مدارا و تلاش برای حل اختلافات از طریق گفت‌وگو، مشی و مرامی بود که حضرت امام(ره) در مواجه با احزاب و گروه‌های سیاسی پس از پیروزی انقلاب اسلامی اتخاذ کردند. ایشان ضمن انتقادی که به رفتارهای برخی گروه‌ها و جریان‌های سیاسی داشتند، هیچ‌گاه این باب را نبستند و اجازه دادند تا حرف‌ها زده و حجت تمام شود. امام(ره) تلاش کردند از این طریق از آتش اختلافات و کدورت‌ها بکاهند و به نوعی زبان مصالحه و گفت‌وگو را جایگزین آن کنند. نمونه برجسته چنین فتح بابی را می‌توان در قبول درخواست سازمان مجاهدین خلق برای ملاقات با امام(ره) مشاهده کرد که حاصل آن برگزاری نشست پنج‌شنبه 6 اردیبهشت ماه 1358 بود که اعضای سازمان به منزل امام(ره) در قم رفتند. این دیدار بدون حضور خبرنگاران برگزار شد؛ از این‌رو شرح مذاکرات به صورت مفصل و جزئی منتشر نشد و روزنامه‌های سراسری خبری بسیار کوتاه و چند خطی را منتشر کردند.
با توجه به ارتداد بخش اعظمی از نیروهای سازمان در سال‌های گذشته و برای جلوگیری از هرگونه شائبه‌ای در مبانی دینی باقی‌مانده سازمان، امام(ره) قبلا از مسئولان سازمان خواسته بودند تا مواضع اعتقادی خود را رسمًا اعلام کنند و سپس به ملاقات ایشان بروند و سازمان در قالب یک اطلاعیه و یک نامه به امام(ره)، مبانی عقیدتی خود را اعلام کرد. طبق این خبر «مسعود رجوی» امام(ره) را نصیحت کرده بود که از قدرت سیاسی و معنوی خود در مسیر خدا و مردم استفاده کند و متذکر شده بود که مجاهدین خلق، اسلام‌شان را در میادین جهاد و جوخه‌های اعدام و شکنجه پیدا کرده‌اند. تنها چیزی که از صحبت‌های امام(ره) هم منتشر شد، این بود که «اسلام بیش از هرچیزی به آزادی عنایت دارد و در اسلام، خلاف آزادی نیست، الا در چیزهایی که مخالف با عفت عمومی است.»
اما بعدها کسانی که در جلسه حضور داشتند یا کسانی از اعضای سازمان که نوار مخفیانه ضبط شده جلسه توسط سازمان را شنیده بودند، اذعان کردند امام(ره) در این دیدار با قاطعیت صحبت کردند و از آنان خواسته بودند که مبتنی بر حرکت ملت ایران در خط اسلام حرکت کنند. بعدها «موسی خیابانی» در نواری که چند روز پیش از کشته شدنش پر کرده بود، به این دیدار هم اشاره کرده و گفت: «خمینی گفت من تاکنون بر علیه شما حرفی نزده‌ام، اما هر وقت که ببینم که شما خارج از اسلام هستید، خواهم گفت.» این دیدار با توجه به عملکرد مجاهدین خلق در آن مقطع، حتی با انتقادات یاران امام(ره) همراه شد که چگونه آن حضرت حاضر شده‌اند این افراد را به حضور بپذیرند!؟ اما منطق امام(ره) از آنجا که مبتنی بر مدارا و هدایت و جذب حداکثری تعریف شده بود، این دیدار را فرصتی برای اثرگذاری و در نهایت اتمام حجت می‌دید؛ از این‌رو ایشان در پاسخ به اعتراض منتقدان در جلسه‌ای فرمودند: «یکی اینکه، من احتمال می‌دادم که اینها مطلبی داشته باشند که به گوش من نرسیده باشد و بعد بگویند ما مطالبی داشتیم و امام وقت نداد به گوش او برسانیم و اگر می‌گفتیم امام قبول می‌کرد. من چرا باید این فرصت را از اینها بگیرم؟ باید اینها می‌آمدند و می‌گفتند؛ دوم اینکه، من خودم مطالبی داشتم که باید به اینها می‌گفتم به عنوان اتمام حجت، که خدای نکرده بعدها دل خودم نماند که چرا حرف‌هایم را به اینها نگفتم و اینها نگویند که امام حرف‌هایش را به ما نگفته بود و آنها هم آنجا به من قول دادند که حرف‌های مرا برای دوستان‌شان هم نقل کنند.» هرچند این اولین و آخرین دیدار مجاهدین خلق با حضرت امام(ره) پس از پیروزی انقلاب اسلامی بود، اما ایشان هیچ‌گاه باب گفت‌وگو را نبستند و تلاش کردند با راهنمایی‌ها و نصیحت‌های‌شان، در جهت حفظ همه گروه‌های سیاسی در دایره نیروهای انقلاب و همسو با اکثریت ملت ایران حرکت کنند، اما این جریان‌های سیاسی واگرا بودند که روز به روز خود را از امام(ره) جدا کردند.
«حجت‌الاسلام سیدهادی خسروشاهی» که خود از فعالان سیاسی آن دوران است در این باره می‌گوید: «امام خمینی در هر فرصتی، علاوه بر سفارش‌ها و نصیحت‌های عام و در سخنرانی‌ها برای مردم، به طور خاص هم بنی‌صدر و هم مجاهدین را به نیکی، اصلاح و وحدت و دفاع از انقلاب و اسلام دعوت نمود، اما وقتی هدف، رسیدن سریع به قدرت باشد، این نصایح ثمربخش نمی‌توانست باشد.»
در همین دوران که حضرت امام(ره) مستمر همه گروه‌های سیاسی را به مدارا و گفت‌وگو و پایبندی به قانون دعوت می‌کردند، سازمان مجاهدین امام(ره) و یارانش را متهم به خشونت‌طلبی می‌کند و مدعی می‌شود: «این ارتجاع است که اشتهای سیری‌ناپذیری در جنگ افروزی و ایجاد کشت و کشتار علیه ملیت‌های تحت ستم ما دارد... نغمه‌های شوم سرکوب را چه جریانی سر می‌دهد؟ و کدام جناح آتش جنگ را هر روز مشتعل تر می‌کند؟» جالب آنکه در همین ایام خط ترور، قلب نیروهای انقلاب را نشانه رفته بود. جریان خشونت‌طلب وقتی می‌دید نمی‌تواند بر منطق کلام، بیان و استدلال یاران امام(ره) غلبه کند و از اعتبار و پایگاه اجتماعی آنان نزد افکار عمومی بکاهد، ترجیح داد تا به حذف فیزیکی روی آورد.
گروهک انحرافی «فرقان» آغازگر خط ترور برای حذف نیروهای انقلاب بود. اولین فرد مورد هدف «سپهبد ولی‌الله قرنی» و دومین آن «آیت‌الله مرتضی مطهری» بود. بعد از آن آقایان «حاج تقی طرخانی»، «دکتر سیدمحسن بهبهانی»، «حاج‌مهدی عراقی»، «حسام عراقی»، «حسین مهدیان»، «قلی عباس‌نژاد» از سران عشایر ارومیه و دو نفر همراهش، «هانس یواخیم لایب» آلمانی، «آیت‌الله قاضی‌طباطبائی»، «دکتر محمدمفتح» و دو پاسدارش، دو بازاری تهران و اصفهان «لاجوردی» و «کازرونی» «آیت‌الله هاشمی‌نژاد» و... توسط همین گروه فرقان ترور شدند و همچنین حمله به خانواده شهید قرنی از سوی این گروه صورت گرفت. پس از دستگیری و انهدام گروهک فرقان، این خط توسط مجاهدین خلق تداوم یافت.