاز مسلحانه به نمونه‌ای اشاره می‌کند و می‌افزاید: «مسعود به من گفت: ما دیگر درمانده‌ایم. بچه‌های سازمان [گروهک منافقین] از پایین خیلی به ما فشار می‌آوردند. این در حالی بود که مهدی بخارایی و حبیب مکرم‌دوست [از بچه‌های سطح بالای گروهک منافقین] و دو نفر دیگر در یک مصاحبه تلویزیونی گفتند: خود سازمان [منافقین] طی یک برنامه حساب‌شده پله‌پله ما را به طرف این درگیری‌ها می‌کشاند؛ به گونه‌ای که ما خودمان به این نتیجه برسیم که باید کار مسلحانه بکنیم؛ البته نیروهای قوی‌تر و سطح بالاتر از بخارایی و مکرم‌دوست هم به این نکته تأکید می‌کردند که سازمان با یک برنامه حساب‌شده، بدون اینکه به‌صراحت به ما بگوید که خودتان را آماده کنید، ما را به طرف کارهای قهرآمیز می‌راند؛ اما مسعود پیش ما می‌گفت بدنه سازمان به ما فشار می‌آورد، در حالی که به‌واقع خود رهبری سازمان بدنه را به سمت مبارزه مسلحانه هدایت می‌کردند.»
خط خشونتی که از همان بهمن 1357 آغاز شده بود ادامه یافت تا اینکه در خردادماه سال 1360 به اوج خود رسید و از این زمان به جنگ مسلحانه‌ای گسترده علیه جمهوری اسلامی و ملت ایران تبدیل شد. منافقین در 28 خرداد 1360 با صدور اعلامیه‌ای به طور رسمی و علنی اعلام کردند که با نظام جمهوری اسلامی وارد جنگ مسلحانه شده‌اند. در قسمتی از بیانیه شماره 25 آمده بود: «سازمان مجاهدین خلق ایران، ضمن اعتراض به اقدامات ضدانقلابی و خلاف شرع و قانون، بدین وسیله از خلق قهرمان ایران كسب اجازه می‌كند تا از این پس‌ـ به یاری خدا‌ـ در قبال حفظ جان اعضای خود، به‌ویژه اعضای مركزی سازمان كه درحقیقت بخشی از مركزیت تمامی خلق و انقلاب محسوب می‌شوند، «قاطع‌ترین مقاومت انقلابی را از هر طریق» معمول دارد. بدیهی است برابر اعلامیه حاضر، از این پس مسئولیت هر آنچه كه حین مقاومت انقلابی واقع شود، تنها و تنها بر ذمّه مرتجعین انحصارطلب و اوباش چماق‌دار آنهاست... از این حیث برآنیم كه نامبردگان، هركه باشند و در هر لباسی، دقیقاً شایسته سخت‌ترین كیفر و مجازات انقلابی خواهند بود.»