«نهضت آزادی» از جمله احزاب و گروه‌های سیاسی بود که با پیروزی انقلاب اسلامی در رأس قدرت قرار گرفت و دبیرکل خود را در قامت اولین نخست‌وزیر کشور دید. این قدرت هرچند کمتر از 9 ماه به طول انجامید، اما این گروه را همواره به عنوان یکی از مدعیان قدرت در عرصه سیاسی کشور نگه داشت و برخی از اعضای آن در اولین مجلس شورای اسلامی نیز حضور داشتند. آنچه موجب شد تا به تدریج این جریان از صحنه سیاسی کشور خارج شود، عملکردی بود که از این گروه به جای ماند. مشی لیبرال و غیرانقلابی که مورد علاقه ملت انقلابی نبود و تلاش برای نزدیکی به غرب و همسویی با جریان‌های برانداز، آنان را از گردونه قدرت خارج کرد. فرآیند به محاق رفتن نهضت آزادی پس از آغاز جنگ تحمیلی شدت بیشتری یافت و پس از حوادث خونین تابستان 1360 عملی شد.
مواضع عجیب و غریب این گروه در مواجهه با جنگ تحمیلی و تقویت جبهه دشمن موجب بی‌اعتباری روزافزون این گروه نزد مردم شد. در سال 1366 بود که در آستانه انتخابات مجلس سوم ، نامه‌ای از جانب وزیر کشور خطاب به حضرت امام(ره) نوشته شد تا درباره بررسی صلاحیت منسوبین به این جریان در انتخابات تصمیم‌گیری شود. حجت‌الاسلام سیدعلی‌اکبر محتشمی‌پور، وزیر کشور در نامه خود نوشته بود: «نهضت آزادی پس از استعفا و برکناری دولت موقت پیوسته در جهت اعلام مخالفت با دولت جمهوری اسلامی، مجلس شورای اسلامی، و حتی قوه قضائیه و مغشوش کردن اذهان بوده است. مسئولان نهضت با سمپاشی‌های خود نسبت به سیاست‌های دولت، دفاع مقدس و جنگ، مسئله برائت از مشرکین و فاجعه خونین مکه مکرمه، جهاد مالی و تصمیمات شورای‌عالی پشتیبانی جنگ و بالاخره فرمایشات اخیر حضرت امام‌ـ روحی فداه‌ـ راجع به حکومت و ولایت مطلقه، در جهت مبارزه و تضعیف نظام جمهوری اسلامی گام برداشتهاند.» نویسنده نامه با برشمردن مواردی از این دست از امام(ره) خواسته بود در زمینه دو سؤال ارشادات لازم را داشته باشند. این دو سؤال عبارت بودند از:
1ـ آیا نهضت آزادی با چنین عقاید و تفکراتی میتواند به عنوان یک سازمان حزب و تشکیلات سیاسی در جمهوری اسلامی به رسمیت شناخته شود؟
2ـ در حالی که ماده سی قانون انتخابات از جمله شرایط تأیید صلاحیت داوطلبان نمایندگی مجلس شورای اسلامی را: الف‌ـ اعتقاد و التزام عملی به اسلام و ب‌ـ اعتقاد و التزام عملی به نظام جمهوری اسلامی ایران میداند؛ آیا نهضت آزادی صلاحیت دارد که در انتخابات مجلس شورای اسلامی شرکت نموده و نمایندهای در مجلس داشته باشد؟
در پاسخ به این نامه بود که حضرت امام(ره) در نوشتاری تاریخی چنین پاسخ دادند: «بسم اللّه الرحمن الرحیم. جناب حجت‌الاسلام آقای محتشمی، وزیر محترم کشور‌ـ ایده اللَّه تعالی. در موضوع نهضت به اصطلاح آزادی مسائل فراوانی است که بررسی آن محتاج به وقت زیاد است. آنچه باید اجمالاً گفت آن است که پرونده این نهضت و همینطور عملکرد آن در دولتِ موقتِ اولِ انقلاب شهادت میدهد که نهضت به اصطلاح آزادی طرفدار جدی وابستگی کشور ایران به آمریکاست، و در این باره از هیچ کوششی فروگذار نکرده است؛ و حمل به صحت اگر داشته باشد، آن است که شاید آمریکای جهانخوار را، که هرچه بدبختی ملت مظلوم ایران و سایر ملت‌های تحت سلطه او دارند از ستمکاری اوست، بهتر از شوروی ملحد میدانند و این از اشتباهات آنهاست. در هر صورت، به حسب این پروندههای قطور و نیز ملاقات‌های مکرر اعضای نهضت، چه در منازل خودشان و چه در سفارت آمریکا و به حسب آنچه من مشاهده کردم از انحرافات آنها، که اگر خدای متعال عنایت نفرموده بود و مدتی در حکومت موقت باقی مانده بودند ملت‌های مظلوم به ویژه ملت عزیز ما اکنون در زیر چنگال آمریکا و مستشاران او دست و پا میزدند و اسلام عزیز چنان سیلی از این ستمکاران میخورد که قرن‌ها سر بلند نمیکرد، و به حسب امور بسیار دیگر، نهضت به اصطلاح آزادی صلاحیت برای هیچ امری از امور دولتی یا قانونگذاری یا قضایی را ندارند؛ و ضرر آنها، به اعتبار آنکه متظاهر به اسلام هستند و با این حربه جوانان عزیز ما را منحرف خواهند کرد و نیز با دخالت بی‌مورد در تفسیر قرآن کریم و احادیث شریفه و تأویل‌های جاهلانه موجب فساد عظیم ممکن است بشوند، از ضرر گروهک‌های دیگر، حتی منافقین این فرزندان عزیز مهندس بازرگان، بیشتر و بالاتر است.»
امام(ره) همچنین در پاسخ خود آورده بودند: «نهضت آزادی و افراد آن از اسلام اطلاعی ندارند و با فقه اسلامی آشنا نیستند. از این جهت، گفتارها و نوشتارهای آنها که منتشر کردهاند مستلزم آن است که دستورات حضرت مولی الموالی امیرالمؤمنین را در نصب ولات و اجرای تعزیرات حکومتی که گاهی بر خلاف احکام اولیه و ثانویه اسلام است، بر خلاف اسلام دانسته و آن بزرگوار را‌ـ نعوذباللَّه‌ـ تخطئه، بلکه مرتد بدانند! و یا آنکه همه این امور را از وحی الهی بدانند که آن هم بر خلاف ضرورت اسلام است.» ایشان نتیجه گرفته بودند: «نهضت به اصطلاح آزادی و افراد آن چون موجب گمراهی بسیاری از کسانی که بیاطلاع از مقاصد شوم آنان هستند میگردند، باید با آنها برخورد قاطعانه شود، و نباید رسمیت داشته باشند.»
حضرت امام مدتی بعد نیز در پیام تاریخی خود که با نام «منشور روحانیت» شهرت یافت، به موضوع میدان دادن به نهضت آزادی و جریان‌های لیبرال در سال‌های ابتدایی پیروزی انقلاب اسلامی اشاره کردند و فرمودند: «من امروز بعد از ده سال از پیروزی انقلاب اسلامی همچون گذشته اعتراف میکنم که بعضی تصمیمات اول انقلاب در سپردن پست‌ها و امور مهمه کشور به گروهی که عقیده خالص و واقعی به اسلام ناب محمدی نداشتهاند، اشتباهی بوده است که تلخی آثار آن به راحتی از میان نمیرود، گر چه در آن موقع هم من شخصاً مایل به روی کار آمدن آنان نبودم ولی با صلاحدید و تأیید دوستان قبول نمودم و الآن هم سخت معتقدم که آنان به چیزی کمتر از انحراف انقلاب از تمامی اصولش و هر حرکت به سوی آمریکای جهانخوار قناعت نمیکنند، در حالی که در کارهای دیگر نیز جز حرف و ادعا هنری ندارند. امروز هیچ تأسفی نمیخوریم که آنان در کنار ما نیستند چرا که از اول هم نبودهاند. انقلاب به هیچ گروهی بدهکاری ندارد و ما هنوز هم چوب اعتمادهای فراوان خود را به گروه‌ها و لیبرال‌ها میخوریم، آغوش کشور و انقلاب همیشه برای پذیرفتن همه کسانی که قصد خدمت و آهنگ مراجعت داشته و دارند گشوده است ولی نه به قیمت طلبکاری آنان از همه اصول، که چرا مرگ بر آمریکا گفتید! چرا جنگ کردید! چرا نسبت به منافقین و ضدانقلابیون حکم خدا را جاری میکنید؟ چرا شعار نه شرقی و نه غربی دادهاید؟ چرا لانه جاسوسی را اشغال کردهایم و صدها چرای دیگر.» امام(ره) در ادامه سخنانی را برای همیشه تاریخ بیان کردند و فرمودند: «تا من هستم نخواهم گذاشت حکومت به دست لیبرال‌ها بیفتد، تا من هستم نخواهم گذاشت منافقین اسلام این مردم بیپناه را از بین ببرند، تا من هستم از اصول نه شرقی و نه غربی عدول نخواهم کرد، تا من هستم دست ایادی آمریکا و شوروی را در تمام زمینهها کوتاه میکنم و اطمینان کامل دارم که تمامی مردم در اصول همچون گذشته پشتیبان نظام و انقلاب اسلامی خود هستند.»