اولین رئیس‌جمهور پس از استقرار نظام جمهوری اسلامی آنچنان حواشی آفرید که بیشتر از ۱۷ ماه نتوانست دوام آورد و سرانجام از سوی نمایندگان مردم در مجلس شورای اسلامی برکنار شد. در طول این ایام، حضرت امام(ره) با همه توان تلاش کردند وی از انقلاب اسلامی فاصله نگیرد و در مسیر قانون و منافع کشور قدم بردارد. حمایت امام(ره) از بنی‌صدر تا آنجا بود که حتی یاران امام(ره) نیز تاب تحمل آن را نداشتند و گاه زبان به گلایه می‌گشودند. با این حال حضرت امام(ره) در کلام و مرام خود اصل را بر ملاطفت گذاشته بودند و از هر فرصتی برای حفظ رئیس‌جمهور استفاده می‌کردند. در روز ۲۴ مرداد ۱۳۵۹ حادثه‌ای برای رئیس‌جمهور رخ داد. هلی‌کوپتر حامل ابوالحسن بنی‌صدر که برای بازدید از مناطق مرزی به کرمانشاه رفته بود، در نزدیکی اسلام‌آباد غرب سقوط کرد، اما سرنشینان آن جان سالم به در بردند. روزنامه «کیهان» فردای آن روز در گزارشی با عنوان «هلی‌کوپتر رئیس‌جمهور چگونه سقوط کرد»، نوشت:
«ساعت ۱۱ دیشب هلی‌کوپتر حامل دکتر بنی‌صدر، رئیس‌جمهوری هنگام بازگشت ایشان از نوار مرزی ایران و عراق در نزدیکی اسلام‌آباد بر اثر نقص فنی سقوط کرد، ولی خوشبختانه به ایشان و هیچ یک از همراهان صدمه‌ای نرسید. دکتر بنی‌صدر پس از سقوط هلی‌کوپتر در ساعت ۳۰ :۱ بامداد در گفت‌وگویی، جریان وقوع این حادثه را بیان کرد و گفت: پس از حرکت از قصر شیرین و طی مقداری راه، استاندار به من اطلاع داد که هلی‌کوپتر دچار نقص فنی شده و مجبور به فرود اجباری می‌باشد. در این هنگام هلی‌کوپتر شروع کرد به دور زدن و وقتی آدم بیرون را نگاه می‌کرد، چنین به نظر می‌رسید که روی آب پرواز می‌کند. خلبان بعد متوجه شد چراغ‌ها از کار افتاده است. به هر حال ناچار آماده فرود اجباری گردید که کنترل از دست او خارج شده و هلی‌کوپتر سقوط کرد. پس از سقوط هلی‌کوپتر، تیمسار ظهیرنژاد در هلی‌کوپتر را باز کرد و کلیه سرنشینان به بیرون پریدند. در این لحظه بود که متوجه شدیم قطعات هلی‌کوپتر در نقاط مختلف افتاده است. رئیس‌جمهوری سپس افزود: این الحمدلله از شگفتی‌ها و نشانه کمال رحمت خداوندی است که هلی‌کوپتری سقوط کرده و متلاشی هم بشود و به هیچ یک از سرنشینان کوچک‌ترین صدمه‌ای نرسد و نشانه دوم رحمت الهی اینکه در ۱۵ کیلومتری محل سقوط هلی‌کوپتر، ۱۵ روز پیش، ۱۵ نفر از پاسداران سپاه انقلاب به وسیله ضد انقلاب شهید شده بودند. رئیس‌جمهور در ادامه سخنان خود اظهار داشت که محل سقوط در نزدیکی دهی بود و روستاییان آن ده که بعد معلوم شد کُرد هستند، آمدند و خیلی شادی کردند و شگفت‌زده شده بودند. روستاییان که دارای یک جیپ و یک تراکتور بودند، کلیه سرنشینان را به پاسگاه ژاندارمری آن منطقه انتقال داده و در آنجا با استفاده از اتومبیل پاسگاه به کرمانشاه آمدیم. رئیس‌جمهوری افزود: هنگام حرکت هلی‌کوپتر هوا تاریک بود و ظاهراً این هلی‌کوپتر شب نمی‌بایست پرواز می‌کرد؛ ولی چون خلبان ماهری بود، لذا آماده پرواز گردید و به هر حال نقص فنی از عهده او بیرون بود. از آنجا که عواطف و احساسات بشری ظاهرسازی نیست و احساسات صمیمانه است، روحیه انسانی این خلبان‌ها و همه سرنشینان خیلی برجسته بود و من هم باید از روحیه فرمانده نیروی زمینی و هم از صیاد شیرازی و از همه و همچنین از مردمی که با آن صمیمیت بر گرد ما حلقه زدند، در صورتی که دیگران می‌ترسیدند که آنها به ما حمله کنند، تشکر و قدردانی کنم. دهقانان آنجا کُرد بودند و خیلی پرشور، و بحمدالله همه چیز گواهی می‌داد از الطاف خداوندی.
پیام امام(ره)
در پی سقوط هلی‌کوپتر حامل بنی‌صدر و هیئت همراه، حضرت امام(ره) با صدور پیامی خطاب به رئیس‌جمهور از جان به در بردن وی از سانحه سقوط با عنوان «عنایت معجزه‌آسا» یاد کردند و چنین نوشتند:
«بسم‌الله الرحمن الرحیم/ جناب آقای بنی‌صدر، رئیس‌جمهور(حفظه‌الله تعالی)؛ نجات جنابعالی و همراهان محترم از سانحه‌ای که به حسب عادت مصیبت‌وار باید باشد، نشانه‌ای از الطاف الهی است برای پیشرفت انقلاب اسلامی. ما از این اموری که قدرت حق آشکارا در آن پیداست که همه در جهات حفظ این کشور و ملت است، کراراً دیده‌ایم. ان‌شاءالله تعالی از این پس نیز عنایات پروردگار با ماست و با همه وجود در پیشگاه مقدس شکرگزاریم. ما همه از خداییم و باید در راه خدمت به او باشیم. این عنایت معجزه‌آسا دلیل آن است که شما و همراهان‌تان در خدمت به کشور اسلامی صدیق بوده و صدیق خواهید بود. شما به شکرانه این نعمت بزرگ زندگانی ثانوی خود را بیش از پیش وقف خدمت به اسلام و کشور اسلامی نمایید و ملت بزرگ با رؤیت این عنایات پی‌درپی اطمینان کامل داشته باشند مادام که در خدمت اسلام هستند، آسیب‌پذیر نیستند و دشمنان کوردل این کشور بدانند که با توطئه‌ها و شیطنت‌ها نخواهند توانست کشور اسلامی را آسیب رسانند. ملت ما تا پای جان در خدمت به اسلام حاضر و در پشتیبانی از نهادهای اسلامی مصمم هستند و از خداوند تعالی عظمت اسلام و مسلمین و کشور اسلامی ایران را خواستارم./ والسلام علیکم و رحمت‌الله. روح‌الله الموسوی الخمینی ۲۵/ ۵/ ۱۳۵۹»
پاسخ بنی‌صدر
ابوالحسن بنی‌صدر نیز در پاسخ به پیام امام خمینی، متنی را به شرح زیر برای بنیان‌گذار جمهوری اسلامی ارسال کرد: حضور مبارک حضرت آیت‌الله‌العظمی امام خمینی، پدر و رهبر عزیزم. پیام تشویق و آموزنده عز وصول بخشید. اینجانب عنایت و حمایت امام امت را همواره نشانه عنایت الهی می‌دانستم و می‌دانم. از خداوند بزرگ که قدرت و فضل خویش را در این مناسبت به بهترین وجه بر این بنده عیان فرمود، توفیق خدمت به دین و خلق او را طلب می‌کنم و یقین دارم از راهنمایی و حمایت‌های شما برخوردار خواهم بود. امام عمر و عزتت مستدام باد. ان‌شاءالله/ابوالحسن بنی‌صدر ۲۵/ ۵/ ۱۳۵۹»
سردار «یوسف فروتن» از اعضای شورای فرماندهی سپاه و نخستین سخنگوی سپاه در آن سال‌ها نقل می‌کند: «آن روز وقتی که هلی‌کوپتر در پاوه سقوط کرد و بنی‌صدر از این حادثه جان سالم به در برد، امام(ره) پیامی صادر کردند و بابت نجات جان رئیس‌جمهور و همراهانش از حادثه پیش‌آمده، خدا را شکر کردند. بعد از این پیام امام(ره)، کارد می‌زدی خون من در نمی‌آمد. با خودم می‌گفتم ای کاش بنی‌صدر می‌مُرد. اقرار می‌کنم که آن زمان نمی‌فهمیدم و متوجه نبودم؛ اگر بنی‌صدر در جریان آن حادثه کشته می‌شد، از او یک امامزاده در ذهن مردم ساخته می‌شد و دیگر جمع و جور کردن اوضاع به این آسانی‌ها نبود. امام(ره) مسائل و مواردی را می‌دیدند که هیچ یک از ما نمی‌دیدیم.»