تسخیر سفارت آمریکا در سیزدهم آبان ماه سال 1358، تنها موجب آن نشد که سیاست خارجه کشوری انقلابی تغییر کرده و جاسوسخانه آمریکایی‌ها از تهران برچیده شود، بلکه آثار آن بر سیاست داخلی کشور نیز آشکار شد که مهم‌ترین آن کناره‌گیری دولت موقت بود. مهندس مهدی بازرگان در روز ۱۴ بهمن ۱۳۵۷ دو روز پس از ورود امام خمینی(ره) به ایران با حکم ایشان به عنوان نخست‌وزیر دولت موقت ایران به مردم معرفی شد و سپس ۹ ماه بعد در ۱۴ آبان ۱۳۵۸ متعاقب تسخیر لانه جاسوسی به دست دانشجویان پیرو خط امام(ره)، از مقام خود استعفا داد. نکته اساسی در این میان آن بود که بازرگان طی این ۹ ماه، پنج بار تهدید به استعفا کرد.
از 30 وزیر انتخاب شده در دولت موقت طی عمر ۹ ماهه آن ۲۱ نفر از اعضای نهضت آزادی، هفت نفر از اعضای جبهه ملی و دو نفر از گروه جاما به رهبری دکتر «کاظم سامی» بودند. معاونان نخست‌وزیر و استانداران و سایر مسئولان بلندپایه کشور نیز از اعضای نهضت آزادی و جبهه ملی یا از گروه‌هایی بودند که اعتقادی به تشکیل حکومت و نظام متکی بر مبانی اسلامی نداشتند. شش نفر از وزرا در روز ۲۵ بهمن ماه به عنوان اولین گروه از وزیران معرفی شدند. مهندس بازرگان در برابر اعلام موافقت نکردن شورای انقلاب با وزارت بعضی از افراد معرفی شده، این شورا را تهدید می‌کند که در صورت موافقت نکردن با وزارت تمام آنها، از سمت خود استعفا خواهد داد و اعضای شورای انقلاب را مجبور می‌کند وزرای معرفی شده را بدون چون و چرا تأیید کنند.
در فروردین 1358 بازرگان بار دیگر تهدید به استعفا کرد. «عباس امیرانتظام» در دوران معاونت نخست‌وزیری و سخنگوی دولت موقت، در اواخر اسفند ۱۳۵۷ مطالبی را بیان کرد که موجب برانگیخته شدن احساسات مردم عرب‌زبان خوزستان شد. این قضیه موجب شد تا سخن از ضرورت کنار گذاشتن امیرانتظام مطرح شود؛ اما بازرگان به علت تعلقی که به امیرانتظام داشت، با نظر منتقدان همراهی نکرد و در نهایت امیرانتظام را به عنوان سفیر ایران در کشورهای اسکاندیناوی منصوب کرد. امیر انتظام خود در این باره در کتاب «آن سوی اتهام» می‌گوید: «مهندس بازرگان به ایشان (امام خمینی) گفت یا مهندس امیر انتظام هست و من هم هستم یا اگر برود من هم خواهم رفت.»
در روز ۲۸ مهر ۱۳۵۸ امیرانتظام پس از تهیه متن لایحه انحلال مجلس خبرگان، قبل از تشکیل جلسه هیئت دولت، آن را به امضای ۱۴ نفر از وزیران کابینه دولت موقت رساند. این متن را که گویاابوالفتح بنی‌صدر، دادستان کل کشور و احمد صدر حاج سیدجوادی، وزیر دادگستری و شورایی مرکب از چند نفر از وزیران کابینه دولت موقت تهیه کرده بودند، در اختیار عباس امیر انتظام می‌گذارند. در آن زمان امیرانتظام محل مأموریت خود را به بهانه اینکه مأموران آمریکایی می‌خواهند اطلاعات مهمی در رابطه با تحرکات عراق در اختیار دولت ایران بگذارند، ترک کرده بود. امیرانتظام با کمک چند نفر از وزیران کابینه پس از جمع‌آوری امضاها آن را قبل از جلسه هیئت دولت در اختیار بازرگان گذاشت. بازرگان به علت همفکری با آنان با طرح موافقت کرده بود. قرار بود امیر انتظام لایحه را که در هیئت وزیران نیز صد درصد تصویب می‌شد، به سرعت در اختیار خبرگزاری‌ها و مطبوعات و رادیو تلویزیون‌های داخلی و خارجی بگذارد و به این وسیله امام(ره) را مجبور به پذیرش انحلال مجلس خبرگان کنند. اما در جلسه هیئت دولت با مخالفت‌هایی مواجه شد و نسبت به پیامدهای آن انذار داده شد؛ از این رو مجبور شدند قبل از اعلام انحلال مجلس، با امام مشورت کنند و نظر ایشان را در این زمینه جویا شوند. آنان که تلاش‌های خود را بر باد رفته می‌دیدند قرار گذاشتند موضوع را خدمت امام مطرح و ایشان را تهدید کنند که در صورت موافقت نکردن با انحلال مجلس خبرگان قانون اساسی، اعضای هیئت دولت دسته‌جمعی استعفا خواهند کرد. اما امام(ره) در دیدار ۲۹ مهر ۱۳۵۸ اعضای هیئت دولت با ایشان، بی‌اعتنا به تهدیدات صورت گرفته اعلام کردند، مجلس خبرگان باید باشد و به کار خود ادامه دهد.
تهدید به استعفا چهارم بازرگان پس از بازگشت از سفر به الجزایر صورت گرفت. سفری پرحاشیه که در آن، ملاقات بازرگان با «برژینسکی» مشاور امنیت ملی كارتر صورت گرفت و انتشار اخبار آن در داخل کشور با واکنش‌های شدیدی همراه بود. بازرگان در مواجهه با اعتراضات گسترده مردم و حوزه علمیه قم و روحانیت و دانشگاهیان که با برگزاری راه‌پیمایی و تظاهرات و نوشتن مقالات در روزنامه‌ها و صدور اطلاعیه و بیانیه و قطعنامه‌های متعدد نسبت به ملاقات ایشان با برژینسکی اعتراض کرده و جو شدید ضدآمریکایی در کشور تحت شدیدترین فضای اعتراضی قرار داشت، خود و همفکران خود را در خطر جدی دید؛ از این رو طی جلسه‌ای در تاریخ ۱۲ آبان تصمیم به استعفا گرفت، هرچند این تصمیم را اعلام عمومی نکرد.
بعد از چهار تهدید سرانجام بازرگان پس از تسخیر لانه جاسوسی استعفای خود را اعلام کرد و خبر آن از طریق صداوسیما انتشار عمومی یافت. نکته کلیدی در این میان آن بود که حضرت امام(ره) هیچ گاه خواهان کناره‌گیری یا عزل دولت موقت نبودند و با وجود آنکه بسیاری از جریان‌های سیاسی مخالف تداوم دولت موقت بوده و آن را غیرانقلابی و ناتوان از اداره کشور می‌دانستند، امام حمایت خود را از دولت ادامه دادند. امام(ره) خود به عملکرد دولت موقت انتقادات جدی داشتند، اما این انتقادات موجب نشد تا ایشان دولت را تضعیف کنند و تا آخرین لحظه با استعفاهای مکرر دولت موقت مخالف بودند تا اینکه بازرگان وقتی متن استعفانامه خود را از رادیو پخش کرد، حضرت امام(ره) در مقابل عمل انجام شده قرار گرفته و سپس استعفای وی را پذیرفتند. سخن صادق زیباکلام که این سال‌ها به یکی از حامیان بازرگان بدل شده است، درباره علل استعفای دولت موقت شنیدنی است. وی می‌گوید: «در سال 1358 همه ما مسحور گفتمان انقلابی بودیم... به مردمی که اسیر گفتمان انقلابی بودند، نمی‌شد گفت که مهندس بازرگان به دردتان می‌خورد... عدم موفقیت دولت موقت، به عملکرد ضعیف آن برمی‌گشت. مهندس بازرگان نخست‌وزیری را به اکراه پذیرفته بود و با اکراه هم کار می‌کرد. اگر دولت موقت مقداری محکم‌تر، جدی‌تر و بااعتقاد‌تر کار می‌کرد، موفق می‌شد... تنها هنر مهندس بازرگان این بود که مرتب می‌گفت ما استعفا می‌کنیم.»