صف‌آرایی جناح‌های سیاسی ایران در ادوار مختلف تاریخی، چینش خود را داشته است. با پایان یافتن کار دولت بنی‌صدر و آغاز اقدامات تروریستی منافقین در تابستان 1360، که به شهادت هزاران نفر از مردم این سرزمین انجامید، دوران جدیدی از فضای سیاسی و رقابت‌های گفتمانی در کشور آغاز شد و بازیگران آن نیروهای اجتماعی بودند که پیش از این در ذیل گفتمان اسلام سیاسی‌ـ انقلابی و تحت عنوان جریان «خط امام» گرد هم آمده بودند. به محاق رفتن جریان‌های سیاسی رقیب، موجب شد تا به تدریج اختلافات و کشمکش‌های درون‌گفتمانی بستری برای ظهور و بروز بیابد. درگیری کشور با جنگ تحمیلی، قرار گرفتن در وضعیت تحریم، تلاش برای گسترش عدالت در کشور و ارائه برنامه اقتصادی برای توسعه کشور، از جمله موضوعاتی بود که به اولویت نخست کشور بدل شد.
پس از تشکیل دولت میرحسین‌موسوی، مباحث مربوط به تدوین قوانین اسلامی در حوزه‌های گوناگون به موضوعی مناقشه‌آمیز تبدیل شد؛ زیرا قرار بود با بازآفرینی قوانین اسلامی و کنار گذاشتن قوانین رژیم گذشته در مسیر تشکیل وظایف دولت اسلامی گام برداشته شود و انتظار این بود که در تعیین اینکه نظر اسلام درباره موضوعات مختلف اقتصادی و سیاسی کدام است، بحث و گفت‌وگو شده و الگویی ارائه شود، اما در این مسیر اختلاف نظرهای جدی وجود داشت و میان نیروهای خط امام دوگانگی به وجود آمد که می‌توان آن را در دو محور: حوزه اقتدار ولایت فقیه و حکومت دینی و سیاست‌های اقتصادی دسته‌بندی کرد.
در عمل این دو موضوع در هم تنیده می‌شدند و تفکیک میان آنها بیشتر جنبه نظری داشت؛ یعنی در موضوعاتی مشخص، هم می‌شد تفاوت تلقی از مفهوم ولایت‌فقیه و حوزه اقتدار آن را مشاهده کرد و هم ردپای اختلاف‌نظر در تعیین سیاست‌های اقتصادی را دید. پیش از این هم برخی از موضوعات مورد اختلاف در همین دو حوزه مطرح می‌شدند که در مواردی خود آغازگر اختلاف گسترده بعدی به شمار می‌آمدند.
آثار و پیامدهای این دوگانگی را می‌توان در اختلاف‌نظر و دودستگی در کابینه دولت مهندس موسوی، انشعاب در سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی، اختلافات در حزب جمهوری اسلامی و انشعاب در جامعه روحانیت مبارز تهران مشاهده کرد که حاصل آن شکل‌گیری دو جناح چپ و راست در درون جریان خط امام بود. به واقع، در این دوره شاهد انشقاق دو خرده گفتمان از دل گفتمان اسلام سیاسی‌ـ انقلابی هستیم که می‌توان یکی را قرائت یا رهیافت سنتی و دیگری را قرائت یا رهیافت مدرن از گفتمان اسلام سیاسی‌ـ انقلابی دانست.
در این دوران تعبیر «چپ» برای بخشی از نیروهای خط امام به‌کار می‌رفت که خصلتی جامعه‌محور، دولت‌گرا، رادیکال و انقلابی داشت. این جریان خرده گفتمان قرائت مدرن از اسلام سیاسی‌ـ انقلابی را پرچم‌داری می‌کرد و اکثریت دولت را در اختیار داشت. نخست‌وزیر نیز جزو این طیف به شمار می‌آمد و اغلب وزارتخانه‌های اقتصادی در اختیار این تفکر قرار گرفته بود. مخالفت با اقتصاد آزاد و بازار‌محور، تمایل به اقتصاد کنترل‌شده دولتی، حد قائل بودن برای مالکیت خصوصی، اعتقاد به کنترل تجارت خارجی، عدم تعامل با کشورهای غربی و بلوک غرب و گرایش به‌گسترش رابطه با دولت‌های انقلابی و سوسیالیستی، سخن گفتن از فقه پویا در برابر فقه سنتی، برجسته کردن مفهوم مصلحت در اداره نظام اسلامی، از شاخصه‌های فکری‌ـ سیاسی و اقتصادی ایشان به شمار می‌رفت.
در مقابل جریان چپ، نیروهای مخالفی از اسلام‌گرایان قرار داشتند که به‌تدریج به «راست» مشهور شدند. آنها از پشتوانه‌‌ای قوی در حوزه‌های علمیه و میان مراجع عظام تقلید برخوردار بودند و از حکومت فقه و ضرورت فقهی بودن حکومت، به رسمیت شمردن مالکیت خصوصی، دولت حداقلی، سخن می‌گفتند. از آنجا که دولت در این سال‌ها در اختیار رقیب این جریان سیاسی قرار داشت؛ لذا جناح راست به مثابه منتقد دولت عمل می‌کرد و بسیاری از برنامه‌های اقتصادی، اجتماعی قوه مجریه را به چالش کشید. این اختلافات پس از چند سال تمام نهادهای رسمی و تشکل‌های حزبی و گروهی را در بر گرفت. در درون دولت، عملاً عده‌ای از وزرا با خط‌مشی دولت میرحسین‌موسوی به مخالفت برخاستند (توکلی، عسگر‌اولادی، ولایتی، ناطق‌نوری، پرورش، مرتضی نبوی و...) و نوعی دولت در دولت را به وجود آوردند. با بالا گرفتن کشمکش‌های آنان با بقیه اعضای کابینه، موضوع استعفای دسته‌جمعی آنها مطرح شد، اما به دلیل مخالفت حضرت امام(ره) با این اقدام، تنها دو نفر از وزرا (احمد توکلی و عسگر‌اولادی) استعفا دادند و از دولت خارج شدند.
در مجلس هم طیف‌بندی جدیدی شکل گرفت و نیروهای خط امام به طرح دیدگاه‌های مختلف و انتقاد از یکدیگر پرداختند. در مجلس چون امکان مطرح شدن آزادانه‌تر اندیشه‌ها و آرای نمایندگان وجود داشت و نمایندگان در قالب اظهارنظر درباره طرح‌ها و لوایح و نیز در نطق‌های پیش از دستور، تفکرات سیاسی خود را بیان می‌کردند؛ لذا دوقطبی شدن مجلس با سرعت بیشتری شکل گرفت و عده‌ای به «چپ» و عده‌ای به «راست» موصوف شدند. تعارضات نیروهای خط امام در مجلس به دلایل دیگری نیز تشدید می‌شد، از جمله به دلیل دیدگاه‌های شورای نگهبان که سبب برانگیختن اختلافات درباره لوایح و طرح‌ها می‌شد و به ویژه در رأی اعتماد به وزرا یا کل دولت اثر می‌گذاشت.
در این میان حضرت امام تلاش کرد تا با به رسمیت شمردن دو جناح سیاسی شکل گرفته در اردوگاه نیروهای انقلاب، آنان را به رقابت سیاسی صحیح در چارچوب منافع ملی هدایت کند. در پیامی از ایشان که با عنوان «منشور برادری» از آن یاد شد، آمده است:
«شما باید توجه داشته باشید تا زمانی که اختلاف و موضع‌گیری‌ها در حریم مسائل مذکور است، تهدیدی متوجه انقلاب نیست. اختلاف اگر زیربنایی و اصولی شد، موجب سستی نظام می‌شود و این مسئله روشن است که بین افراد و جناح‌های موجود وابسته به انقلاب اگر اختلاف هم باشد، صرفاً سیاسی است ولو اینکه شکل عقیدتی به آن داده شود، چرا که همه در اصول با هم مشترکند و به همین خاطر است که من آنان را تأیید می‌نمایم. آنها نسبت به اسلام و قرآن و انقلاب وفادارند و دلشان برای کشور و مردم می‌سوزد و هر کدام برای رشد اسلام و خدمت به مسلمین طرح و نظری دارند که به عقیده خود موجب رستگاری است. اکثریت قاطع هر دو جریان می‌خواهند کشورشان مستقل باشد، هر دو می‌خواهند سیطره و شرّ زالوصفتان وابسته به دولت و بازار و خیابان را از سر مردم کم کنند. هر دو می‌خواهند کارمندان شریف و کارگران و کشاورزان متدین و کسبه صادق بازار و خیابان، زندگی پاک و سالمی داشته باشند. هر دو می‌خواهند دزدی و ارتشا در دستگاه‌های دولتی و خصوصی نباشد، هر دو می‌خواهند ایران اسلامی از نظر اقتصادی به صورتی رشد نماید که بازارهای جهان را از آنِ خود کند، هر دو می‌خواهند اوضاع فرهنگی و علمی ایران به گونه‌ای باشد که دانشجویان و محققان از تمام جهان به سوی مراکز تربیتی و علمی و هنری ایران هجوم آورند، هر دو می‌خواهند اسلامْ قدرت بزرگ جهان گردد. پس اختلاف بر سر چیست؟ اختلاف بر سر این است که هر دو عقیده‌شان است که راه خود باعث رسیدن به این همه است. ولی هر دو باید کاملاً متوجه باشند که موضع‌گیری‌ها باید به گونه‌ای باشد که در عین حفظ اصول اسلام برای همیشه تاریخ، حافظ خشم و کینه انقلابی خود و مردم علیه سرمایه‌داری غرب و در رأس آن آمریکای جهانخوار و کمونیسم و سوسیالیزم بین‌الملل و در رأس آن شوروی متجاوز باشند.»