«سازمان مجاهدین خلق» از جمله سازمان‌هایی بود که پس از انقلاب روز به روز داعیه خود را برای قدرت‌طلبی افزون کرد. این سازمان که خود را مهم‌ترین گروه سیاسی و تشکیلاتی بی رقیب می‌دید، تلاش کرد تا سنگرهای کلیدی کشور را در دست گیرد. در این میان، هوشمندی امام(ره) و یاران‌شان و اعتماد ملت به ایشان مانع موفقیت گروهک منافقین شد.
این گروه پس از آنکه در انتخابات مختلف نتوانست اعتماد مردم را کسب کند، کوشید تا با نزدیکی به «ابوالحسن بنی‌صدر» که به عنوان رئیس‌جمهور منتخب مردم در بهمن 1358 انتخاب شده بود، اهداف سیاسی خود را دنبال کند.
سازمان برای نزدیک شدن به بنی‌صدر اهداف متعددی را طراحی کرده بود. از دلایل سازمان برای نزدیکی به بنی‌صدر این بود که علاوه بر ایجاد شکاف در مسئولان نظام و تضعیف آن برای براندازی راحت‌تر، می‌توانستند نوعی حمایت رسمی را هم پشت سرخود داشته باشند تا اهداف نهایی خود (زمینه‌سازی براندازی) را راحت‌تر فراهم کنند و سخنان خود را هم از دهان مسئولان نظام (آن هم کسی درحد رئیس‌جمهور) بزنند و به این ترتیب زمینه کسب حقانیت و جذب نیروی بیشتر را هم فراهم کنند؛ لذا روند همراهی با بنی‌صدر و جذب او جزء خطوط اصلی و حیاتی سازمان به ویژه در نیمه دوم سال 1359 و سه ماه ابتدایی سال 1360 بود.
برای نمونه، در همین باره در یکی از اسناد درون گروهی سازمان که بعدها به دست دادستانی افتاد، چنین آمده است : «برخورد اصولی این است که برویم زیر پوشش دکتر [بنی صدر]. درست مثل استفاده از یک ظرف آب در شرایط مختلف متناسب با مسائل خاص، این شرایط عینی در ظرف‌های مختلف ریخته می‌شود، سریع متناسب با شکل ظرف به شکل او در می‌آید.
ظرف= جامعه؛ و سازمان= آب. بنابراین باید زیر پوشش دکتر رفته و [به] شکل متناسب از این شرایط برای بردن خط سازمان به میان مردم بهره گرفت.»
در همین زمان، یکی از تلاش‌های فراوان سازمان، مانور بر روی این بحث بود که نظام، مخالفانش خصوصاً اعضای دستگیر شده سازمان را شکنجه می‌کند. این مطلب یکی از رئوس اصلی تبلیغات سازمان بود. در یکی از تحلیل‌های درون‌گروهی سازمان که بعدها به دست دادستانی انقلاب افتاد، به صراحت آمده بود: «ما باید مشروعیت سیستم را در میان مردم و جامعه بریزیم و این مسئله مثل درخت توتی است که باید آن را بتکانیم.»
یکی از اعضای سازمان هم بعدها اعتراف کرد که برای ریختن مشروعیت نظام و جدا کردن مردم ازآن، طرح مسئله شکنجه و تبلیغ روی آن، جزء خطوط اساسی (وبلکه خط اصلی) سازمان بوده است: «چنانچه این تاکتیک مؤثر افتد بخش‌هایی از مردم سنتی٬ روشنفکران، نویسندگان و آزادگان از نظام کنده خواهند شد... همچنان که در فاز نظامی در زندان خط این بود که با سیگار یا چاقو کمر و پای خود را بسوزانیم و یا مجروح کنیم. در فاز سیاسی، سازمان از این خط به دفعات استفاده می‌کرد.»
نباید پنداشت که اعترافات و اذعان‌ها به همین موارد ختم می‌شود، بلکه کسان دیگری هم به صراحت به این امر اعتراف کرده‌اند. از جمله محمود محمدیان که با سیگار و طی چند روز، حدود 60 جای بدن خود را سوزانده بود و قصد داشت هنگام ملاقات عمومی، آن را به خانواده‌ها نشان بدهد و به عنوان شکنجه مطرح کند که لو رفت.
سازمان در همین راستا سعی می‌کرد این مطلب را به طرق مختلف به ذهن بنی‌صدر القا کند تا او هم کاملاً مسئله شکنجه را بپذیرد و آن را در تریبون‌ها اعلام کند. یکی از مسئولان دفتر بنی‌صدر بعدها جزئیات یکی از این پروژه‌ها را که در آن، سازمان برخی افراد را به دروغ به عنوان شکنجه شده به دفتر بنی‌صدر معرفی کرد و حتی اجازه رفتن آنها به پزشکی قانونی را هم نداد، تعریف کرده است.
بنی‌صدر هم در همین راستا در چندین مورد از سخنرانی‌های عمومی‌اش صریحاً به بحث شکنجه پرداخت و نهادهای رسمی نظام را به شکنجه‌گری متهم کرد که این تهمت‌ها جنجال فراوانی آفرید.
نکته قابل تأمل آن است که این سازمان مدعی خشونت و شکنجه، خود به کثیف‌ترین سازمانی تبدیل شده بود که حتی از حذف منتقدان درون‌گروهی خود نیز به فجیع‌ترین شکل ابایی نداشت و حوادث تلخ بسیاری از عملکرد این سازمان به جای مانده است که قابل مقایسه با هیچ گروهک جنایتکار دیگری در تاریخ این سرزمین نیست.
نمونه برجسته و سیاه آن عملیات مهندسی نام گرفت که در سال 1361 صورت پذیرفت. طبق اعترافات برخی از اعضای سازمان، در پی ضربات شدید در اوایل سال 1361 و لو رفتن بسیاری از خانه‌های تیمی، سازمان دستور داد افراد مشکوک را که در اطراف خانه‌های تیمی مشاهده می‌کردند، بربایند و سپس برای کسب اطلاعات مورد شکنجه قرار دهند.
این عملیات نوظهور از سوی سازمان «عملیات مهندسی» نام گرفت. تحلیل در مورد «عملیات مهندسی» نیز این بود که کار مهندسی پیچیده‌تر از کار عملیاتی است و احتمال بریدن وجود دارد. ما شکنجه می‌کنیم؛ چون مجبور هستیم، ولی وقتی حاکم شویم، نمی‌کنیم... . جنگ ما با رژیم، جنگ دو سازمان مهندسی است. هر کدام بیشتر شکنجه کند، برنده است!
در میان تمامی قربانیان عملیات مهندسی، بدون شک وحشیانه‌ترین و دلخراش‌ترین شکنجه‌‌ها روی طالب طاهری و محسن میرجلیلی، دو پاسدار کمیته‌‌های انقلاب اسلامی صورت گرفت؛ شکنجه‌‌هایی که حتی اعضای بخش ویژه سازمان نیز سعی داشتند از زیر بار آن شانه خالی کنند و مسئولیت آن را برعهده نگیرند.
امروز نیز یکی از کلیدواژه‌های هماهنگ و در دستور کار این سازمان مخوف موضوع «شکنجه» بوده و این ادعای کهنه برای فریب افکار عمومی همچنان علیه جمهوری اسلامی ایران مطرح می‌شود.